R语言零基础基因/数据差异分析(二)
文章目录
- 结果展示
- 安装ggplot2包
- 制作方法
注意,本 系列 有连贯性,每一步都很详细,每一步都很重要,请耐心读完!!
结果展示
安装ggplot2包
如图操作
找到并勾上即可。
制作方法
关于 基因 的选定标准,即logFC和FDR,请仔细阅读代码修改即可,这里给出的标准是:
|log2(FC)| > 1 且 FDR < 0.01
#选择文件
df=read.csv(file.choose(),header = T #是否有标题,T表示有,F反之)
#加载包(反正多余不影响)
library(ggplot2)# 注意,符号与负数之间最好有一个或多个空格,
#比如 < -1,而非 <-1否则无法运行
# FDR 边界限定和logFC下边界限定
# 注意, logFC 、 FDR 是行列头名(见R语言零基础基因/数据差异分析(一))
df[which(df$FDR < 0.01 & df$logFC > 1),'Title'] <- 'up' #上调趋势筛选
# FDR 边界限定和logFC上边界限定
df[which(df$FDR < 0.01 & (df$logFC < -1)),'Title'] <- 'dowm' #下调趋势筛选
df[!(df$Title %in% c('up', 'dowm')),'Title'] <- 'no'img = ggplot(df, aes(x = logFC, y = -log10(FDR))) +geom_point(aes(color = Title), size = 0) +scale_colour_manual(limits = c('up', 'dowm', 'no'),#下行分别对应 上调、下调、不变基因颜色values = c('blue', 'red', 'gray40'), # 下行分别对应 上调、下调、不变基因表示文字labels = c('Enriched OTUs', 'Depleted OTUs', 'No diff OTUs')
) +
#下行分别对应 X、Y轴名称labs(x = 'log2(FC)', y = '-log10(FDR)')img = img +theme(panel.grid.major = element_line(color = 'gray', size = 0.2), panel.background = element_rect(color = 'black', fill = 'transparent')) +geom_vline(xintercept = c(-2, 2), color = 'gray', linetype = 2, size = 0.5) + geom_hline(yintercept = -log10(0.05), color = 'gray', linetype = 2, size = 0.5) +theme(legend.title = element_blank(), legend.key = element_rect(fill = 'transparent'), legend.background = element_rect(fill = 'transparent'), legend.position = c(0.2, 0.9))#运行输出图片(耐心等待)
img
输出结果:
运行代码,此时会弹出选择文件,注意上一章我们所说的文件,选择上即可。
可以如此导出
R语言零基础基因/数据差异分析(二)相关推荐
- R语言零基础自学:1、开始R和R的语法
注:学习视频的地址阿雷边学边教R语言第1期-使用R和R的语法 第1期--开始R和R的语法 一. 什么是R语言? 通过编程来进行数据分析和作图的工具 为统计分析和数据分析而生,进入数据分析行业或领域之必 ...
- R语言 零基础入门教程第11章 Rattle可视化数据挖掘工具(1)Rattle简介及安装 功能预览 数据导入 数据探索 数据建模 模型评估 Rattle实例
关注公众号凡花花的小窝,收获更多的考研计算机专业编程相关的资料 本章内容 Rattle简介及安装 功能预览 数据导入 数据探索 数据建模 模型评估 Rattle实例 本章目标 了解Rattle的安装及 ...
- graphics | R语言的基础绘图系统(二)—— 绘图参数及par函数
前篇(graphics | 基础绘图系统(一)--主函数plot及其参数)介绍了基础系统的绘图主函数plot()及其参数.实际上,plot()函数的参数主要由par()提供.不同于plot()函数,p ...
- [易学易懂系列|golang语言|零基础|快速入门|(二)]
现在我们来写代码,首先我们要新建一个项目. 新建项目: 点击:File>>New>>Project...如下图: 在New Project窗口,Location:输入:&quo ...
- R语言常用基础函数:使用edit函数调用数据编辑器手动自定义编辑数据对象不改变原始数据对象内容、使用fix函数调用数据编辑器手动自定义编辑数据对象并直接覆盖原数据内容
R语言常用基础函数:使用edit函数调用数据编辑器手动自定义编辑数据对象不改变原始数据对象内容.使用fix函数调用数据编辑器手动自定义编辑数据对象并直接覆盖原数据内容 目录
- R语言常用基础函数:length函数查看数据对象的长度、str函数查看数据对象的结构、class函数查看数据对象的类型、names函数查看数据对象的名称
R语言常用基础函数:length函数查看数据对象的长度.str函数查看数据对象的结构.class函数查看数据对象的类型.names函数查看数据对象的名称 目录
- c语言word类型_C语言零基础入门—数据类型
C语言零基础入门--3.数据类型 这一节的主要任务是 讲解C语言的 数据类型 . 1. 数据类型 1.1 何为数据类型 数据类型,其实在我们生活中经常被使用,但是在编程语言中被重新定义了一下,并且加 ...
- R语言机器学习与大数据可视化暨Python文本挖掘与自然语言处理核心技术研修
中国通信工业协会通信和信息技术创新人才培养工程项目办公室 通人办[2017] 第45号 "R语言机器学习与大数据可视化"暨"Python文本挖掘与自然语言处理" ...
- “R语言机器学习与大数据可视化”暨“Python文本挖掘与自然语言处理”核心技术高级研修班的通知
中国通信工业协会通信和信息技术创新人才培养工程项目办公室 通人办[2017] 第45号 "R语言机器学习与大数据可视化"暨"Python文本挖掘与自然语言处理" ...
最新文章
- svn中的ignore
- python将print内容输入txt_Python将矩阵写入txt文件,保持格式
- Linux系统日常维护命令
- NEC电影服务器型号,NEC数字电影放映一体机NC2300S-A+详细信息_产品参数_价格_联系方式_DAV数字音视工程网...
- php时间缀签名函数,php时间缀签名函数
- Python项目实践:自动轨迹绘制(根据脚本绘制图形)
- linux svn删除目录命令,删除目录下的所有.svn版本库目录_CentOS
- Kendo UI开发教程(25): 单页面应用(三) View
- 第十六篇 Python之迭代器与生成器
- leecode 树是否是平衡树 java
- 结合Android源码分析总结单例模式的几种实现方式
- 机器视觉全球顶级实验室
- 【3】Kali破解家用WI-FI密码 - 建立伪装热点
- CSS3阴影 box-shadow的使用和技巧总结
- svn 撤销已经add的文件
- 什么是Google广告:AdSence令数多人致富
- 分享][转帖] 无光驱安装系统的方法
- Android Theme 常见主题风格详解
- 网络安全必学知识点之XSS漏洞
- colab的使用 详解(亲测)