MetaWRAP 安装与配置

1、安装Python环境Minconda2

https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

2、安装MetaWrap

# 配置，按照下面的顺序配置，顺序很重要
conda config --add channels defaults
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels ursky#一次性安装metawrap-mg
conda install -y -c ursky metawrap-mg
# Note: may take a while#安装修复warning信息
#To fix the CONCOCT endless warning messages in metaWRAP=1.2, run
conda install -y blas=2.5=mkl

3、配置数据库

（1）CheckM数据库

两种方式
第一种：转跳到CheckM数据库所在的目录，然后将当前目录设置为checkm数据库的路径
mkdir CheckMdb
cd CheckMdb
wget https://data.ace.uq.edu.au/public/CheckM_databases/checkm_data_2015_01_16.tar.gz
tar -xvf *.tar.gz
rm *.gz
cd ../#设置路径
checkm data setRoot  第二种 在新的版本中，可以设置根据路径设置checkm数据库的路径/path/to/your/dir/MY_CHECKM_FOLDER
checkm data setRoot /path/to/your/dir/MY_CHECKM_FOLDER

（2）下述数据库的配置直接从配置文件中配置

KRAKEN1安装配置

自定义路径为MY_KRAKEN_DATABASE（可以按照自己的习惯命名）
mkdir  MY_KRAKEN_DATABASE下载建索引
kraken-build --standard --threads 24 --db MY_KRAKEN_DATABASE
kraken-build --db MY_KRAKEN_DATABASE --clean在config-metawrap中配置数据库路径
KRAKEN_DB=/your/location/of/database/MY_KRAKEN_DATABASE

KRAKEN2安装配置

自定义路径为MY_KRAKEN_DATABASE（可以按照自己的习惯命名）
mkdir  MY_KRAKEN_DATABASE下载建索引
kraken2-build --standard --threads 24 --db MY_KRAKEN2_DB在config-metawrap中配置数据库路径
KRAKEN2_DB=/your/location/of/database/MY_KRAKEN2_DATABASE

NCBI_nt安装与配置

mkdir NCBI_nt
cd  NCBI_nt
wget "ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/nt.*.tar.gz"
for a in nt.*.tar.gz; do tar xzf $a; done在config-metawrap中配置数据库路径
BLASTDB=/your/location/of/database/NCBI_nt

NCBI taxonomy 安装与配置

mkdir NCBI_tax
cd NCBI_tax
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz
tar -xvf taxdump.tar.gz在config-metawrap中配置数据库路径
TAXDUMP=/your/location/of/database/NCBI_tax

BMTAGGER_INDEX 安装与配置

mkdir BMTAGGER_INDEX
cd BMTAGGER_INDEX
wget ftp://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/chromosomes/*fa.gz
gunzip *fa.gz
cat *fa > hg38.fa
rm chr*.fabmtool -d hg38.fa -o hg38.bitmask
srprism mkindex -i hg38.fa -o hg38.srprism -M 100000在config-metawrap中配置数据库路径
BMTAGGER_DB=/path/to/your/index/BMTAGGER_INDEX

上述数据库用配置文件设置其位置

which config-metawrap 查看配置文件位置

在配置文件中填写上数据库的路径

4、如果想更新MetaWrap版本就运行以下命令

如果更新的时候不想更换数据库的位置，那么提前保存config-metawrap这个配置文件conda update -y -c ursky metawrap-mg也可以指定跟新的版本
conda install -y -c ursky metawrap-mg=1.2.2

5、参数简介

metaWRAP程序整理了所有的功能模块，可以独立运行。运行metaWRAP -h显示模块名称

Usage: metawrap [module] --help
Options:read_qc     质控Raw read QC module
assembly    组装Assembly module
binning     分箱Binning module
bin_refinement  分箱提纯Refinement of bins from binning module
reassemble_bins 重装分箱Reassemble bins using metagenomic reads
quant_bins  定量Quantify the abundance of each bin across samples
blobology   可视化Blobology module
kraken      物种注释KRAKEN module

想查看每个模块的具体参数，如组装metawrap assembly -h

Usage: metawrap assembly [options] -1 reads_1.fastq -2 reads_2.fastq -o output_dir
Options:-1 STR          正向序列forward fastq reads
-2 STR          反向序列reverse fastq reads
-o STR          输出目录output directory
-m INT          内存大小memory in GB (default=10)
-t INT          线程number of threads (defualt=1)
--use-megahit       assemble with megahit (default)
--use-metaspades    assemble with metaspades instead of megahit

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MetaWRAP 安装与配置

1、安装Python环境Minconda2

2、安装MetaWrap

3、配置数据库

（1）CheckM数据库

（2）下述数据库的配置直接从配置文件中配置

KRAKEN1安装配置

KRAKEN2安装配置

NCBI_nt安装与配置

NCBI taxonomy 安装与配置

BMTAGGER_INDEX 安装与配置

上述数据库用配置文件设置其位置

4、如果想更新MetaWrap版本就运行以下命令

5、参数简介

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