基因组共线性分析~mauve（图文教程）
前言
用mauve进行基因组共线性分析是检测重排以及同源性基因的重要方式
有两个途径，一个是用mauve软件分析，一个是用geneious中的mauve插件
需要注意的是，这两个软件做共线性分析的时候都要求java环境
一、mauve使用教程
打开mauve软件，点击file→align with progressiveMauve
出现一个小窗口，点击add sequence添加序列，要上传序列的fasta格式
在output处对输出文件进行命名，点击align开始运行
运行完毕后自动弹出结果
二、geneious共线性分析
打开软件，点击tools→plugins，安装插件
找到mauve plugin，点击install安装插件(我这个是已经安装了，所以显示在下面
点击file→import→from file，导入目标序列的gb/gbf格式文件
选中需要做分析的序列（如果需要更改名称，可以右键单击名称，选择edit name
选中后，点击tools→align/assemble→align whole genomes
之后运算就开始了，等待软件运行结束就可以看到共线性分析图了
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