50T内存?百万机时?头一次见这么耗费内存和机时的分析?
朋友发来一个公司的分析报价单,让我看看。这些分析虽不是太懂,不过也了解一些。人的CIRCOS是画过的,我的小破服务器(32核,256G内存)处理起来没任何压力。一个家族基因鉴定、进化分析据说一台普通笔记本都可以做。重复序列多时分析是困难些,50T内存,倒显得我孤陋寡闻了。
之前总有学员问起宏基因组分析需要内存多大,我说300G起(尤其是Kraken1时,没这么多内存,数据库索引都建不起来;当然也取决于数据量,一台几十G内存的电脑也可以完成宏基因组大部分分析)。学员去问了其它知名博主,得到的回答是“你听错了,说的应该是300G硬盘”。那如果看到这个50T的内存会怎么想呢?顺手查了下,50T
确实也不算高。比如天河2号共有1.4PB
内存。这样看,倒是小巫见大巫了。
1000000 CPU*H
应该是100万CPU时间;假如是并行1000
核,算一下需要41
天 (1000000 / 1000 / 24 = 41.67
),我怀疑我算错了?
如果用天河2号就快了,312
万个计算核心,也就是20
分钟的时间。
当然天河2号还不是最快的,看看下面这个表
沙特也在前10,有钱真好!不过石油也确实是需要用到大型计算的地方。记得10多年前在中科院计算所上课时,高性能计算老师讲过,(那时)国内的超级计算机都在每天哭穷的中石油、中海油等手里。
看到大型机,想起来有次坐公交车遇到一位老先生,军工做大型机的。聊起来,问我做什么的?我说做IT的(生物信息解释起来有些麻烦)。老大爷说工资应该不错吧,有1万多吧? 这就尴尬了,刚说了做IT的就被问到工资,不能给IT丢脸啊,打肿脸充胖子,没有也不能承认啊,心虚的点个头,说了句“差不多”。接着又被老大爷刺激了,“我们单位做IT的小伙比你多多了~~~”
往期精品(点击图片直达文字对应教程)
机器学习
后台回复“生信宝典福利第一波”或点击阅读原文获取教程合集
50T内存?百万机时?头一次见这么耗费内存和机时的分析?相关推荐
- linux open 头文件_linux下通过共享内存和mmap实现进程间通讯
前言 最近在学习GNU/Linux内核,看到mmap的时候书上说: mmap/munmap接口函数是用户最常用的两个系统调用接口,无论是在用户程序中分配内存.读写大文件.链接动态库文件,还是多进程间共 ...
- 置为底层_头一次见浴室装修这样设计,浴缸两头砌上置物台,实用又方便
每个人在装修过程中都会有自己的一些"点子",像是今天齐家小菜要说到的这个浴室设计,说真的,相当的好看.多层的置物台,可收纳的东西也能很多,不夸张的说,这样的一个设计,完全不属于我们 ...
- 效率 用div做表格和tr_头一次见用电钻做电线接线,效率高出十倍,用几十年都不漏电...
大家好,我是家装设计师阿雅.头一次见用电钻做电线接线,效率高出十倍,用几十年都不漏电,现在越来越多的年轻人开始加入购房大军,安置人生的第一个安乐窝,但是面对装修,家居,电器等选购方面的问题上,可能都没 ...
- 支撑百万级并发,Netty如何实现高性能内存管理
Netty作为一款高性能网络应用程序框架,实现了一套高性能内存管理机制 通过学习其中的实现原理.算法.并发设计,有利于我们写出更优雅.更高性能的代码:当使用Netty时碰到内存方面的问题时,也可以更高 ...
- jprofiler分析dump文件_内存溢出+CPU占用过高:问题排查+解决方案+复盘(超详细分析教程)...
点击上方 "Java指南者"关注, 星标或置顶一起成长 免费送 1024GB 精品学习资源 来源:https://zhanghan.blog.csdn.net/article/de ...
- redis 内存不足 排查_一文深入了解 Redis 内存模型,Redis 的快是有原因的!
前言 一.Redis内存统计 二.Redis内存划分 1.数据 2.进程本身运行需要的内存 3.缓冲内存 4.内存碎片 三.Redis数据存储的细节 1.概述 2.jemalloc 3.redisOb ...
- java最大内存_JAVA:测试java虚拟机支持的最大内存 Xmx 值?Tomcat 内存溢出?
如下命令,即可测试:不断调整n的值,windows上32位的1.6x为: 1610m java -Xmx1610M -version java -Xmx1610m -version 网摘的tomcat ...
- 内存区划分;内存分配;堆、栈概念分析;动态内存管理数据结构及程序样例;核心态与用户态...
一. 在c中分为这几个存储区1.栈 - 由编译器自动分配释放 2.堆 - 一般由程序员分配释放,若程序员不释放,程序结束时可能由OS回收 3.全局区(静态区),全局变量和静态变量的存储是放在一块的,初 ...
- android应用对于内存的大小是有限制的,Android 的内存限制
2.单个应用可用的最大内存 Android设备出厂以后,java虚拟机对单个应用的最大内存分配就确定下来了,超出这个值就会OOM.这个属性值是定义在/system/build.prop文件中的 dal ...
最新文章
- 可以左右移动多选下拉列表的javaScipt(可以兼容IE和firefox)
- python中sorted函数逆序_Python中sorted函数的用法(转)
- netty:IO模型
- java变量设置_java的安装与环境变量设置
- npm教程:使用nrm切换镜像源
- 一图看懂hadoop分布式文件存储系统HDFS工作原理
- 大专经过计算机统考,成人大专计算机统考选择题汇总
- 使用lombok来简化你的Java Bean
- python查询天气
- 【Verilog HDL】深入理解部分语法规则的本质
- 工作中遇到的各种问题
- atitit.重装系统需要备份的资料总结 o84..
- 「企业架构」什么是TOGAF?完整的介绍
- /usr/bin/ld: cannot find Scrt1.o: No such file or directory
- python图库图片_python爬取优美图库海量图片,附加代码,一键爬取
- 高通BMS的研究 高通电量计
- 嗨,你真的懂this吗? 1
- 苹果笔记本突然开机黑屏
- Ribbon 服务调用
- 3.11 污点和容忍度