BiocManager安装R包解决下载速度太慢的问题
在安装完R语言和RStudio后,我配置了R包安装的镜像。配置镜像的方式有两种。
一是直接修改R安装路径:.\R-4.1.2\etc下的Rprofile.site文件(如下图所示),添加如下内容:
## 设置镜像
local({r <- getOption("repos")r["CRAN"] <- "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"options(repos=r)})
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")## 设置下载方式
options("download.file.method"="libcurl")
options("url.method"="libcurl")
第二种方法是直接在Rstudio菜单栏的Tools选项卡中找到Global options选项,如下图操作:
选择中国的镜像即可。我配置镜像时用了第二种方式(这里埋下了一个坑,可能是导致BiocManager下载R包速度太慢的原因),并且选了清华的镜像。
在配置完镜像以后,我安装了BiocManager包,安装代码如下:
if(!require("BiocManager")) install.packages("BiocManager")
安装完BiocManager后,我打算用其下载可用于读取基因芯片数据文件(格式为.cel)的affy包。
BiocManager::intall("affy")
但是在安装的时候,三个总计不到3MB的包下老半天都无法安装完,下载龟速。为了解决这个问题,我在Rstudio的控制器(Console)中输入如下语句后,
options(BioC_mirror = "https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
再重新用BiocManager::install()语句下载affy包,下载光速,问题解决!
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