基于OCRA软件实现密度泛函计算优化双分子体系的复现实验，以ABPA和Trp为例
引言
这是我预PhD期间的第一项复现实验，复现的是我研究计划中最重要的参考文献中的一个计算。ORCA是从头计算、DFT和半经验的从头电子结构SCF-MO程序包，可以处理环境的影响和，特别着重于分子的光谱计算。 可以进行几何优化计算，以及预测大量的不同理论级别的光谱参数。除了可以使用Hartree-Fock理论以外，还可以使用密度泛函理论（DFT），半经验方法，以及基于组态相互作用和耦合簇（即将加入）的高级别从头计算量子化学方法。
环境
CPU：Intel(R) Core(TM) i5-8265U CPU @ 1.60GHz 1.80 GHz
内存：8.00 GB
操作系统：Windows 11 x64 (1125284.1000)
软件：ORCA 5.0.3
多线程支持：MSMPI 10.1.12498
设置
模型：奥斯汀模型1(AM1)
汉密尔顿近似值奥斯汀模型1(AM1)被用于缩小架构,以大袋数据集所要求的最小能量值
函数：B3LYP/G
这里采用密度泛函计算（DFT）的方法,用高斯计算超极化率。
任务：OPT
平行计算：PAL8
选择线程数量
公式:最佳线程数目=(线程等待时间与线程CPU时间之比+1)CPU数目 对于CPU密集型,线程等待时间/线程CPU时间 接近于0,所以设置线程数为CPU的数目 线程数目不易太大,如果线程数太大就会造成线程切换,降低效率 在实际情况中一般CPU密集型线程数量设置为CPU数+1*
输入
3-氨基苯硼酸和色氨酸的原子坐标。
输出
时间消耗
讨论
- PC性能很差。即使使用并行计算也需要很长时间才能完成优化尝试。
- 未形成氢键。也许需要设置氢键并修改输入中两个分子之间的距离，这需要其他几次尝试。
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