利用AlphaFold进行蛋白质结构预测
AlphaFold是DeepMind公司下的一个预测蛋白质结构的AI,这个公司下的AI还有我们所熟悉的AlphaGo。它对大部分蛋白质结构的预测与真实结构只差一个原子的宽度,达到了人类利用冷冻电子显微镜等复杂仪器观察预测的水平。该程序利用Python写成。今天我们将利用它的云端Jupyter Notebook根据人的红细胞H抗原的氨基酸序列对人的红细胞H抗原的蛋白结构进行预测。
首先先打开NCBI找到相关氨基酸序列,把它copy下来
之后打开这个网址: https://colab.research.google.com/github/deepmind/alphafold/blob/main/notebooks/AlphaFold.ipynb
之后首先按顺序运行前两单元,安装运行环境(这个安装过程只会安装到云端,不会安装到本地,放心)
再将刚才copy的氨基酸序列放在图中选中的部分,点运行(注意如果预测氨基酸序列来自于原核生物记得勾选is_prokaryote)
之后接着向下运行完所有单元(时间会比较长,因为会和数据库对比)
运行完会自动下载预测好的蛋白质结构的PDB文件
之后可以利用pyMOL软件在线下打开PDB文件,输出图片
你还可以通过这个软件改变颜色
结果展示:
现在我正在研究如何把PDB文件转换为STL文件,之后或许能将预测结构用3D打印机打印出来,敬请期待~
利用AlphaFold进行蛋白质结构预测相关推荐
- 手把手教程 | 使用AlphaFold进行蛋白质结构预测,探索生命信息密码
AlphaFold是一个能根据蛋白质序列预测构象的深度学习模型,2021年7月,DeepMind开源了升级版本AlphaFold v2.0,本文简要描述了如何在亚马逊云科技上使用AlphaFold进行 ...
- BioRxiv|利用AlphaFold进行环肽结构预测和设计-Baker课题组环肽新工作
个人感觉:作者 Gaurav Bhardwaj是大佬David Baker 课题组专门研究环肽的专家,rosetta环肽的结构预测以及设计模块基本都有他的参与,无论是对称环肽还是透膜性的设计都做的非常 ...
- 谷歌提前开源AlphaFold 2!Nature、Science同时公开两大蛋白质结构预测工具
新智元报道 ,来源:nature Science nature和Science两本杂志一直相爱相杀,总是喜欢争着发表科学领域中的重大发现.重要突破,抢夺大师文章的发表版权. 这次也不例外. 7月1 ...
- 后AlphaFold时代的蛋白质结构预测
最新一届的蛋白质结构预测奥林匹克大赛,即15届CASP比赛(CASP15),在日前拉下了帷幕.这正值谷歌团队AlphaFold2在上一届CASP大赛给该领域带来革命性冲击后两周年.两年后,该领域的状况 ...
- Google Research进军蛋白质结构预测:为Pfam数据库新增680万标注数据
视学算法报道 编辑:LRS [新智元导读]用深度学习模型来预测蛋白质的结构和功能已经取得了不小的进展,但还缺乏优质的数据.最近Google开源了一个模型ProtENN,提供了680万条蛋白质结 ...
- 一键构建云上高可用蛋白质结构预测平台
简介 Deepmind团队于2021年7月公开了Alphafold2算法源代码和相关论文,这一方案被认为可解决困扰生物学长达半个世纪的蛋白质折叠结构预测难题,其准确度高达92.4(百分制).Alph ...
- 使用AlphaFold2进行蛋白质结构预测
前言 AlphaFold 2,是DeepMind公司的一个人工智能程序.2020年11月30日,该人工智能程序在蛋白质结构预测大赛CASP 14中,对大部分蛋白质结构的预测与真实结构只差一个原子的宽度 ...
- DeepMind攻破生物学领域50年难题:蛋白质结构预测准确性可达92.4分
译者 | 刘畅 来源 | Google博客 导语:蛋白质的形状与其功能密切相关,能够预测这种结构可使人们更好地了解它的功能和工作原理,从而突破世界上许多强有力的挑战,如开发疾病治疗方法或寻找分解工业废 ...
- 清华AI蛋白质结构预测,连续4周夺得CAMEO第一
衡宇 梦晨 发自 凹非寺 量子位 | 公众号 QbitAI AI蛋白质结构预测赛道,国产模型又有吸睛表现: 在蛋白质结构预测竞赛CAMEO上,有支队伍连续四周夺得全球第一. 达成这一成就的是来自清华大 ...
最新文章
- C# Task注意事项
- ABP理论学习之数据传输对象(DTO)
- 数据库字典php样色,使用PHP一键生成MySQL数据库字典
- 业界 | 清华发布《人工智能芯片技术白皮书(2018)》
- 在DataGridView控件中加入ComboBox下拉列表框的实现
- 路由异常的起源——如何影响最终用户?
- PHP文件上传类及其使用实例教程
- python函数参数的作用是_python函数参数理解
- 【IT界的厨子】酱香鲈鱼
- TP、PHP同域不同子级域名共享Session、单点登录
- Angstrom移植操作
- 千万不要成为这样一个程序员!
- json.dumps loads 终于区分出来了
- 四川大学mac用户登陆锐捷校园网指南
- Windows7不再卡五叶草,更新了bootx64.efi和bootmgfw.efi文件,支持安全启动,不用关闭安全启动和打开csm支持.
- RubyOnRails杂记
- js监听移动端横屏和竖屏状态
- @Resource注解用法
- 《MFC添加语音功能》
- 双系统,win7重装后,找回linux
热门文章
- JEngine的使用-6-ClassBind之JUI
- error: cannot lock ref ‘refs/remotes/origin/douyin/open‘: ‘refs/remotes/origin/douyin‘ exists;
- C语言拆分一个三位数。以及交换两个数(常规法复习加指针法学习)
- 70个居家做饭小技巧
- 针式个人知识管理系统帮助:实现您的PKM梦想!
- 实训周实验(eNSP安装+简单使用+实验项目)总结
- linux设备模型--sysfs
- 高端加密IC开发常见问题
- 【微机原理】数字电路器件—门 与门 或门 非门电路及实例
- Unity中使用插件在地形中制作道路