SNP Flank sequence align gene sequence

根据SNP标记探针的序列来查看具体的一个基因上有多少SNP标记。采用序列回帖的方法进行查看。在R和Linux 中操作，需要安装的软件是BWA， samtools 等
步骤如下：

#extract snp flank sequence to make a fasta file for BWA alignment
setwd("/Users/zhanghuairen/600Ksnp/")
library(stringr)
da=read.csv(file="chr1.csv",header = T) #snp chip annotation file
head(da)
sink('snp_marker_seq.fa')#创建一个fasta文件
for (i in 1:nrow(da)){Frank_seq=unlist(str_split(da$Flank[i],"\\[.*\\]")) #split the seq with []cat(str_c(">",paste(da$Probe.Set.ID[i],da$Physical.Position[i],sep="|")))cat("\n")cat(paste(Frank_seq[1],Frank_seq[2],sep=""))cat("\n")
}
sink()
######using BWA to create a index file for align#
system("bwa index gene2.fasta -p gene2 ")
######using BWA to align snp marker frank sequence to gene sequence
system("bwa mem gene2.fasta snp_marker_seq.fa > snpMarke_align.sam")
#####using samtools to extract the algined sequence
system("samtools view -F 4 snpMarke_align.sam > snpMarkerFiltered.sam")
system("wc -l  snpMarkerFiltered.sam ")

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SNP芯片探针回帖基因序列

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