cpptraj的常用命令

rmsd命令

这里name是进行rmsd计算后保存的数据集

ref <name> 这里的name可以是tag也可以是文件名

createcrd命令

这里会整合对应同一个top文件的多个轨迹为一个数据集

运行createcrd后要运行run，不然不会生效

crdaction命令

对指定的坐标数据集进行操作

#用createcrd对top为[x]的轨迹建立数据集crd1
createcrd crd1 parm [x]
run
#计算这份数据集1-100帧中所有CA的RMSD：
crdaction crd1 rmsd first @CA out rmsd-ca.dat crdframes 1,100

crdout命令

对操作的内存中的坐标轨迹进行输出为磁盘文件

这里的<trajout args>选项可将trajout命令的选项传入

#将数据集crd11-100帧，隔5帧输出为文件crd1.nc 输出格式为crd
crdout crd1 crd1.nc crd crdframes 1,100,5

average命令

进行一次average命令，生成数据集或者输出文件，只能二选一

trajout的参数可以传入

#保存平均结构为pdb文件：
average model.pdb pdb#计算1到100帧，残基1-10的平均构象，保存为mol2文件：
average model.mol2 mol2 start 1 stop 100 :1-10

reference命令

默认的frame#为1

parm可以不加，不加默认使用内存中第一个top（效果=parmindex 0）

trajin命令

trajout命令

parm命令

parmstrip命令

对一个导入的top文件（假设tag=[x]）使用parmstrip命令后，[x]的内容会被修改，不再适用原先的轨迹文件

parmwrite命令

strip命令

strip命令里没有具体说明对哪些轨迹或是top进行修改

但是strip命令是属于action命令的，可以作为<action arg>变量传给crdaction命令

#对数据集crd1的top里的H原子都去除,输出拓扑文件notH
crdaction crd1 \
strip &@H= outprefix notH

clear命令

可以去除所有的内存文件或是指定的内存文件

help命令

只输入help，会将所有的命令以清单的形式列出

可以在help后将相关的命令，例如help action就只列出action相关的命令

write和read命令

将内存数据写出为磁盘文件（write）或将磁盘文件数据读入为内存数据（read）：

#将内存数据集test-dat输出为dat文件：
write test.dat test-dat
#将dat文件读取为数据集：
readdata test.dat name test-dat

write命令，可以将多个数据集写成一个数据集，也可以将数据集写出为文件

虽然写入有write和writedata命令，但是读入就只有readdata，没有read命令。

参考网页地址： CPPTRAJ -AMBER-hub