Linux yest2图形安装ftp,(伪)从零开始学转录组:软件安装
生信技能树的转录组学习开班了, 第一个任务是安装软件, 于是我花了一个下午时间和Linux斗智斗勇。
系统准备
windows10: Unbuntu on windows10. 至于如何win10上开启Linux子系统,百度会有无数教程的。
建议搭配cmder,界面更好看,用的更开心。
但是直接在cmder里启动ubuntu不能使用方向键,需要做一些修改,即在cmder的setting的startup的command line添加%windir%\system32\bash.exe ~ -cur_console:p:n
软件准备(conda)
1.下载miniconda https://conda.io/miniconda.html Linux Python2.7cd src
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
根据提示,最后会安装到~/miniconda2下。
2.添加bioconda channel, 目前还没有国内源conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
3.用conda安装软件sratoolkit,fastqc,hisat2,samtools,htseq-count, 与网络有着密切的关系
查询可供安装的软件, https://bioconda.github.io/recipes.html#recipesconda create -n biostar sra-tools fastqc hisat2 samtools htseq
拓展: 了解conda的命令
注:conda只有一个问题,就是看网络条件,国内源似乎还在制作中。
R语言和Rstudio就看下面的讲解。
软件准备(麻烦的编译篇)
我的习惯:家目录下创建src文件夹,用于存放软件包
家目录下创建biosoft文件夹,用于安装软件
为了提高下载速度,我们需要替换/etc/apt/source.list中默认镜像源。方法参考自中国科学技术大学开源镜像站# 备份
cd /etc/apt/
sudo cp source.list source.list.bk
# 替换
sudo sed -i 's/http/https/g' sources.list
sudo sed -i 's/archive.ubuntu.com/mirrors.ustc.edu.cn/g' sources.list
sudo sed -i 's/security.ubuntu.com/mirrors.ustc.edu.cn/g' sources.list
# 更新
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
选择合适的镜像站,让你的速度飞起来
sratookit
功能: 下载,操作,验证NCBI SRA中二代测序数据
网址:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software
步骤:cd src
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2-1/sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64.tar.gz
tar -zxvf sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64.tar.gz
mv sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64 ~/biosoft
# 加入环境变量
echo 'PATH=$PATH:~/biosoft/sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64/bin' >> ~/.bashrc
# 测试
prefetch -v
# 尝试下载,默认存放在家目录下的ncbi文件夹中
prefetch -c SRR390728
阅读官方文章进一步了解:如何开启ascp加速下载
vdb-config更改基本设置
fastqc
功能: 可视化展示二代测序数据质量
网站:http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
步骤:# 判断系统是否安装java
java -version
# 安装java, 请改成openjdk-9-jdk,下面的是错误演示
sudo apt install openjdk-9-jre-headless
# 验证
java -version
# openjdk version "9-internal"
# OpenJDK Runtime Environment (build 9-internal+0-2016-04-14-195246.buildd.src)
# OpenJDK 64-Bit Server VM (build 9-internal+0-2016-04-14-195246.buildd.src, mixed mode)
# 安装fastqc
cd src
wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip
unzip fastqc_v0.11.5.zip
mv FastQC/ ~/biosoft/
cd ~/biosoft/FastQC/
chmod 770 fastqc
# 添加环境变量, 我用sed修改
sed -i '/^PATH/s/\(.*\)/\1:~\/biosoft\/FastQC\//' ~/.bashrc
source ~/.bashrc
fastqc -v
# FastQC v0.11.5
拓展:了解fastqc结果中各个图的含义
掌握如何从fastqc的结果中提取数据
学习sed的用法,http://dongweiming.github.io/sed_and_awk/
samtools
SAM: 存放高通量测序比对结果的标准格式
功能: Reading/writing/editing/indexing/viewing SAM/BAM/CRAM format
网站: http://samtools.sourceforge.net/
安装:cd src
# prerequsite
## system requirement
sudo apt install autoconf libz-dev libbz2-dev liblzma-dev libssl-dev
### zlib2
wget http://zlib.net/zlib-1.2.11.tar.gz
tar -zxvf zlib-1.2.11.tar.gz && cd zlib-1.2.11 && make && sudo make install && cd .. && rm -rf zlib-1.2.11
### bzip2
wget http://bzip.org/1.0.6/bzip2-1.0.6.tar.gz
tar -zxvf bzip2-1.0.6.tar.gz && cd bzip2-1.0.6 && make && sudo make install && cd .. && rm -rf bzip2-1.0.6
### curses
sudo apt-get install libncurses5-dev
### htslib
git clone https://github.com/samtools/htslib.git
cd htslib
autoreconf
# building samtools
git clone https://github.com/samtools/samtools.git
cd samtools
autoconf -Wno-syntax
./configure
make && make install prefix=$HOME/biosoft/samtools
## add PATH
sed '/^PATH/s/\(.*\)/\1:~\/biosoft\/samtools\/bin/' .bashrc -i
source ~/.bashrc
samtools --help
顺便安装bcftoolscd src
git clone https://github.com/samtools/bcftools.git
make && make install prefix=$HOME/biosoft/bcftools
make clean
sed '/^PATH/s/\(.*\)/\1:~\/biosoft\/bcftools\/bin/' .bashrc -i
source ~/.bashrce
bcftools -h
因为用的是github,所以以后更新就用下面命令cd htslib; git pull
cd ../bcftools; git pull
make clean
make
吐槽: 编译的时候需要安装好多前置包,真麻烦!
HISAT2
功能: 将测序结果比对到参考基因组上
网站: http://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml
安装:cd src
wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-source.zip
unzip hisat2-2.1.0-source.zip
# 编译hisat2
cd hisat2-2.1.0
make
rm -f *.h *.cpp
cd ../
mv hisat2-2.1.0 ~/biosoft/hisat2
# add to PATH
sed '/^PATH/s/\(.*\)/\1:~\/biosoft\/hisat2/' ~/.bashrc -i
source ~/.bashrc
# test
hisat2 -h
吐槽: 居然没有make install !!!
拓展:HISAT2支持--sra-acc ,也就是可以集成SRATOOLS的,但是需要安装额外包,可以看文章自己折腾。
HTSeq
功能: 根据比对结果统计基因count# prerequsites
sudo apt-get install python-pip
pip install --upgrade pip
sudo apt-get install build-essential python2.7-dev python-numpy python-matplotlib
## 验证, 保证无报错
python -V
## python
python
>>> import numpy
>>> import matplotlib
## install HTSeq
pip install htseq
## 验证
python
>>> import HTSeq
教程:http://www-huber.embl.de/users/anders/HTSeq/doc/tour.html#tour
推荐:推荐安装一个ipython,学习ipython如何使用
将软件包安装到当前用户目录下pip install --user xxx
R
Ubuntu 14.04的自带R版本跟不上时代的变化,然后自己编译的坑有太多,所以先用Linux处理数据,然后在Windows下分析数据。这样就很轻松了。一些需要编译的软件包,还可以用RTools。
R:https://cran.r-project.org/
Rstudio: https://www.rstudio.com/
二进制版本: R官方提供了Ubuntu最新版本更新方法,如下# 添加Secure APT
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
# 添加deb到source.list
vi source.list
deb https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu xenial/
deb https://mirrors.ustc.edu.cn/ubuntu/ xenial-backports main restricted universe
# 更新并安装
sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base
# (optional)如果要自己编译R
sudo apt-get install r-base-dev
# 测试
which R
/usr/bin/R
安装之后建议修改一下R包镜像源,提高下载速度。vi ~/.Rprofile
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
编译部分:新手阶段不要轻易尝试,如果你能顺利搞定,你的Linux能力已经过关了
如何处理./configure中出现的问题:configure: error: No F77 compiler foundsudo apt-get install gfortran
configure: error: —with-readline=yes (default) and headers/libs are not available# 其实可以--with-readlines=no, 但是还是把东西装了吧
install libreadline-dev
configure: error: —with-x=yes (default) and X11 headers/libs are not available# 因为是CLI模式,不需要GUI
./configure --with-x=no
configure: error: pcre >= 8.20 library and headers are requiredsudo apt-get install libpcre3 libpcre3-dev
注: 上面安装其他软件时用到的包,其实也有一部分是R所需要的,如果出错的话,也是谷歌+必应+百度一个一个解决。./configure --with-x=no --prefix=$HOME/biosoft/R3.4.1
最后配置成功后会出现如下结果:R is now configured for x86_64-pc-linux-gnu
Source directory: .
Installation directory: /usr/local
C compiler: gcc -g -O2
Fortran 77 compiler: f95 -g -O2
Default C++ compiler: g++ -g -O2
C++98 compiler: g++ -g -O2
C++11 compiler: g++ -std=gnu++11 -g -O2
C++14 compiler: g++ -std=gnu++14 -g -O2
C++17 compiler:
Fortran 90/95 compiler: gfortran -g -O2
Obj-C compiler:
Interfaces supported:
External libraries: readline, curl
Additional capabilities: NLS
Options enabled: shared BLAS, R profiling
Capabilities skipped: PNG, JPEG, TIFF, cairo, ICU
Options not enabled: memory profiling
Recommended packages: yes
configure: WARNING: you cannot build info or HTML versions of the R manuals
configure: WARNING: you cannot build PDF versions of the R manuals
configure: WARNING: you cannot build PDF versions of vignettes and help pages
这些警告无伤大雅,毕竟CLI看不了PDF。make
然后我发现一个错误error: jni.h: No such file or directory
原因是之前的openjdk-9-jre-headless无头, 不完整,所以需要重新安装一个完整的# 先卸载
sudo apt-get remove openjdk-9-jre-headless
# 后安装最完整java环境
sudo apt-get install openjdk-9-jdk
然后重新make && make install
我以为自己不会遇到问题了,结果installing doc ...
/usr/bin/install: 无法获取'NEWS.pdf' 的文件状态(stat): 没有那个文件或目录
/usr/bin/install: 无法获取'NEWS.pdf' 的文件状态(stat): 没有那个文件或目录
Makefile:121: recipe for target 'install-sources2' failed
MDZZ!本来就没有考虑到x11模块,不能搞pdf,你和我说报错!于是我默默去百度一下,给出的方法是忽略错误make install -i
谢天谢地,终于通过了!!!添加环境变量测试一下吧sed '/^PATH/s/\(.*\)/\1:~\/biosoft\/R-3\.4\.1\/bin\//' .bashrc -i
R
> .libPath()
[1] "/home/xzg/biosoft/R-3.4.1/lib/R/library"
# 安装Hadley大神的包压压惊
install.packages("tidyverse")
真麻烦!我要去Y叔的小密圈问下,看看他有没有其他更好的方法
一点经验
以后在Ubuntu安装软件之前,先保证如下被安装了。## build-essential
sudo apt-get install build-essential
## java
sudo apt install openjdk-9-jdk
## 各种包
sudo apt install autoconf libz-dev libbz2-dev liblzma-dev libssl-dev
### zlib2
wget http://zlib.net/zlib-1.2.11.tar.gz
tar -zxvf zlib-1.2.11.tar.gz && cd zlib-1.2.11 && make && sudo make install && cd .. && rm -rf zlib-1.2.11
### bzip2
wget http://bzip.org/1.0.6/bzip2-1.0.6.tar.gz
tar -zxvf bzip2-1.0.6.tar.gz && cd bzip2-1.0.6 && make && sudo make install && cd .. && rm -rf bzip2-1.0.6
### curses
sudo apt-get install libncurses5-devR编译需要的Java必须是完全体,所以必须是 openjdk-9-jdk,不然无限报错
make -i 可以忽略系统报错,继续走下去,很多时候一点小错是没有关系的
如果./configure --prefix=/path/to/where写错了,然后最后安装的地方错了, 不能简单的把软件包挪个位置就行了,至少要把目录内的R-3.4.1/bin/R和R-3.4.1/lib/R/bin/R的路径进行修改。
make得要好好学习,有些时候不能./configure && make && make install prefix=/path/to/where一套走下来,有点作者可能没有定义install
我们遇到的问题基本上无数前人已经填坑了,所以谷歌百度必应总能找到, 如果你想偷懒,那你可以加入我的小密圈,向我提问。
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