Install ismrmrd
下载fast MRI数据集
命令行文件操作
本地上运行服务器的jupyter
jupyter notebook添加虚拟环境
tmux操作:
screen操作
tensor和numpy互转
我的工程从3.6到3.7改动的代码
安装brew
SummaryWriter可视化
进程kill不掉？
一些bug
- curl: (7) Failed to connect to raw.githubusercontent.com port 443: Connection refused

Install ismrmrd

Install ismrmrd-python

git clone https://github.com/ismrmrd/ismrmrd-python.git /var/tmp/ismrmrd-python
python -m pip install --disable-pip-version-check -r /var/tmp/ismrmrd-python/requirements.txt
python -m pip install --disable-pip-version-check /var/tmp/ismrmrd-python
rm -rf /var/tmp/ismrmrd-python

Install ismrmrd-python-tools

git clone https://github.com/ismrmrd/ismrmrd-python-tools.git /var/tmp/ismrmrd-python-tools
python -m pip install --disable-pip-version-check /var/tmp/ismrmrd-python-tools
rm -rf /var/tmp/ismrmrd-python-tools

下载fast MRI数据集

tar -xvf knee_singlecoil_train.tar.gz -C original_knee/curl -k -L --output knee_singlecoil_train.tar.gz https://fastmri-dataset.s3.amazonaws.com/knee_singlecoil_train.tar.gz?AWSAccessKeyId=AKIAJM2LEZ67Y2JL3KRA&Signature=BAeb2KDCeSBuJs8IUl%2B9oH8tDa4%3D&Expires=1621584384curl -k -L --output knee_singlecoil_val.tar.gz https://fastmri-dataset.s3.amazonaws.com/knee_singlecoil_val.tar.gz?AWSAccessKeyId=AKIAJM2LEZ67Y2JL3KRA&Signature=gTnCrjr0SiS%2BYM4zimZ5JtWJHF8%3D&Expires=1621584384

命令行文件操作

同时移动多个文件 mv a.dir b.dir c.dir index.html zz.txt -t 目标目录
拷贝文件 scp -r 160.75.****:/home/ilkay/Documents/ruru/OCMR_method/mri-reconstruction/ OCMR_methods/

统计文件目录下有多少文件（不包括子目录）：ls -l | grep "^-" | wc -l
统计文件目录下有多少文件（包括子目录）：ls -lR | grep "^-" | wc -l

分卷压缩命令split
split -b 1048576k VOC2007.tar.gz VOC2007.tar.gz.
-b<字节> 指定每多少字就要切成一个小文件。支持单位:m,k

本地上运行服务器的jupyter

step1. 在服务器端

 jupyter-lab --no-browser --port=8888 --ip=0.0.0.0

step2. 在本地终端

ssh -nNT i***y@1*0.7*.**.** -L 8000:localhost:8888

step3. 网页上输入网址

http://localhost:8000

jupyter notebook添加虚拟环境

原本以为，当进入虚拟环境之后，再运行jupyter notebook应该是这个环境下的jupyter，比如我默认创建一个文件，这个文件调用的编译器应该是这个虚拟环境中的编译器，实际上并不是

当你进入jupyter新建文件之后，你会发现，并没有存在虚拟环境的名称，以及import sys，print(sys.path)打印出来的根本就不是虚拟环境中的路径，所以，必须要手动在jupyter notebook中添加自己创建的虚拟环境

添加步骤如下：

$ conda activate ml
(ml) $ conda install ipykernel
(ml) $ ipython kernel install --user --name=<any_name_for_kernel>
(ml) $ conda deactivate

watch -n 10 nvidia-smi 每 10s 显示一次显存的情况

sftp://160.75.****/home/ilkay/Documents/ruru/pg_mri/notebooks/evaluate_ssim.ipynb

在本地使用服务器上的jupyter notebook打开.ipynb文件 https://www.jianshu.com/p/87e28544a7b6

tmux操作:

关闭窗口：tmux kill-window -t 16
重新进入tmux tmux attach -t <target-session>

screen操作

Here are some shortcuts
----------------------------
screen -ls -> Lists all of the current screens
screen -S screen_1 -> Create a new screen named screen_1
screen -r screen_1 -> Attaches the screen_1
Shortcuts while a screen has been attached
------------------------------
Ctrl + A + D -> Detaches the current screen
Ctrl + D -> Terminates the screen (edited)

As screen -r says, there is one screen, but it is attached.
When using -x, screen attaches to the currently running session, resulting in a "multi-display mode

screen -x -r 名字

tensor和numpy互转

1.CPU tensor转GPU tensor：cpu_imgs.cuda()
2. GPU tensor 转CPU tensor：gpu_imgs.cpu()
3. numpy转为CPU tensor：torch.from_numpy( imgs )
4.CPU tensor转为numpy数据：cpu_imgs.numpy()
5.GPU tensor转为numpy数据：gpu_imgs.cpu().numpy()

我的工程从3.6到3.7改动的代码

將這行from skimage.measure import compare_ssim
改成from skimage.metrics import structural_similarity將這行ssim = compare_ssim(resized_target, template_object)
改成ssim = structural_similarity(resized_target, template_object)

model.py中

43行：temp = torch.fft.fft(image, dim=2, norm="ortho")
51行：temp = torch.fft.ifft(temp, dim=2, norm="ortho")

安装brew

到这个网址https://brew.sh/拷贝代码
然后命令行brew -v

SummaryWriter可视化

step1.

#这里的参数 logdir 指向 SummaryWriter 序列化数据的存储路径。
tensorboard --logdir=/path/to/log-directory

step2. 打开另一个终端

ssh -L 18097:127.0.0.1:6006 i***y@1*0.7*.**.**python -m visdom.server

step3. 打开本地浏览器

http://localhost:18097/

进程kill不掉？

kill掉父进程

比如kill 1955105不起作用
运行：
ps -A -ostat,ppid,pid,cmd | grep -e '^[Zz]'
或者ps aux | grep curl输出结果：Z    1955103 1955105 [python] <defunct>
然后运行kill -9 1955103父进程

一些bug

curl: (7) Failed to connect to raw.githubusercontent.com port 443: Connection refused

先执行这段代码

export https_proxy=http://127.0.0.1:7890 http_proxy=http://127.0.0.1:7890 all_proxy=socks5://127.0.0.1:789

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