导读

本文将介绍三种使用VCF文件，构建系统发育树的方法，包括程序的安装，使用，已及系统发育树的可视化与美化。

1. VCF2Dis

VCF2Dis^[1]是一种新的简单高效的软件，用于计算基于VCF格式的距离矩阵

1.1. 安装

# 下载wget -c https://github.com/hewm2008/VCF2Dis/archive/v1.47.tar.gz

# 解压tar -zxvf v1.47.tar.gz

# 进入程序目录cd VCF2Dis  

# 编译make ; make clean   

# 测试运行./bin/VCF2Dis

1.2. 距离矩阵

• 利用VCF2Dis生成距离矩阵
  

VCF2Dis -i test.vcf -o test.mat

1.3. mat2nwk

• 文件转换
  

上传距离矩阵到在线网站, FastMe2.0^[2]。上传以后，选择Data type为Distance matrix。 然后根据自己的需要进行配置，最后填入任务名称和Email来获取结果通知。

• 结果下载
  

点击下载结果

结果文件是一个压缩文件，里面包含：

1. 一个.nwk文件用于进化树可视化
   

1. stats.txt
   

​ 记录了文件转换过程中，选择的参数

1. stdout.txt
   

​ 转换过程中的日志文件，记录了程序的运行过程

1.4. iTOL美化

十分推荐利用iTOL对进化树进行美化，该程序是网页版，配置简单，结果十分漂亮。

• 导入iTOL^[3]美化
  

2. Phylip

PHYLIP^[4]是用于推断系统发育的免费程序包。

2.1. 安装

• 源码编译安装
  

# 下载PHYLIP wget -c http://evolution.gs.washington.edu/phylip/download/phylip-3.697.tar.gz

# 解包tar zxf phylip-3.697.tar.gz 

# 进入程序文件夹cd phylip-3.695/src/

# 复制文件cp Makefile.unx Makefile

# 编译make install  # 可能需要sudo 权限

• conda安装
  

# 新建phylip环境，并安装phylipconda create -n phylip -c bioconda phylip -y

2.2. 格式转换

• 转换脚本下载
  

# 下载wget -c https://github.com/edgardomortiz/vcf2phylip/archive/refs/tags/v2.8.zip

# 解压unzip v2.8.zip

• 转换为PHYLIP matrix
  

python vcf2phylip.py -i test.vcf

# PHYLIP matrix是默认格式，不同输出格式，见下参数# -f FASTA matrix# -n NEXUS matrix# -b binary NEXUS matrix

注意：test.vcf中的样本名一定要少于10个字符，否则会报错

2.3. 建树

• 构建配置文件
  

1. seqboot.par
   

test.phy  # 本程序的输入文件R # 选择bootstrap100 # 设置bootstrap的值，即重复的replicate的数目，通常使用1000或者100，注意此处设定好后，后续两步的M值也为1000或者100Y # yes确认以上设定的参数9 # 设定随机参数，输入奇数值。

1. dnadist.par
   

seqboot.out # 本程序的输入文件T  # 选择设定Transition/transversion的比值2.3628  # 比值大小M   #修改M值D  # 修改M值100  # 设定M值大小2  # 将软件运行情况显示出来Y  # 确认以上设定的参数

1. neighbor.par
   

dnadist.out  # 本程序的输入文件M100   # 设定M值大小9  # 设定随机数，输入奇数值Y  # 确认以上设定的参数

1. consense.par
   

nei.tree  #本程序的输入文件Y #确认以上设定的参数

• phylip建树
  

# 在 phylip 文件夹下，依次运行下面的命令

# seqboot./exe/seqboot < ./seqboot.par && mv ./outfile ./seqboot.out

# dnadist./exe/dnadist < ./dnadist.par &&  mv ./outfile ./dnadist.out

# neighbor./exe/neighbor < ./neighbor.par && mv  ./outfile ./nei.out && mv ./outtree ./nei.tree 

# consense./exe/consense < ./consense.par && mv ./outfile ./cons.out && mv ./outtree ./constree 

3. IQ-tree

IQ-tree^[5]的建树方法与phylip类似，只是最后一步不一样，同样需要先转换文件格式为：phy（格式转换见2.2）。

3.1. 安装

• 利用conda安装
  

# 新建iq-tree环境 并 安装iqtreeconda create -n iqtree -c bioconda iqtree -y

3.2. 建树

• IQ-tree 建树（简单）
  

iqtree -s test.phy

替代模型选择与详细的分支评估，见http://www.iqtree.org/中说明

★

上面三种示例程序运行过程中使用的参数，需要根据自身数据进行调整。

”

参考资料