CentOS7下安装hdf5r包

使用Seurat安装hdf5r报错

安装hfd5r报错

Please ensure that at least version 1.8.13 is installed ERROR: configuration failed for package ‘hdf5r’

yum -y install hdf5-devel

安装为1.8.12，版本不够，所以需要自己手动安装

确保卸载旧版本

yum remove  hdf5-devel

手动安装hdf5

wget https://support.hdfgroup.org/ftp/HDF5/releases/hdf5-1.8/hdf5-1.8.17/src/hdf5-1.8.17.tar.gz #或以上版本
tar -zxvf hdf5-1.8.17.tar.gz
cd hdf5-1.8.17/
./configure --prefix=/usr/local/hdf5-1.8.17##根据自己路径修改
make
make check
make install
make check-install
vim ~/.bashrc
##添加行
export LD_PRELOAD=/usr/lib64/libhdf5.so.8:/usr/lib64/libhdf5_hl.so.8 ##根据自己的文件名改路径和后缀
##保存后
source ~/.bashrc
echo LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:/usr/local/hdf5-1.8.17/lib >> ~/.Renviron
#或
echo "dyn.load('/usr/local/hdf5-1.8.17/lib/libhdf5_hl.so.10')" >> ~/.Rprofilefor f in /usr/local/hdf5-1.8.17/bin/* ; do ln -s $f /usr/local/bin ; done
echo /usr/local/hdf5-1.8.17/lib > /etc/ld.so.conf.d/hdf5.conf

打开R

dyn.load('/usr/local/hdf5-1.8.17/lib/libhdf5_hl.so.10')##找到libhdf5_hl.so.10，写正确路径
install.packages("hdf5r")
library("hdf5r")

安装成功
小白，有几步不知道有没有重复，反正都试了

参考：
https://www.choyang.me/zh/post/centos-7-r-install-hdf5r/

CentOS7下安装hdf5r包相关推荐

centos7系统中安装 HDF5R 包
CENTOS 7 R 中安装 HDF5R 包在安装 hdf5r 包的时候,提示需要 hdf5-devel >= 1.8.13,而目前CentOS 7 中 yum 只能安裝1.8.12版本,所以 ...
Centos7下使用rpm包安装mysql5.6数据库
Centos7下使用rpm包安装mysql5.6数据库环境 [root@mysql01 ~]# uname -r 3.10.0-514.el7.x86_64 [root@mysql01 ~]# ca ...
Centos7下安装Docker
Centos7下安装Docker(详细的新手装逼教程) 参考: https://www.cnblogs.com/qgc1995/archive/2018/08/29/9553572.html 早就听说 ...
linux Centos7下安装python3及pip3
linux Centos7下安装python3及pip3 先去python官网下载python3安装包执行命令: wget https://www.python.org/ftp/python/3.6 ...
CentOS7下安装nginx1.99
文章目录 1.前期准备 1.1 安装gcc 1.2 安装其他依赖包 1.3 下载安装包 2.安装nginx 2.1 解压nginx 2.2 编译安装 2.3 启动 2.4 常用命令 3.Nginx配置 ...
CentOS7下安装GUI图形界面
1.如何在centOS7下安装GUI图形界面当你安装centOS7服务器版本的时候,系统默认是不会安装GUI的图形界面程序,这个需要手动安装CentOS7 Gnome GUI包. 2.在系统下使用命 ...
在CentOS7下安装MySQL8数据库
在CentOS7下安装MySQL8数据库一准备Linux环境默认已安装:Linux虚拟机+ CentOS 笔者用的是如下版本: VMware15:VMware-workstation-full- ...
阿里云服务器——centos7下安装MySQL,并且实现远程连接
centos7下安装MySQL,并且实现远程连接 1.先查看MySQL是否安装 rpm -qa|grep mysql 2.更新yum源 wget https://dev.mysql.com/get/m ...
MariaDB Centos7 下安装MariaDB
Centos7 下安装MariaDB by:授客 QQ:1033553122 1.下载安装文件 rpm包为例,对于标准服务器安装,至少需要下载client,shared,serve文件(安装时如果少了 ...