快速搭建自己的conda环境---以bioconda为例
快速搭建conda环境
1. 下载安装 bioconda
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #Enter
source ~/.bashrc
2. 添加一些常用的channels
conda config --add channels conda-forge # Lowest priority
conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/linux-64
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
显示已有的通道
conda config --get channels
3. 更新miniconda(可选)
conda update --name base conda
#或
conda update -n base -c defaults conda
4. conda安装软件
#直接安装--以blast为例
conda install blast
#或
conda install -c bioconda blast#或者也可为软件创建独立的环境
conda create -n blast_env -c bioconda blast
#进入为blast创建的blast_env
conda activate blast_env
5. conda的其他命令介绍
#激活
conda activate env
#关闭
conda deactivate
#显示当先环境
conda env list
#删除环境
conda remove -n name --all
#某个环境下的所有的软件
conda list -n env
6.conda加速器mamba
#安装
conda install -c conda-forge mamba
安装之后前面的下载软件的命令例如:conda install -c bioconda blast 可以替换成
mamba install -c bioconda blast
下载速度会更快。
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