Mac 安装relion 步骤

1, 使用terminal安装brew(网址:https://brew.sh/index_zh-cn)

命令如下/usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"

2,安装brew caskroom Homebrew-cask 相当于 Homebrew 的扩展,区别在于,brew 命令首先获取程序源码然后编译安装(包括依赖库),并自动做好必要的配置(如环境变量等);而 brew cask 命令是下载已经编译好的应用包并放在统一的目录中。安装好 Homebrew 后,可使用 brew tap caskroom/cask 命令直接安装 Homebrew-cask

3, 安装git 命令 $ brew install git

4, 紧接着有的电脑中包含developer tools 有的不包含,如果不包含,请在如下网址安装。http://osxdaily.com/2014/02/12/install-command-line-tools-mac-os-x/

4, 另外一个必须安装的东西是Xquarts,Xquarts 如果没安装从以下网址下载https://www.xquartz.org/

6,准备工作完成以后,按照以下命令,先安装cmake。如果直接按照原始的relion命令安装会发现缺少mpi。但安装面皮又会发现缺少gcc。所以搜了很久,感谢Kastritis Laboratory 贡献的代码,解决了我的问题。

5, brew install cmake
6, brew install gcc
7, brew install openmpi
8, brew install fltk
9, brew install fftw
10,###Set the correct compilers
11,export CXX=g++-9
12,export CC=gcc-9
13,export OMPI_CXX=g++-9
14,export OMPI_CC=gcc-9
15,export PATH="/usr/local/opt/openmpi/bin:${PATH}"
16,export CXXFLAGS="-I/usr/local/opt/openmpi/include"
17,export LDFLAGS="-L/usr/local/opt/openmpi/lib"
18,###Now download, compile and install relion
19,git clone https://github.com/3dem/relion.git
20,cd relion
21,git checkout 3.0.6
22,mkdir -p build
23,cd build
24,cmake ..
25,make -j 6
26,make install

mac brew 安装_无用技能之 Mac 安装relion 步骤相关推荐

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