ggcor包的安装与绘图示例

最近有小伙伴问到带mantel test检验的相关性矩阵怎么画，于是小编就在网上找到了相关的绘图示例，整理了网上各位大神关于ggcor包的下载以及该包自带的示例代码供各位小伙伴参考使用~

首先是要安装ggcor这个包。由于该包的作者已经下架了这个包，所以只能自己下载压缩包本地安装，小编主要参考的是这篇文章：
https://www.zhihu.com/question/409189621/answer/1842210647

示例代码
ggcor包自带的几个绘图示例

Correlation plot

library(ggplot2)
library(ggcor)
set_scale()
quickcor(mtcars) + geom_square()
quickcor(mtcars, type = "upper") + geom_circle2()
quickcor(mtcars, cor.test = TRUE) +geom_square(data = get_data(type = "lower", show.diag = FALSE)) +geom_mark(data = get_data(type = "upper", show.diag = FALSE), size = 2.5) +geom_abline(slope = -1, intercept = 12)

Mantel test plot

library(dplyr)
library(ggplot2)
library(ggcor)data("varechem", package = "vegan")
data("varespec", package = "vegan")mantel <- mantel_test(varespec, varechem,spec.select = list(Spec01 = 1:7,Spec02 = 8:18,Spec03 = 19:37,Spec04 = 38:44)) %>% mutate(rd = cut(r, breaks = c(-Inf, 0.2, 0.4, Inf),labels = c("< 0.2", "0.2 - 0.4", ">= 0.4")),pd = cut(p.value, breaks = c(-Inf, 0.01, 0.05, Inf),labels = c("< 0.01", "0.01 - 0.05", ">= 0.05")))quickcor(varechem, type = "upper") +geom_square() +anno_link(aes(colour = pd, size = rd), data = mantel) +scale_size_manual(values = c(0.5, 1, 2)) +scale_colour_manual(values = c("#D95F02", "#1B9E77", "#A2A2A288")) +guides(size = guide_legend(title = "Mantel's r",override.aes = list(colour = "grey35"), order = 2),colour = guide_legend(title = "Mantel's p", override.aes = list(size = 3), order = 1),fill = guide_colorbar(title = "Pearson's r", order = 3))

Circular heatmap

rand_correlate(100, 8) %>% ## require ambient packagesquickcor(circular = TRUE, cluster = TRUE, open = 45) +geom_colour(colour = "white", size = 0.125) +anno_row_tree() +anno_col_tree() +set_p_xaxis() +set_p_yaxis()

General heatmap

d1 <- rand_dataset(20, 30) %>% gcor_tbl(cluster = TRUE)
p <- matrix(sample(LETTERS[1:4], 90, replace = TRUE), nrow = 30,dimnames = list(paste0("sample", 1:30), paste0("Type", 1:3))) %>% gcor_tbl(name = "Type", row.order = d1) %>% qheatmap(aes(fill = Type)) + coord_fixed() + remove_y_axis()
d2 <- data.frame(x = sample(paste0("var", 1:20), 200, replace = TRUE))set_scale()
quickcor(d1) +geom_colour(aes(fill = value)) +anno_hc_bar(width = 1) +anno_row_custom(p) +anno_row_tree() +anno_hc_bar(pos = "top") +anno_bar(d2, aes(x = x), height = 0.12) +anno_col_tree(height = 0.12)

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