读取affy表达谱芯片数据的方法

Affymetrix表达谱芯片数据读取的方法分3种：

1、使用affy包读取。（HGU95/HGU133芯片）

2、使用oligo包读取。（Whole Transcriptome 芯片/ NimbleGen 芯片/ SNP芯片等）

3、使用simpleaffy包读取。（HGU95/HGU133芯片）

说明

1 使用 affy 包读取

1 justRMA

有just.rma和justRMA两种函数可供使用。justRMA整合了读取数据和rma算法处理两个步骤，可以直接读取数据生成ExpressionSet，不产生AffyBatch。代码如下：

just.rma(filenames)justRMA(filenames, widget = F)

just.rma必须给出要读取的CEL文件的文件名（可以为list），justRMA在不输入任何参数的时候表示读取工作目录下所有的CEL文件。若输入justRMA(widget=T)，则表示手动选择要读取的CEL文件。推荐输入包含路径的文件名（list.celfiles(full.name = T)的返回值）。

2 read.affybatch

有read.affybatch和ReadAffy两种函数可供选择，均读取CEL文件转换成AffyBatch对象，CEL文件无论是否压缩均可读取。代码如下：

read.affybatch(filenames)ReadAffy(filenames, widget=F,celfile.path)

read.affybatch必须给出要读取的CEL文件的文件名（可以为list）且不能更改读取路径，读取路径固定为工作路径。ReadAffy在不输入任何参数的时候表示读取工作路径下所有的CEL文件。若输入ReadAffy(widget=T)，则表示手动选择要读取的CEL文件。

2 使用 oligo 包读取

read.celfiles

read.celfiles(filename)

读取CEL文件的时候推荐输入包含路径的文件名。即使用上一步代码list.celfiles(celpath, full.name = T)的返回值。无论CEL文件是否被压缩均可读取。

3 使用 simpleaffy 包读取

read.affy

使用simpleaffy包读取CEL文件需要额外提供一个描述实验分组信息（即phenoData)的covdec文件。该文件与CEL文件放在同一目录下。要求covdec文件第一列无列名，含有要读取CEL文件名，剩下的列表示实验因子。代码如下：

read.affy(covdesc = "covdesc",path=".", ...)

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