fsleyes -- 一款多功能影像数据查看器

FSLeyes 是 3D 和 4D 数据的查看器，可以接受多种类型数据的展示。

接收类型如下：

NIFTI image files (.nii, .nii.gz).
MGH image files (.mgh, .mgz).
GIFTI surface files (.surf.gii, .gii).
Freesurfer surface files (lh.orig, lh.pial, lh.white, etc).
FEAT analysis directories (.feat).
MELODIC analysis directories (.melodic).
dtifit output directories.
VTK legacy files (.vtk) which are in a format similar to that produced by the FIRST sub-cortical segmentation tool.
2D image files (e.g. .png, .bmp, .jpg, etc).

本文目录

文章目录

1. 如何启动 FSLeyes
2. 加载图像
- 2.1 通过终端命令加载
- 2.2 通过 `File`菜单加载
- 2.3 通过 overlay 面板加载
3 界面说明
4 多种视图 View
5 如何截屏
6 是否可以编辑图像
7 用于论文做图的例子

1. 如何启动 FSLeyes

在上一节中，我们安装好 FSL 后，FSLeyes 就已经安装好了。通过在终端键入 fsleyes就可以启动。

$: fsleyes

当您第一次启动 FSLeyes 时，您将看到如下所示的内容：

这里没有加载任何图像，所以是一个空面板。

2. 加载图像

加载图像的方式很多，这里介绍三种加载方式。

2.1 通过终端命令加载

我们要加载某一个图像查看，可以在打开 fsleyes 的时候直接加载，如：

$: fsleyes *.nii.gz
# 这里的 * 指的是图像路径

2.2 通过 `File`菜单加载

在软件最上方有一排菜单栏，通过 File菜单添加。按需要，可以选择加载单个图像，还是文件夹。

2.3 通过 overlay 面板加载

通过 overlay 面板可以实现图像的新增和删除。便于更好的管理图层（类似于 ps 的图层，我习惯这么理解）。

如果你已经加载好图像，我们接下来分析一下界面的功能。

3 界面说明

overlay toolbar: 字面意思是叠加工具箱。实际上就是控制图层之间的显示，比如透明度，对比度，亮度，窗宽窗位等。
ortho toolbar: 控制中间正交视图（ortho view）的显示, 比如三个面的排列方式，也可以选择单独显示某个方位。
overlay list: 叠加列表，控制图像的图层顺序，可以进行上下移动图层，显示和不显示某图层，加载和删除某图层。
location panel: 位置面板，显示当前的坐标信息和正交体素的像素值。

注意：这里有两个坐标系。显示的都是图中绿色定位线交点的坐标值。第一个坐标是内部的一个坐标系，目前没啥用。第二个坐标比较常用，显示当前所在层的 xyz 三个坐标。下面的Volume在加载 4D 图像的时候有用，表示加载的第几个 3D 体积。

如图，我加载的是一个 4D 的脑数据，包含T1,T2,Flair 和 T2增强(假设是这些，不准确)。大小=4x240x240x155, 设置volume=1，加载的就是 1x240x240x155.

如果对每个功能的意思不是很了解，把鼠标放在上面，会有解释。

以上就是一个非常简单的入门介绍，接下来介绍一些更高阶的应用。

4 多种视图 View

在菜单栏 View 里面，提供了多种视图供选择。

ortho view: 正交视图，我们前面使用的都是正交视图
lightbox view: 灯箱视图，这个功能非常喜欢，他可以选择按轴位，冠状位还是矢状位显示所有的层。

这里，可以非常清晰的看到哪些层面有肿瘤，可以通过调整层间距控制显示的层数。
Histogram: 直方图，点击就可以直接画出图像的直方图
3D view: 3D 视图，可以进行 3D 表面重建，可用于显示器官的形态等。

这里显示了一个脑肿瘤的形态，可以旋转查看。

最后，如果你实验后，发现面板变得非常混乱，可以使用 view > layouts 重新排。

5 如何截屏

当你调到满意的视角之后，可能想保存画面，那么应该怎么做呢？

只要点击界面中的拍照按钮即可截图。

6 是否可以编辑图像

正交视图具有编辑模式，允许您编辑 NIFTI 图像中包含的值。您可以通过tool ⇒ edict mode 菜单选项在任何正交视图中进入编辑模式。可以对图像进行绘制、擦除、填充、选择、复制或粘贴体素。

7 用于论文做图的例子

例如，论文中，经常展示分割结果和 mask 对比，通过这个软件就可以实现不同模型分割结果的对比。

以上简单介绍了 fsleyes 的一些通用功能，更细节的应用可以查看官方文档。Fsleyes 官方文档

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