【哈佛大学:计算生物学 生物信息学】学习记录(一)
第一部分 —— 关于计算生物学 & 生物信息学 & 本课程内容
(1)Protein Wave
【技术】Sanger测序了一个蛋白质序列
【算法】Needleman-Wunsch algorithm
【数据库】PDB(Protein Data Bank,蛋白质3D结构数据库)
【算法】BLAST —— instead of pairwise sequence alignment
【比赛】CASP —— predicting the protein structure
【数据库】BLOCKS database
(2)Expression Wave
【技术】Northern blot —— measures the expression of a single gene;
【技术】Microarray / Gene chips —— measures many genes in a condition;
个人理解:将不同组织进行mRNA提取,转化为cDNA之后,将其进行荧光标记。上机后,能与microarray进行结合的,体现荧光,不能与microarray结合的,不体现荧光。
【技术】RASL-Seq / Luminex assays —— 对每一个sample的expression进行计算
【技术】scRNA-seq(single-cell)
(3)DNA Sequencing Wave
【知识】DNA structure
【知识】Recombinant DNA
【技术】Sanger sequencing(一代测序)
【技术】PCR —— amplify any piece of DNA
【数据库】NCBI
【算法】BLAST
【技术】whole genome shotgun
对鸟枪测序技术感兴趣的同学,可以看看b站大佬鬼谷的科普:
https://www.bilibili.com/video/BV1GE411H7Nv?spm_id_from=333.999.0.0
(4)Big Data Challenge
【NGS / next generation sequencing / high-throughpu sequencing】
e.g. Illumina
最先进机器的效能:
文献推荐
(5)Bioinfo vs Computational Biology
概述
生物信息学:算法、数据库,主要工作是创建工具 —— engineering
计算生物学:偏基础问题 —— discovery
生物信息学的不同阶段
深切认识到,自己将长期处于Level1(笑哭)。。。
生物信息学相关学科 & 技术
概述:
- 统计学、计算机科学、生物学都要好;
- 在各个阶段都有涉及到;
- microarray的落寞 & 单细胞测序的兴起;
(6)课程涉及到的背景知识
【标注】
- intuition,指这门课只会让学生从面上去理解算法,而并不会让学生去进行算法开发(难度太大)
- 并不会涉及到算法、模型的推导(这部分我老感觉,是计算机专业 & 数学专业做的,但是其实我也有一定兴趣)
文献推荐
(7)课程信息
课程安排:
软件使用教学视频:
https://canvas.harvard.edu/courses/49497/pages/video-tutorials-for-bioinformatics-software
【关于本门课】
如果是远程上课,可以查看gitbook上的参考资料:
https://liulab-dfci.github.io/bioinfo-combio/
同时本课程也有些需要注意的地方(关于课程更新 & 直播部分):A subset of the lectures will be live and updated, check canvas email announcements。
关于课程打分部分,规则如下:
HW为homework
【摘抄自刘老师的话】
在目前阶段,基因组学、生物信息学算法、新一代测序技术,都不断得被应用到肿瘤研究中。
这也就是为什么我们需要关注肿瘤(一个非常重要的发展方向)。
【刘老师实验室】
【刘老师现在的研究方向】
【刘老师课题组联系方式】
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