ligplot java jre_CentOS 6.4 software installation guide
1: Gromacs 的安装
(1) 下载:gromacs(gromacs-4.63.tar)安装包和cmake(cmake-2.8.11.2.tar)安装包。
(2) 安装cmake: 先解压(tar),然后去解压的目录,依次执行:./configure; make;make install。
(先要安装gcc编译器:yum install gcc*)。
(3) 安装gromacs:先解压(tar),然后去安装的目录,新建一个build文件夹,进入build文件夹,依次执行:
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON; make ; make install。
(4) 设置环境变量:在.bashrc文件中加入:export PATH=$PATH:/usr/local/gromacs/bin
备注:其在安装过程中会自动下载并安装fftw。
2:Amber12和AmberTools 13的安装
(1)下载:Amber12.tar.bz2(收费)和AmberTools13.tar.bz2(免费)。
(2)安装前,系统需要先安装flex;gcc; openmpi; flex;g++; libxt-dev; libxext-dev; gfortran; tcsh; libnetcdf-dev; patch; csh; bison; xorg-dev; libbz2-dev。用 yum 安装。
(3)串行安装:a:解压 tar -jxvf Amber12.tar.bz2 -C /home/sh/Programs/
tar -jxvf AmberTools13.tar.bz2 -C /home/sh/Programs/
b:在/home/sh/Programs/Amber12夹中,执行 ./configure -noX11 gnu
c:执行 make install
d:执行 make test
e:在bashrc文件中写入变量和路径:
export AMBERHOME=/home/sh/Programs/Amber12
export PATH=$PATH:$AMBERHOME/bin
(4) 并行安装之 openmpi的安装
a:下载 openmpi-1.6.5.tar.gz
b:解压到/home/sh/Amber/amber12/AmberTools/src
c:写入环境变量:
export MPI_HOME=/home/sh/Amber/amber12/AmberTools
export PATH=$PATH:$MPI_HOME/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MPI_HOME/lib
d:进入AmberTools/src目录,执行./configure_openmpi gnu; 在执行make install
e:进入amber12文件夹
f:执行 ./configure -mpi gnu
make install
g:并行测试 mpirun -np 4 sander.MPI
备注:如果并行运算报错时: cannot connect to local mpd(/tmp/mpd2.console_balay);
possible causes: 1. no mpd is running on this host 2. an mpd is running but was ...
解决方法:
cd $HOME
touch .mpd.conf
chmod 600 .mpd.conf
然后运行 mpdboot即可。
3:VMD的安装方法
(1) 下载VMD(vmd-1.9.1.bin.LINUXAMD64.opengl.tar)。
(2) 安装VMD:a: 先解压vmd-1.9.1.bin.LINUXAMD64.opengl.tar,生成vmd-1.9.1。
b:进vmd-1.9.1文件夹,执行./configure LINUXAMD64
c:进入 src文件夹,执行make install命令。
d:执行命令 vmd 进行测试。
备注:一般安装完成后,如果显卡没有什么问题,vmd会正常打开。如果显卡的驱动存在问题,
vmd可能会出现闪退。请google 解决方法。(用serial >num and serial
4:Coot 软件的安装
(1) 下载coot软件(coot-0.7.0-9.2.x86_64.rpm)。
(2) 安装:rpm安装时提示需要以下几种依赖软件,请下载安装:
a: refmac-dictionary-5.38-3.1.noarch.rpm
b: libmmdb0-1.24.2-2.1.x86_64.rpm
c: libclipper2-2.1.20121002-1.2.x86_64.rpm
d: libccp4-6.3.0.20121001-2.2.x86_64.rpm
e: gtkglext-libs-1.2.0-11.el6.x86_64.rpm
f: gsl-1.13-2.3.x86_64.rpm
g: freeglut-2.6.0-5.1.x86_64.rpm
h: coot-reference-structures-0.2008-1.2.noarch.rpm
i: fftw2-2.1.5-52.3.x86_64.rpm
备注:因相关软件具有依赖性,安装顺序不对时会报错。
5: Phenix的安装
(1) 下载phenix软件,需要教育网邮箱注册登录后下载(phenix-installer-1.7.3.tar.gz)。
(2) phenix 安装:先解压,然后进解压后目录,依次运行:./install;
(3) 设置环境变量:source /usr/local/phenix-1.8.2-1309/phenix_env.sh
6: CCP4的安装
(1) 下载ccp4软件,需要教育网邮箱注册登录后下载(ccp4-6.4.0.1-linux-x86_64.tar)。
(2) ccp4安装:先解压,然后进解压后目录,依次运行:./BINARY.set-up。
(3) 设置环境变量:在.bashrc 文件中添加:source /home/sh/Programs/ccp4-6.4.0/bin/ccp4.setup-sh
7: Grace 的安装
(1) 首先安装epel。
(2) 安装grace: yum install grace
(3) 测试:运行 xmgrace
备注:如果提示缺少libhdf5_hl.so.6,可以执行yum install hdf5,该软件提供libhdf5.so.7和 libhdf5_hl.so.7,其位于/usr/lib64文件夹中,然后在该文件夹中生成libhdf5_hl.so.6 文件,命令为:cp libhdf5.so.7 libhdf5.so.6;
cp libhdf5_hl.so.7 libhdf5_hl.so.6 。再次运行 xmgrace即可。
8: Autodock 4.2的安装
(1)首先安装mgltools_x86_64Linux2_1.5.6
(1)首先安装tcl 和tk:yum install tcl-devel ; yum install tk-devel。
(2)再安装 mgltools:解压mgltools_x86_64Linux2_1.5.6.tar.gz,解压后进入该目录,运行 ./install.sh ,提示
安装成功。
(3)设置环境变量:export PATH=/home/sh/Programs/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/bin:$PATH。
(2)Autodock的安装
(1)将autodocksuite-4.2.5.1-x86_64Linux2.tar 文件解压,后得到 autogrid4和autodock4文件。
(2)将autogrid4和autodock4文件拷贝到 /usr/bin/文件夹中即可。这两个文件最好放入autodock的运行
结果的文件夹中。
9: Modeller的安装
(1)先下载modeller-9.12-1.x86_64.rpm。
(2)安装 rpm -ivh modeller-9.12-1.x86_64.rpm。
(3)注册:先用教育网邮箱注册获得liscense (MODELIRANJE)。然后修改/usr/lib/modeller9.12/modlib
/modeller/config.py
(4)安装python: yum install python
(5)运行:用 python file.py 或者 mod9.12 file.py 运行脚本。脚本文件可以用vi编辑器编写。
10: Gaussian linux 版本(32bit)的安装
(1)新建一个Gaussian文件夹。
(2)解压 g09-x86.tar.bz2 文件至Gaussian中,生成一个 g09 文件夹。
(3)解压gv-412-Linux-x86.tar.gz 文件至Gaussian中,生成一个gv文件夹。
(4)在g09文件夹中新建一个scratch 文件夹,并修改权限:chmod 777 scratch。
(5)设置环境变量:
export g09root=/home/sh/Gaussian/g09
export GAUSS_EXEDIR=$g09root
export GAUSS_SCRDIR=$g09root/scratch
export GV_DIR=/home/sh/Gaussian/gv
export LIBPATH=/home/sh/Gaussian/gv/lib
export LD_LIBRARY_PATH=$g09root/
export PATH=$PATH:/home/sh/Gaussian/g09:/home/sh/Gaussian/gv
(6)命令行中运行gview 即可。(如需要库文件,通过yum进行安装即可。)
备注:如果g09出错,log文件显示:
Entering Gaussian System, Link 0=g09
Input=1.com
Output=1.log
Files in the Gaussian directory are world accessible.
This must be fixed.
原因是g09文件夹权限太高,如果整个改成777就有可能出这个问题。
解决办法是除了scratch目录以外,均用755或者750(chmod +R 750 g09)等。
11: packmol的安装
下载:packmol.tar.gz
解压:tar -zxvf packmol.tar.gz -C /home/sh/Programs
安装:进入解压后的文件夹,执行 ./configure /usr/bin/gfortran //没有结果说明
再执行:make //提示安装成功。
运行:先设置环境变量 export PATH=$PATH:/home/sh/Programs/packmol
运行是用命令: packmol < mixture.inp
12: pymol的安装
root 用户下执行:yum install pymol
(备注:pymol打开的文件路径必须是英文的。)
13: rosetta的安装
首先下载 rosetta 3.5 (需用教育网邮箱注册得到license. Academic_User Xry3x4)
解压:tar -zxvf rosetta3.5_bundles.tgz -C /home/sh/Programs
先安装环境: yum install scons
yum install subversion
yum install glibc*
yum install gcc*
yum install zlib-devel
yum install pkgconfig
然后进入 rosetta 3.5/rosetta_source文件夹,先执行:scons bin -j4 //(bug 模式)
再执行:scons bin mode=release -j4 //(release 模式)
编译完成后进行检测:scons cat=test
python test/run.py
14:LigPlot的安装
需要下载:Java Runtime environment : jre-7u51-linux-x64.rpm 和LigPlus.zip
安装: 先 rpm -ivh jre-7u51-linux-x64.rpm
然后解压 unzip LigPlus.zip
进入LigPlus文件夹,在其中建立一个tmp文件夹
执行:./LigPlus.jar
注意:
(1):打开后需要edit---Program paths 修改其中的temporary directory的位置: /home/sh/Programs/LigPlus/tmp; 添加pymol的位置:/usr/bin/pymol
(2):可以为程序设置快捷方式,在bashrc中 添加: alias ligplot='LigPlus.jar的路径'
15: 输入法安装
当安装centos选择language为english时,安装成功后可能会缺少中文输入法,可以通过以下方法解决:
yum install "@Chinese Support"。安装完成后,会出现input method 选项。可以在其中选择中文输入法。
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