mac brew 安装_无用技能之 Mac 安装relion 步骤

Mac 安装relion 步骤

1，使用terminal安装brew（网址：https://brew.sh/index_zh-cn）

命令如下/usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"

2，安装brew caskroom Homebrew-cask 相当于 Homebrew 的扩展，区别在于，brew 命令首先获取程序源码然后编译安装（包括依赖库），并自动做好必要的配置（如环境变量等）；而 brew cask 命令是下载已经编译好的应用包并放在统一的目录中。安装好 Homebrew 后，可使用 brew tap caskroom/cask 命令直接安装 Homebrew-cask

3，安装git 命令 $ brew install git

4, 紧接着有的电脑中包含developer tools 有的不包含，如果不包含，请在如下网址安装。http://osxdaily.com/2014/02/12/install-command-line-tools-mac-os-x/

4，另外一个必须安装的东西是Xquarts,Xquarts 如果没安装从以下网址下载https://www.xquartz.org/

6，准备工作完成以后，按照以下命令，先安装cmake。如果直接按照原始的relion命令安装会发现缺少mpi。但安装面皮又会发现缺少gcc。所以搜了很久，感谢Kastritis Laboratory 贡献的代码，解决了我的问题。

5， brew install cmake
6， brew install gcc
7， brew install openmpi
8， brew install fltk
9， brew install fftw
10，###Set the correct compilers
11，export CXX=g++-9
12，export CC=gcc-9
13，export OMPI_CXX=g++-9
14，export OMPI_CC=gcc-9
15，export PATH="/usr/local/opt/openmpi/bin:${PATH}"
16，export CXXFLAGS="-I/usr/local/opt/openmpi/include"
17，export LDFLAGS="-L/usr/local/opt/openmpi/lib"
18，###Now download, compile and install relion
19，git clone https://github.com/3dem/relion.git
20，cd relion
21，git checkout 3.0.6
22，mkdir -p build
23，cd build
24，cmake ..
25，make -j 6
26，make install

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