用DP-GEN跑个简单的例子吧——CH4
一个完整的DP-GEN过程包括构建初始数据集init_bulk和main step: run。刚开始上手的时候就直奔run过程去了,所以在看他param.json例子里面的参数时一直在疑惑他的init_data_sys 的初始数据集到底是怎么来的,结果后来才发现人家提供了一个init_bulk模块用来产生初始数据集。废话不多说,今天先跑一个CH4的init_bulk。
1.初始文件
首先去到DP-GEN的官网把CH4.POSCAR, INCAR_methane.md INCAR_methane.rlx ch4.json这四个文件下载下来,按照自己服务器的需求修改相关参数。
运行dpgen程序需要两个json格式的输入文件,一个是参数设置(param.json)文件,另一个是机器配置(machine.json)文件。
param.json长这样
这里面没有什么特别的参数,按照官网的例子就差不多。你可以给定一个初始POSCAR,那么这个cell_type和latt这两个参数就可以不用写。pert_numb控制产生多少构象。
machine.json文件长这样
init_bulk模块只会用到fp,所以machine文件中只提供了DFT计算所需要的配置。其中下划线“_”在json文件中表示注释。配置machine文件是非常痛苦的,到今天为止我才刚配出一个我可以用的machine文件。因为机器不同,环境不同配置就不一样。BBBB上有个厦门大学程俊老师课题组的视频教程,他们详细的介绍了其中各个参数的意思,看视频学起来要比看文字有体验得多。
2.输出
顺利跑完后就会得到CH4.POSCAR.01×01×01文件夹,里面包含三个子文件夹
有用的信息在01和02文件夹里面。01文件夹中放置生成的结构文件,02文件夹中放置Deepmd-kit训练初始模型需要的盒子,力,坐标,能量等信息。
如果在deepmd文件夹下面的set.000文件夹里面有.npy格式的力,能量等文件,说明init_bulk这一步基本上是跑成功了。
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