3Dslicer2:数据与帮助
1.数据加载
1.1 3Dslicer支持的数据格式
Slicer支持多种医学图像数据的处理。由于Slicer的功能通过模块实现。数据类型也由模块来进行使用,某一个模块支持的数据类型可能有多种,例如数据模块可以对场景数据进行读取、写入的操作;体数据模块对影像图数据提供支持,这些影像图数据的格式不仅包括jpeg、png等Windows操作系统下最常见的图像文件格式,还包括标准的医学影像数据DICOM等。Slicer支持的场景数据有MRML格式,MRB格式和ZIP格式三种。MRML(Medical Reality Modeling Language)用于描述医学图像三维场景,是3D Slicer独创的一种数据格式。每一个MRML Scene数据对象都包含了Slicer 应用程序的状态、原始数据和可视化参数等多种数据,例如(体数据;模型数据;图像变换方式数据;基准点数据等等)。每一个数据类型是由特定的MRML Node来表示的。MRML Scene 是MRML Nodes 的集合。
3D Slicer为了能够处理不同医学影像产生的医学图像,引入了对DICOM格式文件的支持。虽然3D Slicer支持DICOM数据格式有着良好的支持,但是对于医学影像设备厂商生产的设备产生的扩散张量成像数据并不完全符合DICOM标准,因此,为了更好的处理DWI成像,3D Slicer引入了一种新的数据格式,即NRRD数据格式。NRRD数据可以完全表示DWI图像的所有信息,使用两种后缀名,“nrrd”和“nhrd”,后者一般在旧版本的Slicer中使用。1.2 添加数据
Slicer通过功能模块实现功能,虽然这些功能模块数量众多,支持的数据格式也不尽相同。Slicer将除DICOM数据之外的所有数据类型添加到Slicer中的过程都是通过“添加数据对话框”来完成,数据被添加到现有的场景。而DICOM数据由于标准较多,通过一个独立的功能模块进行添加,后面再详细学习。“AddData”既可以通过主菜单打开,也可以通过工具栏、快捷键等多种方式打开,对话框的界面如下图所示:
- ChooseDirectorytoAdd:添加该文件夹下的所有文件;
- ChooseFilestoAdd:添加所有指定的文件;
- ShowOptions:复选框显示/隐藏加载一个对象时的属性的各种选项;
- Reset:清除加载文件列表;
- OK:确认加载;
- Cancel:取消加载;
2.数据保存
Slicer可以保存当前场景(包括所有场景快照,基准点列表等)或者单个数据集,界面如图所示:为了给保存数据提供更加丰富的选项,“保存场景对话框”的界面并没有使用系统自带的资源管理器。
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