Scanpy Umap 3D

https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/generated/scanpy.pl.umap.html

projection : Literal[‘2d’, ‘3d’] (default: '2d')

Projection of plot (default: '2d').

3D绘制不出来,在pycharm中。可能得使用matplot的绘图控件才行;

Scanpy Umap 3D相关推荐

  1. 维度诅咒和降维(curse of dimension and dimension rduction)

    目录 前言 一.引言 1. 维度诅咒: 2. 降维处理: 二.实验数据预览 1. 导入库函数和数据集 2.检查数据 三.降维技术 1 主成分分析, Principle component analys ...

  2. scanpy和umap版本不匹配问题总结

    我目前python所有的环境基本上都是python3.6.10, 这里安装的scanpy默认是1.7.2,但是安装完,你会发现umap图出现很奇怪的现象,下面是测试的结果 %load_ext rpy2 ...

  3. Scanpy(三)可视化函数

    目录 Scatter plots for embeddings(embedding的散点图) 基于marker基因的簇识别 Combining plots in subplots使用子图 Heatma ...

  4. Scanpy(二)对PBMC3k聚类

    目录 单细胞测序简介 数据预处理 降维与聚类 找到Marker基因 单细胞测序简介 单细胞测序是指在单个细胞水平上进行测序,单细胞转录组测序(single cell RNA Seq,scENA-seq ...

  5. Scanpy(四)使用ingest和BBKNN整合数据

    目录 PBMCs Mapping PBMCs using ingest Using BBKNN 总结 Pancreas 查看批次效应 BBKNN 使用ingest映射到reference批次 一致性评 ...

  6. Scanpy(六)空间转录组数据的分析与可视化

    目录 Reading data QC and preprocessing Manifold embedding and clustering based on transcriptional simi ...

  7. 机器学习算法:UMAP 深入理解

    导读 降维是机器学习从业者可视化和理解大型高维数据集的常用方法.最广泛使用的可视化技术之一是 t-SNE,但它的性能受到数据集规模的影响,并且正确使用它可能需要一定学习成本. UMAP 是 McInn ...

  8. UMAP介绍和代码实例

    安装 pip install umap-learn pip install umap-learn[plot] UMAP包含一个子包UMAP.绘图UMAP嵌入的结果.这个包需要单独导入,因为它有额外的需 ...

  9. Scanpy(二)可视化函数

    目录 embedding的散点图 可视化基因表达量与其他变量 用已知marker基因识别clusters dotplot violin plot stacked-violin plot matrixp ...

最新文章

  1. 基于链表实现队列(基于Java实现)
  2. 很好的理解梯度 散度 旋度 下三角运算 费曼物理讲义
  3. python 队列 锁_python-day31(同步锁,队列)
  4. OpenCV学习笔记(一):图像显示
  5. Tomcat连接池配置
  6. CentOS6.4系统启动失败故障排查
  7. 创建永远隐藏的隐藏帐号
  8. pycharm 操作的一些设置,记录下
  9. 【正版软件】Virtual Display Manager 虚拟显示器布局配置管理软件
  10. matlab输数据出结果,matlab对数据的输入输出
  11. Python机器学习入门;推荐一本Python数据分析与机器学习入门书籍-唐宇迪《跟着迪哥学 Python数据分析与机器学习实战》PDF+源代码
  12. 同样是写博客,为什么我男朋友的粉丝那么多?!
  13. 【Go语言】深入浅出chan(各种实例场景+分析)
  14. 模拟器:思科 给路由器配置IP地址和子网掩码
  15. 艾肯声卡安装调试方法【必看】
  16. idea项目配置jsp模板
  17. Python经典例题:跑马灯文字效应
  18. 在maven官网下载maven历史版本
  19. 面经_OPPO研究院_数据科学研究员实习岗
  20. 均匀分布的期望与方差计算公式

热门文章

  1. java毕设项目共享单车管理系统(附源码)
  2. 基于JAVA共享单车管理系统计算机毕业设计源码+数据库+lw文档+系统+部署
  3. BERT、RoBerta、XLNet、ALBERT对比
  4. android扁平化按钮素材,扁平化APP图标素材库-Modern UI Icons
  5. 玩客云 N1路由 各种盒子 s805 s905 s9系列等
  6. c语言按字节翻转无符号整数,C语言将一个无符号整数转换为任意d进制
  7. 怎样缠耳机线才能不乱
  8. 高阶低通无源滤波器的设计
  9. Points(翻译)
  10. mysql不区分大小写配置