Genbank的gbff格式转gff3格式(补充)

前言

之前写过的Genbank的gbff格式转gff3格式的运行环境对于很多非计算机行业的同学不是很友好，在帮助一位网友处理格式转换之后，整理了下面这个python转换的方式（注：本人的生物信息等知识还停留在高中水平，只是曾经帮助过同学处理过一个gbff格式转gff3的问题，所以纰漏之处，希望各位大神指出）

python代码

# 导入依赖,如提示没有名为"xxx"的模块,pip安装即可,推荐使用python3.6以上
from BCBio import GFF
# 如果提示"ModuleNotFoundError: No module named 'BCBio'"，安装一下bcbio-gff: pip3 install bcbio-gff==0.6.6
from Bio import SeqIO
# 如果提示"ModuleNotFoundError: No module named 'Bio'", 安装一下bio: pip3 install bio==0.4.1
import gzipdef gbff2gff(input_filename, output_filename):"""gbff格式转gff:param input_filename: 输入文件名, 如 GCA_085.1_ASM148v1_genomic.gbff:param output_filename: 输出文件名, 如 GCA_085.1_ASM148v1_genomic.gff:return:"""# 输入文件名,如果不在当前目录下,请使用绝对路径input_filename = input_filename# 输出文件名output_filename = output_filenametry:input_handle = open(input_filename, "r")output_handle = open(output_filename, "w")except FileNotFoundError as e:print(f"错误:{str(e)}")print(f"文件[{input_filename}]不存在")returntry:# 转换GFF.write(SeqIO.parse(input_handle, "genbank"), output_handle)except Exception as e:print("转换出错:", str(e))# 关闭文件input_handle.close()output_handle.close()def uncompress_gz(src_filename):print("开始解压...")try:dest_name = src_filename.replace(".gz", "")gz_file = gzip.GzipFile(src_filename)with open(dest_name, "wb+") as f:f.write(gz_file.read())gz_file.close()print("解压完成!")return dest_nameexcept Exception as e:print(f"解压出错:{str(e)}")if __name__ == '__main__':print("****重要***\n请将gbff文件放在和当前程序同一个文件夹下!!!")_input_filename = input("请输入要转换的文件名(按Enter完成输入):")_output_filename = input("请输入转换后的文件名,默认和输入文件名一致")if not _output_filename:print("没有指定输出名称,默认将输入文件名的gbff改为gff")_output_filename = _input_filename.replace("gbff", "gff")confirm = input(f"请确认输入的文件名是否正确:\n输入:{_input_filename};\n输出:{_output_filename}\n确认请按Enter,重新输入请按Ctrl+C重新运行程序\n")if not _input_filename.endswith(".gbff"):if _input_filename.endswith(".gz"):uncompress_flag = input("输入的貌似是个gbff压缩后的gz文件,是否解压?输入 yes 进行解压:")if uncompress_flag == "yes":uncompress_gz(_input_filename)_input_filename = _input_filename.split('.gz')[0]else:exit()else:print(f"输入的文件名不正确:{_input_filename}")else:print(f"输入的文件名不正确:{_input_filename}")print("开始转换...")gbff2gff(_input_filename, _output_filename)print("转换完成!")

使用方法

复制上面的代码，新建一个文件，粘贴进去，然后把这个文件保存为gbff2gff3.py，确定后缀名为.py，电脑上安装python3.6的解释器，这个安装可以百度到，安装好之后，Win+R打开运行，输入cmd进入到黑窗口，在里面输入python gbff2gff3.py按回车，根据页面上的提示进行。

说明

执行完之后，会将一个几百兆的gbff文件转成一个几兆的gff3文件，由于本人不是很懂，也不确定是否绝对准确。

如果遇到问题请将截图贴到评论区或者私信！

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