原来Rproj还可以这么使用

在别人的电子书，你的电子书，都在bookdown中我们讲述了bookdown的应用。里面涉及到一个文件Rproj用于项目管理。

本身是一个很简单的文件，里面的内容一般不需要修改，只是放置在每个项目目录下即可。

比如我们有个内容如下的ysx.Rproj文件，配置了一些参数，看单词都应该明白这些参数是什么含义。

Version: 1.0RestoreWorkspace: Default
SaveWorkspace: Default
AlwaysSaveHistory: DefaultEnableCodeIndexing: Yes
UseSpacesForTab: Yes
NumSpacesForTab: 2
Encoding: UTF-8RnwWeave: Sweave
LaTeX: pdfLaTeXBuildType: Website

那么他有什么特别的应用呢？

在我们之前的易生信培训课程中，R代码都以Rmarkdown的形式呈现，因为它有一个便利的地方在于Rmd中运行的代码默认以Rmd所在目录为工作目录，这样就方便设置相对路径访问文件了。

因为开始学习时对命令和命令下处理文件的不熟悉，找不到文件是我们最常见的错误之一。

但如果需要临时调试，在Console下写代码时，工作路径是需要自己切换的。而且Terminal下使用模拟Linux命令时路径也需要手动切换，会给初学者一些困扰。(Windows轻松实现linux shell环境：gitforwindows)

而有了Rproj，问题就解决了，直接在培训教案所在目录放置一个Rproj文件 (内容如上，文件名甚至也不需要修改)，然后用Rstudio打开 (Open project)所有的路径都为Rproj所在目录了，具体看下方的动画展示。

另外如果我们自己开发R包，可以用如下的Rproj文件，配置信息稍微多了一些。

Version: 1.0RestoreWorkspace: Default
SaveWorkspace: Default
AlwaysSaveHistory: DefaultEnableCodeIndexing: Yes
UseSpacesForTab: Yes
NumSpacesForTab: 2
Encoding: UTF-8RnwWeave: Sweave
LaTeX: pdfLaTeXAutoAppendNewline: Yes
StripTrailingWhitespace: YesBuildType: Package
PackageUseDevtools: Yes
PackageInstallArgs: --no-multiarch --with-keep.source
PackageRoxygenize: rd,collate,namespace

易生信培训开展近两年了有19期了，基础课Python, Linux和R只开过一次，录制了详细的视频，一直在优惠出售，是适合生物信息程序学习的佳品。这三个课程跟着视频反复练习效果是最好的。

其它课程如转录组（单细胞）、扩增子、宏基因组都开设了4次以上，每次都会优化组织方式，升级到最新分析方案，现在已趋于成熟，可以在较短的时间学习和掌握较多的知识和分析经验。

培训班和培训视频不是学习生信的唯一方式，但好的培训班和培训视频可以起到很强的推动力，事半功倍的作用，大大俭省我们的时间，提高效率。

一位多次参加过我们课程的老师跟我们说，“课程的一部分资料和信息在网上我们也可以检索到，但需要更多时间去鉴别和整合，而且我们还做不到向提供的教案这样步骤之间衔接比较好。从时间效率和正确的学习方向养成来看，参加你们易生信培训班是我们效益最高的方式”。这位老师最先被我们的Linux课程圈粉，后来又参加了扩增子和转录组的课程，也一直在给我们推荐身边感兴趣的朋友参与课程。

确实，学习生信的一般方式是，在网上搜罗免费的教程、博文、视频。这些资料本身良莠不齐或者更多是为了记录自己学习中遇到的问题，缺乏系统性。而且因为每个人背景不同，作者以为他知道的信息读者可能也知道，就会省略掉这些信息，初学者看到后却不知道怎么操作，学习起来并不是太顺畅，还得继续搜索。看上去没有花钱，但实际多花了很多时间和精力，也有可能走上错误的方向。

而易生信的讲师，都是在生信领域学习和应用了十年的老司机，而且运营了生信宝典和宏基因组公众号，和相应的数十个微信、QQ群，也都参与过一些大的项目，发表过Sciecne，NBT，Cell Stem Cell等高水平文章，跟实验学家、生信初学者、中级者和领域内生信高人都有比较多的沟通和交流，对每一个课程的整体把握和学习过程中需要注意的点都有系统总结，更是一种经验的分享。

而且三天的线下培训可以与我们的讲师，与来自全国各地的优秀学者们一起交流分享，互相学习，接触更多的朋友，也寻求更多的合作机会。

现在我们在北京每月都开课，欢迎随时来撩！！！

详情见 http://www.ehbio.com/Training。

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