使用Vienna RNA进行RNA二级结构预测
现在比较准确,比较流行的RNA二级结构预测软件就是Vienna RNA。
我也是在使用这个软件进行大规模数据的二级结构预测。
可是现在在网上找到的资料,很少有能够清楚地写明在linux本地大型机中怎么运行Vienna RNA的傻瓜教程,包括Vienna RNA webserver的官网,其说明也不是很详细。
在附件中,我给出了 Current Protocols in Bioinformatics这本书中,给出的详细运行方法,这一章叫做RNA Secondary Structure Analysis Using the Vienna RNA Package。
说得很基础,有更进一步应用需求的人可以在其官网上查阅详细用法。地址http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/
使用Vienna RNA进行RNA二级结构预测相关推荐
- 牛逼!百度大佬深度分享AI助力RNA二级结构预测!
在生物学研究领域,传统基于分子.细胞.生理学等传统实验方法很依赖于不断的试错和积累,不仅耗资巨大,周期往往也很长. 随着人工智能时代的到来,深度学习.大数据等创新手段,为生物学研究打开了另一扇窗. 早 ...
- AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factoAKAP95通过支架RNA和RNA加工因子调控剪接
AKAP95通过支架RNA和RNA加工因子调控剪接 胡静, Alireza Khodadadi-Jamayran, 毛妙伟, 库沙尼沙阿( 杨振华, 塔拉特·纳西姆( Md Talat Nasim) ...
- 基于双向 lstm 和残差神经网络的 rna 二级结构预测方法
目录 结果 结论 背景 结果 学习结果和演示 预测结果和比较 讨论 结论 材料和方法 数据收集和处理 摘要 背景: 研究表明,rna 二级结构是由配对碱基构成的平面结构,在基本生命活动和复杂疾病中发挥 ...
- 算法设计与分析 —— 6-6 RNA二级结构预测
- tRNA 二级结构预测可视化
tRNAdb 收录了来自104个物种的623条tRNA 序列,从数据库中下载对应物种的tRNA 序列和二级结构,以人为例 打开下面的链接 http://trna.bioinf.uni-leipzig. ...
- Nat. Commun | 结合二维深度神经网络和迁移学习 预测RNA二级结构
研究背景 RNA分子是生物体内参与各种如细胞分化.代谢.记忆存储等重要生命活动的一类大分子,其常见的种类有rRNA.mRNA.tRNA.近年来越来越多的实验表明RNA似乎无处不在.无所不能,而事实上, ...
- RNA二级结构在 siRNA设计中的应用
RNA二级结构在 siRNA设计中的应用 RNA二级结构在siRNA设计方面的应用以及分析其可能出现的功能 目前关于RNA二级结构对siRNA沉默效率影响的研究主要包括两方面: siRNA与mRNA结 ...
- 基于RNAfold预测RNA的二级结构(命令行版)
RNAfold子程序实质上是封装在ViennaRNA软件包中. 从https://www.tbi.univie.ac.at/RNA/#download网站下载ViennaRNA(version1.8. ...
- RNAfold预测RNA的二级结构
欢迎关注"生信修炼手册"! 在mirdeep软件的分析结果中,会提供miRNA前体的二级结构,这个结果实际上是通过调用RNAfold来实现的,该软件是一个经典的预测RNA二级结构的 ...
最新文章
- vuejs linux windows,vue.js环境在window和linux安装
- 供应链 信用管理 大数据_以“大数据”引领农产品供应链变革,推动农产品供应链智能化发展...
- 区间比较_表观健康儿童 HLAB27 的参考值区间建立和验证
- 04-程序计数器(PC计数器)
- Lua 协同程序(coroutine)
- mkdir -p命令
- yii 定义controller model
- 【最新砍价小程序源码】
- 2021年小目标检测最新研究综述
- png能转换成html吗,png转化成pdf
- 华为云域名注册_华为云申请个人域名步骤
- 手把手带你撸一个校园APP(四):APP功能设计及主页面框架
- 重写虫虫项目犯的低级错误
- MySQL字段名获取
- 计算机两种通信方式-----串行通信和并行通信
- Spark——RDD操作详解
- python(for in 用法)
- MathType 如何安装成功以及如何导入word
- docker修改配置文件之后,导致不能启动
- 22、python数据处理虚拟变量的转化