NAMD跑分子动力学模拟出现的一些问题（更新中）

1.能量最小化平衡的时候，如果没有控制好NVT，会出现盒子变小，蛋白跑出水盒子。但是如果仅仅是控制体积不变，又会造成盒子内溶剂密度太小，产生‘Periodic cell has become too small for original patch grid！’这个错误。

NVT:

# Pressure and volume control

useGroupPressure yes;

useFlexibleCell no;

useConstantRatio no;

langevinPiston on

langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm

langevinPistonPeriod 200.

langevinPistonDecay 50.

langevinPistonTemp $temperature

在

wrapWater on

wrapAll on

这后边加一个

margin 3

we use the margin 3 command to allow large volume fluctuations that are typical during the first dynamics of a new system in an NpT ensemble.

Fatal error on PE 0> FATAL ERROR: UNABLE TO FIND ANGLE PARAMETERS FOR HT

HT OT (ATOMS 5525 5527 5526)

错误原因：水分子的两个HT原子之间不应该成键

TIP3P模型中，shake算法的水分子HH应该是有键的，但是vmd中那个solvate模块自动加的水的HH是没有键的，主动改一下solvate的top文件

修改办法：将原文件中的结晶水删除

原因：原体系中存在结晶水

关于FATAL ERROR: Periodic cell has become too small for original patch grid!

几个解决方法:

a. 将实验环境改成在 NVT 或 NVE 条件下先进行平衡一段时间，之后视需要再改成 NPT 就较不容易出错。(主要方法!)

b. langevinPistonPeriod 至少400，langevinPistonDecay至少200，有必要的话加到1000 500 也行

c. 增加 margin

(2)

关于 NPT NVT NVE 的 conf文件设置:

NPT:在 conf 文件添加关于 langevinpiston (定压)和 langevin (定温)两项参数以及衍生参数的设置

NVT:取消 langevinpiston (定压) 等相关参数的设置(设为off或在最前面加#符号都行)，langevin (定温) 参数维持不变。

NVE:取消 langevinpiston (定压)和 langevin (定温) 等相关参数的设置

蛋白质跑到水盒子外

cellBasisVector是按照水的minmax写的

Set water [atomselect top water]

Measure minmax $water

Cellprorigin 测量top all 的center

PME比cell稍微大

出现的原因是蛋白质距离膜边界太近

ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 21750!

ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.

出现原因边界条件选择不合适

在生成psf文件时要考虑二硫键的存在，可使用自动生成工具；

Keep-water-out可使用默认的参数；

小分子的参数文件要添加到蛋白质-膜的参数文件中，在线生成的小分子psf文件要转换成charmm力场格式的。

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