edgeR/limma/DESeq2差异基因分析→ggplot2作火山图→biomaRt转换ID并注释

请一定看这里：写下来只是为了记录一些自己的实践，当然如果能对你有所帮助那就更好了，欢迎大家和我交流

三者区别

差异分析流程:

1 初始数据

2 标准化(normalization)：DESeq、TMM等

为什么要标准化？
消除文库大小不同，测序深度对差异分析结果的影响
怎样标准化？
找到一个能反映文库大小的因子，利用这个因子对rawdata进行标准化

3 根据模型检验求p value：泊松分布(poisson distribution)、负二项式分布(NB)等

4 多重假设得FDR值：

检验方法：Wald、LRT
多重检验：BH

5 差异基因筛选：pvalue、padj

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