linux下kegg注释软件,网页工具KOBAS进行KEGG富集分析

KOBAS的介绍

KOBAS是北大生物信息中心研发的一个网页工具，用来基因/蛋白功能注释(注释模块)和功能基因集富集(富集模块)。以下是KOBAS的英文介绍：

KOBAS 3.0 is a web server for gene/protein functional annotation (Annotate module) and functional gene set enrichment(Enrichment module). For Annotate module, it accepts gene list as input, including IDs or sequences, and generates annotations for each gene based on multiple databases about pathways, diseases, and Gene Ontology. For Enrichment module, it can accept either gene list or gene expression data as input, and generates enriched gene sets, corresponding name, p-value or a probability of enrichment and enrichment score based on results of multiple methods.

如上图所示，KOBAS主要分为三个模块，分别为注释，基因列表富集，实验数据富集。KOBAS也可以用命令行方式来分析，可以在download页面进行下载tarball格式的安装包，在linux终端用命令行来操作，下面分别以网页方式和命令行方式来进行KEGG富集分析

1.网页方式进行KEGG富集分析

如上图，我们在Gene-list Enrichment这里，我们这里选择的是Emsembl Gene ID,然后选择物种Homo sapiens,然后将gene list粘贴过去，下面只勾选KEGG Pathway,点击Run，这里会生成一个TaskID

一共生成了296条KEGG terms,这里生成的一个很大的表格，然后点击download,就能得到KEGG的富集分析，下个博客我在写怎么用命令行模式来进行KEGG富集分析

linux下kegg注释软件,网页工具KOBAS进行KEGG富集分析相关推荐

linux下的pdf工具下载,Linux_Linux系统下的PDF工具 LinuxPDFeditor， Linux下PDF编辑软件nb - phpStudy...
Linux系统下的PDF工具 LinuxPDFeditor Linux下PDF编辑软件修改用pdfedit,加注记用xournal,合并用pdktk. 当用户在寻找适宜的PDF编辑器时,Linux ...
linux下好用的截图软件下载,爆改 Linux 下最好用的截图工具！
原标题:爆改 Linux 下最好用的截图工具! 公众号关注 "五分钟学算法" 设为 "星标",带你挖掘更多开发神器! 因为日常Linux办公,经常有截图顺带简单 ...
Linux下文件备份和同步的工具软件
Linux下文件备份和同步的工具软件 1)通过本次实训,熟悉软件项目配置管理相关内容; 2)熟悉shell编程 makefile的应用. 3)掌握文件IO.标准IO库的使用,掌握Linux下多进程.多 ...
那些 Linux 下好用的小工具收集
PS: 由于个人主要使用的平台为基于 Debian 的发行版[准确来说是基于 Ubuntu 的再发行版 Linux Mint],所以默认以 Debian 环境下介绍,不过由于大多数软件都是开源且在多个 ...
Linux 下如何安装软件？
http://zhidao.baidu.com/link?url=OkQCOZtVMXhasC8x9zFTZOumsFKf0WW25Ckr2wBF1xO08EsjrBpnMaTBlIAUYdxZ408 ...
如何卸载电脑中linux系统软件,Linux下如何卸载软件
Linux下如何卸载软件比如我在Linux下安装了Mysql,但是现在我要卸载重装,提示卸载失败,有其它的服务或软件如php-mysql-5.1.6-3:mysql-server-5.0.22-2. ...
Perf -- Linux下的系统性能调优工具，第 2 部分
https://www.ibm.com/developerworks/cn/linux/l-cn-perf2/ Perf -- Linux下的系统性能调优工具,第 2 部分刘明, 软件工程师, 上 ...
Linux下四款常见远程工具比较
摘要:Linux远程可不像Windows下那么方便,主要是连接的速度.显示的画质不能令人满意(延迟.撕裂).本文只是说一下我用过的四款远程工具.Anydesk官网:https://anydesk.co ...
Linux下各种后门和日志工具详解
攻入Linux系统后,很多入侵者往往就开始得意忘形了.这其中还有一个原因,就是技术性也要求更高了.下面,我们来看看一些常用的经典工具.ChinaUnix个人空间DQOqY'{TChinaUnix个人空 ...
强力推荐Linux下的五大BT下载工具
强力推荐Linux下的五大BT下载工具 2009年03月11日01:22 来源:NULL 作者:NULL 编辑:周荣茂评论:0条本文Tag: linux Linux新闻在Windows操作系统中 ...

linux下kegg注释软件,网页工具KOBAS进行KEGG富集分析

linux下kegg注释软件,网页工具KOBAS进行KEGG富集分析相关推荐

最新文章

热门文章