WebApplication编程模型的优点：

●网站编译速度快，使用了增量编译模式，仅仅只有文件被修改后，这部分才会被增量编译进去。

●生成的程序集
WebSite：生成随机的程序集名，需要通过插件WebDeployment才可以生成单一程序集
WebApplication：可以指定网站项目生成单一程序集，因为是独立的程序集，所以和其他项目一样可以指定应用程序集的名字、版本、输出位置等信息

●可以将网站拆分成多个项目以方便管理

●可以从项目中和源代码管理中排除一个文件

●支持VSTS的Team Build方便每日构建

●更强大的代码检查功能，并且检查策略受源代码控制

●可以对编译前后进行自己规定的处理

●对App_GlobalResources 的Resource强类支持（网上说的，还没有了解过）

●直接升级使用VS2003构建的大型系统

WebSite编程模型的优点：

●动态编译该页面，马上可以看到效果，不用编译整个站点（主要优势）

●同上，可以使错误的部分和使用的部分不相干扰（可以要求只有编译通过才能签入）

●可以每个页面生成一个程序集（不会采用这种方式）

●可以把一个目录当做一个Web应用来处理，直接复制文件就可以发布，不需要项目文件（无所谓，只适合小站点）

●可以把页面也编译到程序集中（应该用不到，而且WebApplication也可以通过WebDeployment插件来实现）

两种编程模型的互相转换：

VS2005 SP1内置了转换程序，可以非常方便的从WebSite转换到WebApplication
只需要复制文件，右键执行“转换为Web应用程序”即可。
未查到有专门的反向转换工具，但比较后发现如果转换也非常简单。

删除所有*.designer.cs
将*.aspx、*.ascx、*.master页面文件中的 Codebehind="FileList.aspx.cs" 批量替换成 CodeFile="FileList.aspx.cs"

不同点还有。
直接建立网站，没有命名空间，有几个特殊文件夹如App_code文件夹不能直接在网站项目里建立，但可以手动添加然后包含到项目里面来。

直接建立的网站解决方案不在网站的目录下,而是在vs默认的目录,一般是在我的文档中的vs目录下的project中,可以手动拷贝过来

要使用WebApplication程序 我们需要安装 Visual Studio 2005 Team Suite CHS 补丁这样才能把网站项目转换成为Web应用程序.

web程序同一般的程序有些不一样，vs不必为它们建立工程（project）文件，所以也可以称为无工程开发（projectless development），目的是可以保证站点的目录清晰，不乱，有助于web程序最后的配置，可以完全将整个的目录简单的拷贝即可，因为没有多余的文件。同时，无工程开发可以方便团队开发，因为各自的开发文件不需要同步。在vs中同样还有基于工程的web开发，可以称为web工程（web projects），实际是这是以前的开发模式，存在的目的，

一是可能需要迁移以前开发的web工程到vs2005下，

二是有时需要在一个站点中包括多个工程，

三是web工程可以灵活的处理站点的资源文件，比如大量的图片，在开发时，可以不包含到工程中，四是如果使用MSBuild工具，则必须使用工程文件