R优雅的绘制(进阶版树状图)

本节来介绍如何使用TreeAndLeaf包来绘制更加富有美感的树状图，下面通过2个小栗子来进行展示

安装R包

TreeAndLeaf需要R 4.01并通过BiocManager进行安装，需要版本为 3.14

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.14")BiocManager::install("TreeAndLeaf")
BiocManager::install("geneplast")

加载R包

library(TreeAndLeaf)
library(tidyverse)
library(RedeR)
library(igraph)
library(RColorBrewer)

构建聚类树

使用USArrests数据集合来构建树状图，通过dist()函数来计算距离矩阵

hc <- hclust(dist(USArrests), "ave")

将hclust对象转化为树和叶

使用treeAndLeaf函数将hclust转换为igraph对象

tal <- treeAndLeaf(hc)

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