事先声明

我是代码小白,非生物信息学科班出身,但是对分析数据很感兴趣,也的确有需求,求人不如求己,师兄总是教育我:“自己动手丰衣足食”,所以,时而放弃,时而接续。
以下内容非转载非照抄,都是自己亲身经历的,仅供参考,如有建议还请大佬们多多指点小弟,谢谢。

conda安装

这个就不再赘述了,网上有很多教程,图形化界面的或者命令行模式的版本都有,按需索取即可,声明一下,我这里安装的是anaconda3,电脑版本为2017年的MacBook Air(系统版本11.5.2)。

先描述问题

我想安装一款软件叫fastANI,软件功能不再赘述,搜了一下这个软件的名字,在github上找到这款软件的安装信息,下载对应的安装包(fastani-OSX64-v1.1.tar.gz)到我的电脑上。
解压缩(你们会的)
cd到对应的路径,发现有个unix可执行文件叫fastANI,天真的我以为这就算装好了
天真的我试了一下下边的代码

./fastANI -h

竟然出来了帮助文档,大喜!如此之简单!

But!
当我使用下边代码来尝试做个测试的时候

./fastANI -q Escherichia_coli_str_K12_MG1655.fna -r Shigella_flexneri_2a_01.fna -o output.txt

报错如下

>>>>>>>>>>>>>>>>>>
Reference = [Shigella_flexneri_2a_01.fna]
Query = [Escherichia_coli_str_K12_MG1655.fna]
Kmer size = 16
Fragment length = 3000
Threads = 1
ANI output file = output.txt
>>>>>>>>>>>>>>>>>>
dyld: lazy symbol binding failed: Symbol not found: ___emutls_get_addressReferenced from: /Users/dr.song/Desktop/biosoft/fastani/fastani-OSX64-v1.1/.//./libgomp.1.dylibExpected in: /usr/lib/libSystem.B.dylibdyld: Symbol not found: ___emutls_get_addressReferenced from: /Users/dr.song/Desktop/biosoft/fastani/fastani-OSX64-v1.1/.//./libgomp.1.dylibExpected in: /usr/lib/libSystem.B.dylibAbort trap: 6

这是啥意思,dyld是啥,Symbol not found是啥意思,完全懵,惯例,搜索找解决方案……
反正是没找到合适的解决方案,反而越来越复杂
难不成是环境变量没设置好?
并不是,我也尝试把软件的路径加到.bash_profile文件里,没卵用。

接下来,回到这款软件的GitHub页面找答案,看到了作者写的一个方法,大概意思是由于这个软件是使用c++写的(个人理解),而且之前下载的包里是有一个二进制文件(应该就是那个fastANI的Unix可执行文件)可以直接使用,如果不行的话就需要编译……
啥是编译,我该做啥……我真的一点儿都不懂,问了周围的两个大神,大神说这款软件的编译貌似不太好做,光是个Boost就够你喝一壶了……
很显然大神不太想出手,那就只能靠我自己了……
继续搜索如何安装fastANI,这时候又找到一个网页,提示可以用conda安装,conda是啥我就不赘述了
感觉又看到了春天……
于是乎,赶紧的试了试

anaconda search -t conda fastani #在conda上搜索fastani这个包
anaconda show bioconda/fastani #按照官方提示的命令安装
conda install --channel https://conda.anaconda.org/bioconda fastani #官方推荐总不会错吧
###but!我看到的是下边的情况
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.
Solving environment: failed with repodata from current_repodata.json, will retry with next repodata source.
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.
Solving environment: -
Found conflicts! Looking for incompatible packages.
This can take several minutes.  Press CTRL-C to abort.
failed                                                                                                                            UnsatisfiableError: The following specifications were found
to be incompatible with the existing python installation in your environment:Specifications:- fastani -> python[version='>=2.7,<2.8.0a0|>=3.5,<3.6.0a0|>=3.6,<3.7.0a0|>=3.7,<3.8.0a0']Your python: python=3.8If python is on the left-most side of the chain, that's the version you've asked for.
When python appears to the right, that indicates that the thing on the left is somehow
not available for the python version you are constrained to. Note that conda will not
change your python version to a different minor version unless you explicitly specify
that.

啥意思?python版本不匹配?这咋弄
师兄过来敲了一行命令

conda install fastani

我心想大神终于忍不住出手了!竟然是如此简单的代码!
但是!!!大神也难免翻车……

Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels:- fastaniCurrent channels:- https://conda.anaconda.org/bioconda/osx-64- https://conda.anaconda.org/bioconda/noarch- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/osx-64- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/noarch- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/osx-64- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/noarch- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r/osx-64- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r/noarch- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro/osx-64- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro/noarch- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2/osx-64- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2/noarchTo search for alternate channels that may provide the conda package you're
looking for, navigate tohttps://anaconda.organd use the search bar at the top of the page.

镜像无效?清华的镜像不是恢复了吗?
然后我又尝试了一堆镜像增加、删减、恢复、(甚至一度怀疑是不是网络问题,FQ我都试了)等等一系列操作,依旧是提示镜像无效……大神都劝我:“估计是macOS的问题,换到Linux上搞吧“

但是我想不通,macOS的终端明明就是类Linux,应该不会有太大差别吧,我不甘心
……
中间省略一个多礼拜的折腾
……
今天早上醒来,我想着还是算了,拿出我的联想Y410P,win10系统,安装一个WSL用,就当作替代macOS了
当我到了办公室,我想到即然学到这儿了,干脆把conda的用法命令整理一下,当整理到增加新环境的时候,我突然想到,会不会是环境问题,于是我做了如下操作:

conda create -n new_env #new_env是我设置的新环境的名字
conda activate new_env #激活新环境
conda install fastani
#出现如下内容#
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done==> WARNING: A newer version of conda exists. <==current version: 4.10.1latest version: 4.10.3Please update conda by running$ conda update -n base -c defaults conda## Package Plan ##environment location: /Users/dr.song/anaconda3/envs/new_envadded / updated specs:- fastaniThe following NEW packages will be INSTALLED:blas               anaconda/pkgs/main/osx-64::blas-1.0-mklboost              anaconda/cloud/conda-forge/osx-64::boost-1.70.0-py38hbf1eeb5_1boost-cpp          anaconda/cloud/conda-forge/osx-64::boost-cpp-1.70.0-hef959ae_3bzip2              anaconda/cloud/conda-forge/osx-64::bzip2-1.0.8-h0d85af4_4ca-certificates    anaconda/cloud/conda-forge/osx-64::ca-certificates-2021.5.30-h033912b_0fastani            anaconda/cloud/bioconda/osx-64::fastani-1.32-he69ab0f_0icu                anaconda/cloud/conda-forge/osx-64::icu-67.1-hb1e8313_0intel-openmp       anaconda/pkgs/main/osx-64::intel-openmp-2021.3.0-hecd8cb5_3375libcxx             anaconda/cloud/conda-forge/osx-64::libcxx-12.0.1-habf9029_0libffi             anaconda/cloud/conda-forge/osx-64::libffi-3.3-h046ec9c_2llvm-openmp        anaconda/cloud/conda-forge/osx-64::llvm-openmp-8.0.1-h770b8ee_0lz4-c              anaconda/cloud/conda-forge/osx-64::lz4-c-1.9.3-he49afe7_1mkl                anaconda/pkgs/main/osx-64::mkl-2021.3.0-hecd8cb5_517mkl-service        anaconda/cloud/conda-forge/osx-64::mkl-service-2.4.0-py38h96a0964_0mkl_fft            anaconda/pkgs/main/osx-64::mkl_fft-1.3.0-py38h4a7008c_2mkl_random         anaconda/cloud/conda-forge/osx-64::mkl_random-1.2.2-py38h1f261ad_0ncurses            anaconda/cloud/conda-forge/osx-64::ncurses-6.2-h2e338ed_4numpy              anaconda/pkgs/main/osx-64::numpy-1.20.3-py38h4b4dc7a_0numpy-base         anaconda/pkgs/main/osx-64::numpy-base-1.20.3-py38he0bd621_0openmp             anaconda/cloud/conda-forge/osx-64::openmp-8.0.1-0openssl            anaconda/cloud/conda-forge/osx-64::openssl-1.1.1k-h0d85af4_1pip                anaconda/cloud/conda-forge/noarch::pip-21.2.4-pyhd8ed1ab_0python             anaconda/cloud/conda-forge/osx-64::python-3.8.10-h0e5c897_0_cpythonpython_abi         anaconda/cloud/conda-forge/osx-64::python_abi-3.8-2_cp38readline           anaconda/cloud/conda-forge/osx-64::readline-8.1-h05e3726_0setuptools         anaconda/cloud/conda-forge/osx-64::setuptools-57.4.0-py38h50d1736_0six                anaconda/cloud/conda-forge/noarch::six-1.16.0-pyh6c4a22f_0sqlite             anaconda/cloud/conda-forge/osx-64::sqlite-3.36.0-h23a322b_0tk                 anaconda/cloud/conda-forge/osx-64::tk-8.6.11-hd798d34_0wheel              anaconda/cloud/conda-forge/noarch::wheel-0.37.0-pyhd8ed1ab_1xz                 anaconda/cloud/conda-forge/osx-64::xz-5.2.5-haf1e3a3_1zlib               anaconda/cloud/conda-forge/osx-64::zlib-1.2.11-h7795811_1010zstd               anaconda/cloud/conda-forge/osx-64::zstd-1.4.9-h582d3a0_0Proceed ([y]/n)? yPreparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done

激动的我脱口而出那句“WC”,这是OK了?
不敢相信,换个环境怎么就可以了?!而且连环境变量都不用设置,conda直接给一站式搞定
事实上,经过我的测试,只要不在默认的base环境下,其他任何新环境都可以使用conda安装软件,不会再有镜像无效的问题,至于什么原因,我也不知道,有没有大神可以帮忙分析一下。
这种情况不知道有没有别的小伙伴遇到过。
趁热分享,逻辑有点儿乱,见谅。

在macOS的终端上使用conda安装软件时的镜像无效问题处理相关推荐

  1. MacBook安装软件时允许任何来源的软件

    MacBook安装软件时允许任何来源的软件 临时设置允许未知来源的app 当下载网上的软件并安装时,会安装失败, 因为MacOS默认只允许安装App Store上的软件 这时可以临时允许安装,如下设置 ...

  2. Mac安装软件时各种异常情况的解决方法

    Mac安装软件时各种异常情况的解决方法 提示程序含有恶意代码或者已经打开所有来源还是提示扔到垃圾桶 在终端输入 xattr -r -d com.apple.quarantine 加上程序的App绝对路 ...

  3. Mac安装软件时提示已损坏的解决方法

    Mac安装软件时提示已损坏的解决方法 从网上下载的SecureCRT.Principle等设计软件,以及输入法等常用软件,安装时可能会提示"已损坏,移至废纸篓"这类信息,根本无法打 ...

  4. dibian+9+oracle+java_debian – 安装了Oracle Java,但在安装软件时,我得到了`你的Java版本不受支持....

    我想在我的debian jessie机器上安装以下software root@www:~$sudo update-alternatives --config java [sudo] password ...

  5. linux dpkg未找到命令_Linux安装软件时90%的人会遇到这个报错,如何解决?

    提示 Could not get lock /var/lib/dpkg/lock 报错? 有些小伙伴在使用 apt 包管理器更新或安装软件时,可能会遇到过诸如以下的错误提示: E: Could not ...

  6. linux 占用缓存前10_Linux安装软件时很多人会遇到这个报错,如何解决?

    提示 Could not get lock /var/lib/dpkg/lock 报错? 有些小伙伴在使用 apt 包管理器更新或安装软件时,可能会遇到过诸如以下的错误提示: E: Could not ...

  7. windows 7下安装软件时窗口显示不全的问题

    遇到的问题:安装软件时,窗口显示在左侧且只显示了一部分,无法看到其中的内容,也无法拖动窗口 解决办法:将鼠标移至下方任务栏的对应的任务上,静置等待出现小窗后,将鼠标移至小窗中点击右键,出现菜单栏,左键 ...

  8. 解决安装软件时出现“更新错误”或“无法安装”的问题

    S60手机在安装软件时经常出现"更新错误"或"无法安装"的问题,非常烦人.完美解决方法如下: 1.首先下载SIScontents这款软件. 2.运行SIScon ...

  9. win10安装软件时显示:“现在更新设备, 若要继续接收应用建议,请立即更新”

    问题: 最近,在win10系统上(win10教育版)安装软件时弹出如下对话框: 点击"立即更新"与"查看操作方法"都不能解决这个问题. 解决方法 经查询与测试, ...

最新文章

  1. Android控件点击圆形阴影反馈解决方案
  2. Vim 用户的大脑变化
  3. 使用C#在VS Code中编写Notebook
  4. android布局中画圆角矩形,Android 自定义View之圆角矩形轨迹图
  5. REVERSE-PRACTICE-BUUCTF-3
  6. 从一张表里选择一列加入到另一张表_将Excel多个文件汇总到一张表
  7. LeetCode 1 两数之和 python
  8. 安装php服务图解,图文详解安装PHP运行环境
  9. android apk 在线分析,apkanalyzer
  10. 《你的灯亮着吗》思维导图个人梳理
  11. [渝粤教育] 西南科技大学 机械设计基础 在线考试复习资料
  12. android 本地lrc 歌词同步,android 音乐播放器-------歌词同步 lrc
  13. python刷B站播放量
  14. A1-2017级算法上机第一次练习赛 J 怠惰的园丁王木木
  15. Android实用技巧.动画效果(二)
  16. VP-Expert的下载安装以及如何运行
  17. 第十代晨风机器人_第十代QQ机器人下载_第十代QQ机器人 v20180102 官方版 - 西西下载...
  18. 未明学院:有趣or有用,九款人工智能小程序/APP推荐给你
  19. C/C++ 数字1234,能组成多少个互不相同且无重复的三位数数字。
  20. 什么是非抢占式和抢占式调度方式?抢占式调度方法和非抢占式调度方法有哪些?

热门文章

  1. 迷你PC平台 pcDuino
  2. 好生学习!数百篇GAN论文已下载好!搭配一份生成对抗网络最新综述!
  3. 阿里云网盘内测申请地址放出来了!快来获取内测邀请码,网盘界的王者莫非真要易主了?
  4. Windows 10 中的 Py 和 python 命令行
  5. findViewById寻找SearchView控件导致程序崩溃 android.widget.SearchView cannot be cast to android.support.v7.widg
  6. android 高仿拼多多,Android高仿拼多多分类列表
  7. 文本编辑器的实现课程c语言,c语言文本编辑器
  8. weblogic反序列化基本概念
  9. 试题 算法训练 矮人采金子(python)
  10. windows自带硬盘测速以及移动硬盘格式选择