admixture软件_使用ADMIXTURE进行群体结构分析

大家好，今天给大家推荐一款群体结构分析软件——AMIXTURE，以前大家经常用STRUCTURE软件进行群体结构分析，但因STRUCTURE运行速度极慢，而被不少研究者所诟病。ADMIXTURE使用与STRUCTURE相同的统计模型，但使用快速数值优化算法计算估计值,因此大大提升其运行速度，逐渐成为群体结构分析的主流软件。

接下来，给大家分享一下如何使用这款软件进行分析。

第一步：必须是下载该软件了

wget http://dalexander.github.io/admixture/binaries/admixture_linux-1.3.0.tar.gz

tar -zvxf admixture_linux-1.3.0.tar.gz

cd admixture_linux-1.3.0

./admixture --version

显示以上信息，证明软件安装成功，接下来就是准备输入文件了。

第二步：准备输入文件

ADMIXTURE输入文件为二进制的PLINK文件(.bed),同时将对应的bim和fam文件放在同一个文件夹下，对于我们得到到非bed格式文件，使用Plink1.9软件进行转化，举例，我们现在有example.gen文件，使用以下命令，即可得到example.bed, example.bim, example.fam文件

% plink1.9 --file example.gen --make-bed --out example

第三步：使用ADMIXTURE进行计算

% for K in 1 2 3 4 5; do admixture --cv example.bed $K | tee log${K}.out; done

第四步：选择交叉熵最小值(best K)就是最佳的分群

% grep -h CV log*.out

CV error (K=1): 0.94522

CV error (K=2): 0.60260

CV error (K=3): 0.58336

CV error (K=4): 0.59707

CV error (K=5): 0.59939

该组最佳分群数，k=3

第五步：使用R做图

输出结果为example.3.P和example.3.Q两个文件，我们使用example.3.Q做图

>tbl=read.table("example.3.Q")

>barplot(t(as.matrix(tbl)), col=rainbow(3),

xlab="", ylab="Ancestry",border = NA)

你学会了吗？

欢迎大家关注公众号，并提出宝贵意见。

参考：

http://dalexander.github.io/admixture/admixture-manual.pdf

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