linux 查看samtools版本,Samtools版本更新

卸载旧版本samtools

1. 查看samtools版本

$ samtools

Program: samtools (Tools for alignments in the SAM format)

Version: 0.1.19-96b5f2294a

2. 浏览已安装的程序

$ dpkg --list

3. 卸载程序和所有配置文件

$ sudo apt-get --purge remove samtools

4. 检查samtools是否卸载

$ dpkg --list

安装版本samtools

# 获取新版本samtools

$ git clone git://github.com/samtools/samtools.git

$ make

config.mk:33: ../htslib/htslib.mk: No such file or directory

config.mk:34: ../htslib/htslib_static.mk: No such file or directory

make: *** No rule to make target `../htslib/htslib_static.mk'. Stop.

# 安装htslib

$ git clone https://github.com/samtools/htslib.git

$ autoconf # Generate the configure script, if needed

$ ./configure # Optional, needed for choosing optional functionality

$ make

# 报错，需要安装zlib.h和lzma.h

# 安装zlib.h

# $ sudo apt-get install zlib1g-dev

# 安装lzma.h

$ sudo apt-cache search "liblzma"

$ sudo apt-get install liblzma-dev

# 继续安装htslib

$ sudo make install

# 继续安装samtools

$ ./configure

$ make

$ sudo make install

# 查看samtools版本

$ ./samtools

Program: samtools (Tools for alignments in the SAM format)

Version: 1.8-20-g4ff8062 (using htslib 1.8-13-g19a66ce)

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