作为科研狗,我们不仅要会做实验,还要会作图!现在各大知名期刊对文章配图的要求越来越严格,精美甚至炫酷的配图已经成为论文的标配。

一图胜千言!一张好看的配图不仅能体现出作者的作图水平和科研水准,还可以不断冲击编辑和审稿人的眼球,影响到论文的整体质量以及最终能否被目标期刊接收。

道理谁都懂,可一说起科研绘图,相信每一个科研人的第一反应都是:头疼!

不仅要把众多的实验、统计数据,逻辑清晰、系统全面地整合到一张图表里面,还要兼顾美观、简约大气。

那么如何才能绘制一张“配得上高水平杂志”的插图呢?

1.修炼内功:充分理解自己的数据,连续型、离散型、单变量、多变量…

2.绘制草图:事先构思好文章中放几张图,分别用于展示什么信息,坚决避免信息冗余。对于每一张图,选择最合适的形式进行展示,力求简洁、准确,可以创新,但是“易读性”是前提。

3.投其所好:对于目标期刊的插图风格有所了解。

4.修炼外功:掌握一门绘图软件,工欲善其事必先利其器。

要说绘图软件的性价比,非GraphPad Prism莫属了!!

GraphPad Prism软件最新版本为GraphPad Prism 9.0,其功能强大,简单易学,能够适合绝大部分医学科研绘图的实现。

GraphPad Prism 9 核心新功能详解

1. 更高维度的数据!

Prism 9对多变量数据表进行了许多重大改进。使用标准结构可以分析更大的数据集,并执行新的和改进的分析,主要改进如下:

  • 提高了数据列的上限 - 在每个数据表中最多输入1024列数据。

  • 自动识别变量类型 - 将多变量数据表中的变量识别为连续值,分类值或标签值。

  • 数据表可输入文本信息 - 直接以文本形式输入数据。无需将变量编码“0”和“1”,只需直接在数据表中输入例如“Male”和“Female”。

  • 自动变量编码 - 输入您的数据,让Prism负责其余的工作。Prism会自动将分类文本变量编码为数值型哑变量。

2. 主成分分析(PCA)

注:上图以二维形式显示了PCA的图形示例。Prism中的PCA可以对数百个变量进行分析!

有时,收集的变量数量远远超过可供研究的受试者数量。看一下基因表达的研究,将受试者分为两组:治疗组和对照组,然后测量成百上千种不同基因的表达水平。可能只是变量太多而无法使模型适配数据。但是,简单的去掉一些变量不去分析,可能会导致丢失有价值的信息。选择一些要从分析中排除的变量只会丢掉可能有用的信息!PCA就是这样一种“降低维度”的技术,可以用它来减少所需变量的数量,但同时从数据中消除尽可能少的信息。

Prism 9的PCA还包括以下其他功能:

  • 通过平行分析(以及Kaiser方法,总方差阈值方法等)来选择成分。

  • 生成碎石图(Scree Plots)、分数图(Score Plots)和双标图(Biplots)。

  • 自动准备PCA的结果,以进一步用于多元线性回归(PCR - 主成分回归)。

3. 向图表添加新的维度

可以从原始数据 – 对符号位置(X和Y坐标)、大小及填充颜色等编码的变量,直接创建气泡图。请注意,可以使用分类(分组)变量或连续变量来定义符号颜色和大小。

在此图上,有100多个国家/地区显示为单个圆圈。每个圆圈的X坐标代表该国的GDP(PPP),而Y坐标代表出生时的平均预期寿命。每个符号的大小与其所代表的国家的人口成比例(两个最大的符号分别代表中国和印度)。最后,每个符号的颜色代表该国家所在的大洲。在这个例子里的变量(颜色)是分类变量,但气泡图中的颜色也可以像下面这样由连续变量定义:

此图中,符号的X坐标、Y坐标和大小的定义与上例相同。但是,现在该符号的颜色是连续的,其代表该国家每1000个人的出生率。Prism现在还具有内置的半透明配色方案,以便可以更清晰地看到重叠的符号。

4. 自动将多个比较结果添加到图形中

这就是你想要的!

对多个成对比较执行相应的分析后,点击一个按钮就可以将这些结果自动添加到图形中。要自定义这些线和星号,只需再次点击工具栏的按钮即可。如果对数据或分析进行了调整,图形上显示的结果将自动更新。但是请记住,P值只是你研究成果的一方面。别忘了还要报告效应估计值(effect estimation,例如, 95%置信区间的均值差异!)。

5. 使用估计图更好地可视化T检验结果

执行t检验时,Prism现在会自动创建分析结果的估计图(Estimation Plots )。在此图上,两组的原始数据都将绘制在左侧的Y轴上。在右边的Y轴上,将绘制组均值差异及其95%置信区间。该图比只使用P值会提供更多的信息,因为它不仅显示了95%CI是否包括零,还显示了95%CI的范围(如果95%CI包括零,则P值将大于0.05,如果95%CI不包含零,则P值将小于0.05)。

网上有很多Graphpad Prism的教程,想自学的同学可以自行搜索。不过这些教程有很多的问题,比如版本太老,或者讲解不够详细等等。

考虑到很多同学没有这么多时间在网上整理资料,也就是懒癌晚期,为了方便大家学习,元素魔方顺手为大家带来了这本口碑超高的书籍教程,哪里不懂,翻哪里!

《GraphPad Prism学术图表》

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书里都有啥?

上下划动查看

第1章介绍了

软件下载、安装、使用界面、图形修饰与美化、学术图表配色、图片导出和发送等内容。

第2章介绍了

常见学术图表分类及选择与软件内嵌的大部分统计方法。

第3章介绍了

XY表及该数据表类型所支持的12类图表的绘制方法,以及带统计分析的XY表图形绘制,如相关分析、回归分析等。

第4章介绍了

纵列表(Column)及该数据表类型所支持的6类图表的绘制方法,并基于实例介绍了包含t检验和方差分析的相关图表绘制方法,以及ROC曲线、Bland-Altman图的绘制。

第5章介绍了

行列分组表(Grouped)及该数据表类型所支持的5类图表的绘制方法,并基于实例介绍了二(三)因素方差分析。

第6章介绍了

列联表(Contingency)及该数据表类型所支持的图表的绘制方法。

第7章介绍了

生存表(Survival)及该数据表类型所支持的生存曲线的绘制方法。

第8章介绍了

局部整体表(Partsof whole)、多变量表(Multiplevariables)及嵌套表(Nested)这3种数据表及其所支持的图形绘制,尤其是GraphPadPrism 9 新增的主成分分析和气泡图。

第9章介绍了

GraphPadPrism 绘图进阶技巧,包括首选项设置、图形组合、自定义配色方案、魔棒工具、克隆和模板等内容。

书籍6大亮点如下:

1.  系统介绍Graphpad Prism 9使用方法,专业绘图大户了!

大家都知道,作为一款专业的数据处理和绘图软件,GraphPad Prism 以其便捷性和专业性,在学术图表绘制中具有重要地位但对比下来,目前在市面上系统介绍GraphPad Prism 绘图的图书难得一见,个别图书也只是对该软件较低版本的一些简单功能进行了介绍。但,本书主要介绍基于GraphPad Prism 9 的学术图表绘制方法,可谓是赢在起跑线!

2.   超过50种学术图表的绘制方法,超全面了!

本书以软件所定义的8 种数据表为纲,按照“数据录入—数据分析—图表生成与美化”的顺序,结合科研实例,使用t 检验、方差分析、生存分析和主成分分析等相关统计分析方法,介绍了散点图、气泡图、柱状图、线图、饼图、面积图等常见学术图表的绘制和美化方法。可谓一本书在手,从此可以绘制天下美图!

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3.  全面展现学术图表的绘制和美化过程,可洗眼睛了!

这本书开篇就介绍了GraphPad Prism图形生成和美化流程、学术图表配色原则和技巧、常用学术图表类型和软件内嵌的大部分统计方法的选择等内容,内容可谓细致入理,环环相扣,重点是这个过程很洗眼睛,颜狗福利!

4.  科研小白可“依葫芦画瓢”,太友好了!!!

本书适合于需要绘制学术图表的高校学生和科研人员,也就是我,并且不需要具有GraphPad Prism 使用基础只需要具备基本的计算机知识即可用本书。因此,本书通常可以作为小白的工具书,可使我“依葫芦画瓢”地绘制所需要的学术图表。但在涉及统计分析时,我需要结合自己的专业知识背景和统计学知识进行判断。(对小白太友好了,我打算给本书的作者写封致谢信了!)

5.  最后,就是本书还提供59个绘图源文件下载哦,这服务到位!

最后再次提醒大家,想要系统掌握科研绘图,或者希望自己画图技能更加精湛的同学,快来参与元素魔方0元送书活动吧,一本书带你修炼完整科研绘图独家秘籍”!

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