生信常用分析图形绘制02 -- 解锁火山图真谛！

有了R语言的基础，以及ggplot2绘图基础，我们的生信常用分析图形的绘制就可以提上日程了！本系列，师兄就开始带着大家一起学习如何用R语言绘制我们自己的各种分析图吧！

由于本系列的所有分析代码均为师兄细心整理和详细注释而成的！欢迎点赞、收藏、转发！

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示例数据和代码获取

系列内容包括：

各种类型的热图你学会了吗？
- 普通热图
- 环形热图
解锁火山图真谛！
- plot函数就能画火山图？
- 高级函数绘制火山图–ggplot2、ggpurb
经典富集分析及气泡图、柱状图绘制
- 气泡图绘制
- 柱状图绘制
富集分析圈图
富集分析弦图
绘制一张可以打动审稿人的桑基图
生存分析 – KM曲线图
基础PCA图
云雨图
韦恩图
环形互作网络图
相互作用网络图
聚类树美化
富集分析气泡图进阶版
mantel test相关性图
词云图
瀑布图
森林图
曼哈顿图
哑铃图
三线表
嵌套圈图
列线图
蜂群图
箱线图+贝塞尔曲线
矩阵散点图
等等，想到再继续补充！！！

本期火山图效果展示

R自带函数plot就能画火山图？

##############
data <- read.csv("DEG.csv",row.names = 1)color <- rep("#999999",nrow(data))color[data$pvalue <0.05 & data$log2FoldChange > 1] <- "#FC4E07"
color[data$pvalue <0.05 & data$log2FoldChange < -1] <- "#00AFBB"par(oma = c(0,2,0,0))plot(data$log2FoldChange,-log10(data$pvalue),pch = 16,cex = 0.5,xlim = c(-4,4), ylim = c(0,32), col = color, frame.plot = F,xlab = "log2FC", ylab = "-log10(Pvalue)", cex.axis = 1, cex.lab = 1.3)# 添加参考线：
abline(h = -log10(0.05),lwd = 2, lty = 3)  # lwd设置线的宽度，lty设置线的类型；
abline(v = c(-1,1),lwd = 2, lty = 3)  # lwd设置线的宽度，lty设置线的类型；# 添加图例
legend(x = 3, y = 32, legend = c("Up","Normal","Down"), bty = "n", # 去除边框pch = 19,cex = 1, # 设置点的样式和大小x.intersp = 0.3, # 设置字与点之间的距离；y.intersp = 0.3, # 设置点与点的高度差，相当于行距；col = c("#FC4E07","#999999","#00AFBB"))# 添加标签：
color = c()
color[which(data[1:10,]$regulate == "Up")] = "#FC4E07"
color[which(data[1:10,]$regulate != "Up")] = "#00AFBB"
text(data$log2FoldChange[1:10],-log10(data$pvalue)[1:10],labels = data$row[1:10],adj = c(0,1.5),cex = 0.6,col = color)

将上述代码封装成函数，以后调用，就可以一键出图：

# 包装函数：
# 调整1: xlim和ylim得去掉
# 调整2: 修改图例的位置
plotVoc <- function(data){color <- rep("#999999",nrow(data))color[data$pvalue <0.05 & data$log2FoldChange > 1] <- "#FC4E07"color[data$pvalue <0.05 & data$log2FoldChange < -1] <- "#00AFBB"par(oma = c(0,2,0,0))plot(data$log2FoldChange,-log10(data$pvalue),pch = 16,cex = 0.5,col = color, frame.plot = F,xlab = "log2FC", ylab = "-log10(Pvalue)", cex.axis = 1, cex.lab = 1.3)# 添加参考线：abline(h = -log10(0.05),lwd = 2, lty = 3)  # lwd设置线的宽度，lty设置线的类型；abline(v = c(-1,1),lwd = 2, lty = 3)  # lwd设置线的宽度，lty设置线的类型；# 添加图例legend(x = 3, y = max(-log10(data$pvalue)), legend = c("Up","Normal","Down"), bty = "n", # 去除边框pch = 19,cex = 1, # 设置点的样式和大小x.intersp = 0.3, # 设置字与点之间的距离；y.intersp = 0.3, # 设置点与点的高度差，相当于行距；col = c("#999999", "#FC4E07","#00AFBB"))# 添加标签：color = c()color[which(data[1:10,]$regulate == "Up")] = "#FC4E07"color[which(data[1:10,]$regulate != "Up")] = "#00AFBB"text(data$log2FoldChange[1:10],-log10(data$pvalue)[1:10],labels = data$row[1:10],adj = c(0,1.5),cex = 0.6,col = color)
}data <- read.csv("DEG2.csv",row.names = 1)plotVoc(data)

高级函数绘制火山图–ggplot2、ggpurb

使用ggplot2绘制：

library(ggplot2)data <- read.csv("DEG.csv",row.names = 1)#################
# ggplot2绘制火山图
data$label <- c(rownames(data)[1:10],rep(NA,nrow(data) - 10))ggplot(data,aes(log2FoldChange,-log10(pvalue),color = regulate)) + xlab("log2FC") + geom_point(size = 0.6) + scale_color_manual(values=c("#00AFBB","#999999","#FC4E07")) + geom_vline(xintercept = c(-1,1), linetype ="dashed") +geom_hline(yintercept = -log10(0.05), linetype ="dashed") + theme(title = element_text(size = 15), text = element_text(size = 15)) + theme_classic() + geom_text(aes(label = label),size = 3, vjust = 1,hjust = -0.1)

使用ggpurb的scatter函数也可以画：

#############
# 使用ggpurb绘制火山图：
library(ggpubr)
data$pvalue <- -log10(data$pvalue)
ggscatter(data, x = "log2FoldChange", y = "pvalue", ylab="-log10(P.value)", size=0.6, color = "regulate", label = rownames(data),label.select = rownames(data)[1:10],repel = T,palette = c("#00AFBB", "#999999", "#FC4E07")) +geom_hline(yintercept = 1.30,linetype ="dashed") +geom_vline(xintercept = c(-1,1),linetype ="dashed")

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