linux系统发育树的构建步骤,使用modeltest-ng和raxml-ng构建ML系统发育树

虽然简单，但绝对首发……

该给自己的系统发育构建流程升级了，新版本软件不仅速度快，而且对用户友好！

#mafft比对

linsi allnew.fasta > allnew.fasta.mafft

#Gblocks修整

Gblocks allnew.fasta.mafft -t=d -e=.gb

#修改序列名

sed -i '/^>/s/ /_/g' allnew.fasta.mafft.gb

#模型检验

wget https://github.com/ddarriba/modeltest/files/3790700/modeltest-ng-0.1.6-static-linux64.tar.gz

unzip modeltest-ng-0.1.6-static-linux64.tar.gz

modeltest-ng-static -i allnew.fasta.mafft.gb -d nt

#构建ML树

wget https://github.com/amkozlov/raxml-ng/releases/download/0.9.0/raxml-ng_v0.9.0_linux_x86_64.zip

unzip raxml-ng_v0.9.0_linux_x86_64.zip

mv data/ INSTALL.txt LICENSE.txt raxml-ng raxml-ng_v0.9.0

/home/zhangjj/software/raxml-ng_v0.9.0/raxml-ng --all --msa allnew.fasta.mafft.gb --model TVM+G4 --force

#allnew.fasta.mafft.gb.raxml.support即为最终结果

modeltest-ng 的速度是真的飞快！

modeltest-ng 和 raxml-ng简直是绝配！

Reference

Diego D , David P , Kozlov A M , et al. ModelTest-NG: A New and Scalable Tool for the Selection of DNA and Protein Evolutionary Models[J]. Molecular Biology and Evolution.

RAxML-NG: a fast, scalable and user-friendly tool for maximum likelihood phylogenetic inference

linux系统发育树的构建步骤,使用modeltest-ng和raxml-ng构建ML系统发育树相关推荐

【Linux】（超详细步骤）构建软RAID磁盘阵列
目录一.构建磁盘阵列 (1) 安装 mdadm 工具 (2) 准备用于 RAID 阵列的分区 (3) 创建 RAID 设备 (4) 创建并挂载文件系统(临时挂载) 首先为 linux 服务器添加 4 ...
系统进化树的构建步骤和常用软件
系统进化树的构建步骤和常用软件系统发生树(phylogenetic tree 或 evolutionary tree)又名分子进化树,被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树,它用来表示系统发生研究 ...
linux tensorflow demo_独家 | 在浏览器中使用TensorFlow.js和Python构建机器学习模型（附代码）...
作者:MOHD SANAD ZAKI RIZVI 翻译:吴金笛校对:丁楠雅本文约5500字,建议阅读15分钟. 本文首先介绍了TensorFlow.js的重要性及其组件,并介绍使用其在浏览器中构建 ...
msbuild构建步骤_使用并行构建和多核CPU的MSBuild进行更快的构建
msbuild构建步骤 UPDATE: I've written an UPDATE on how to get MSBuild building using multiple cores from ...
linux怎么用源码安装mysql,Linux源码安装mysql步骤
创建文件夹: mkdir /usr/local/webserver 安装必要依赖包 yum -y install gcc gcc-c++ make ncurses-devel 安装cmake包: t ...
R语言使用caret包构建随机森林模型（random forest）构建回归模型、通过method参数指定算法名称、通过ntree参数指定随机森林中树的个数
R语言使用caret包构建随机森林模型(random forest)构建回归模型.通过method参数指定算法名称.通过ntree参数指定随机森林中树的个数目录
linux下搭建hadoop环境步骤分享
linux下搭建hadoop环境步骤,需要的朋友可以参考下 1.下载hadoop包 wget http://apache.freelamp.com/hadoop/core/stable/hadoop- ...
在Linux系统安装Nodejs 最简单步骤
在Linux系统安装Nodejs 最简单步骤 1.去官网下载和自己系统匹配的文件: 英文网址:https://nodejs.org/en/download/ 中文网址:http://nodejs.cn ...
【ESP8266】ESP8266_NONOS_SDK开发包生成的镜像文件构建步骤分析
ESP8266有官方提供的软件开发包.下面是对该开发包ESP8266_NONOS_SDK生成的镜像文件构建步骤分析. 一.Flash布局首先参考官方提供编号为2A的文档,对于4MB(32Mbit) ...
简单实例讲解linux的module模块编译步骤
简单实例讲解linux的module模块编译步骤 (2014-10-24 10:19:17) 标签: module linux 分类:Linux/Unix 本文将直接了当的带你进入linux的模块编译 ...

linux系统发育树的构建步骤,使用modeltest-ng和raxml-ng构建ML系统发育树

linux系统发育树的构建步骤,使用modeltest-ng和raxml-ng构建ML系统发育树相关推荐

最新文章

热门文章