2020.11.10丨BSA基础知识及产品介绍

产品介绍
- BSA产品介绍
  - 1.1研究目的
    - 基因定位
  - 1.2基本概念
    - Bulked Segregant Analysis，分离群体分组分析法
    - 定义：
      - 在性状分离的遗传群体中，选择表型极端差异个体将其DNA等量混合，分别构建DNA混池，与性状相关SNP的等位位点频率在混池间表现出显著差异，而非相关SNP的等位位点频率无明显差异，从而可以通过比较混池间SNP得到候选区间。
    - 原理：等位基因频率差异
  - 1.3技术流程
    - 选择合适亲本构建遗传群体
    - 调查表型，选取极端表型的个体构建DNA混池
    - 对端混池及亲本进行高通量测序，鉴别多态性标记，进行关联分析
    - 结合物种的参考基因组序列，对定位区间基因做功能注释
  - 1.4性状选择
    - 突变性状
      - 自然突变：在大田、苗圃中发现的突变个体
      - 人工诱变：利用化学和物理方式诱变得到突变个体
    - 质量性状
      - 根据子代的分离比推断性状属性
        
        单基因：F2，3：1 两基因：F2，15：1
    - 有主效位点的数量性状
  - 1.5混池大小
    - 大小：建议30+30以上；
    - 数量性状：单个混池占群体规模的15%以下
    - 质量性状：随机选
    - 性状选择一定要极端；混池规模尽量大；
  - 1.6 BSA取样
    - 取样时期
      - ➢ BSR：在前期研究基础上，取样时期在目的基因表达时期和部位。
      - ➢ WG-BSA、SLAF-BSA取样时期：幼嫩组织。
    - 混池选择
      - ➢ 建议两个混池都取样，尤其突变性状。
    - 亲本取样
      - ➢ 建议亲本取样。信息分析时，亲本首先比对到参考基因组，分析两个亲本间的SNPs，然后在混池中对这些SNPs进行分型，可以有效的提高SNPs的准确性。有亲本BSA分析会使用ED 和ΔSNP-Index两种方法进行分析，最后去两种结果的交集，提高定位准确度。
  - 1.7 DNA-BSA中特例——MutMap
    - 前提条件：EMS诱导的点突变，突变性状为隐形性状
    - 群体构建：野生亲本和突变亲本杂交构建的分离群体
    - 送样：1个野生型亲本+1个突变表型子代混池
  - 1.8 关联算法
    - —SNP-index
      - 以母本碱基类型频率为分母，混池检测为分子，隐性池-显性池
      - 混池间的基因型频率差异
      - 必须有2个亲本，且2个亲本与混池性状关系对应 SNP-index= ρ（隐性）/(ρ（显性）+ρ（隐性）) ΔSNP-index= SNP-index（隐性池）- SNP-index（显性池）
    - 欧氏距离ED法
      - 计算欧式距离（空间几何距离）
    - 对于有双亲的BSA分析，百迈客使用SNP-index、ED两种算法同时计算，然后取两种方法的交集区间。
  - 1.9 BSA和遗传图的区别
    - 表格

2020.11.10丨BSA基础知识及产品介绍相关推荐

php switch 函数,PHP丨PHP基础知识之条件语SWITCH判断「理论篇」
Switch在一些计算机语言中是保留字,其作用大多情况下是进行判断选择.以PHP来说,switch(开关语句)常和case break default一起使用典型结构 switch($control ...
2020计算机基础知识考试题及答案,2020年计算机二级公共基础知识考试模拟习题及答案...
[导语]2020年计算机二级考试备考正在进行中,为了方便考生及时有效的备考,那么,无忧考网为您精心整理了2020年计算机二级公共基础知识考试模拟习题及答案,供大家的参考学习.如想获取更多计算机二级考试 ...
JAVA攻城狮:JAVA核心第11版卷1基础知识，卷2高级特性+JAVA编思第4版(中)
<JAVA核心技术第11版卷1,2> Java核心技术与Thinking in Java(Java编程思想)齐名的 Core Java.2018年9月才出版的英文原版,包括了Java9,J ...
10、多媒体基础知识
目录第十章多媒体基础知识多媒体基础概念 1．声音频率的概念 2．图形和图像的区别 3．彩色空间 4．图像文件大小计算 5．声音文件大小计算 6．视频文件大小计算例题多媒体标准例题有损压缩 ...
干货丨从基础知识到实际应用，一文了解「机器学习非凸优化技术」
文章来源:机器之心优化作为一种研究领域在科技中有很多应用.随着数字计算机的发展和算力的大幅增长,优化对生活的影响也越来越大.今天,小到航班表大到医疗.物理.人工智能的发展,都依赖优化技术的进步. 在 ...
2020.12.10丨cufflinks 简介及使用说明
一. 简介 Cufflinks下主要包含cufflinks,cuffmerge,cuffcompare和cuffdiff等几支主要的程序.主要用于基因表达量的计算和差异表达基因的寻找. Cufflin ...
17 - 01 - 10 计算机导论基础知识
难点: 主频= 外频*倍频随机存取存储器:RAM 只读存储器:ROM 分辨率:DPI dpi 色彩位数:色彩深度指令 ( 机器指令 )  指令用二进制编码表示 .  指令由操作码和操 ...
❤『面试知识集锦100篇』3.mysql篇丨mysql基础知识和面试真题，看完不收藏算我输！！
作者:不吃西红柿简介:CSDN博客专家.蓝桥签约作者.大数据&Python领域优质创作者. 谢谢那些曾经击倒我的人, 躺着可真TM舒服. 目录一.知识体系 1.关系型数据库术语 2.事务的 ...
不得不会的10点Java基础知识
1.实例变量和类变量实例变量:指每个对象独立的,修改其中一个对象的实例变量,不会影响其他实例变量的值,变量值无 static 关键字修饰: 类变量:是指所有对象共享的,其中一个对象把该变量的值修改了 ...

2020.11.10丨BSA基础知识及产品介绍

2020.11.10丨BSA基础知识及产品介绍相关推荐

最新文章

热门文章