chimera添加氨基序列

pymol只能对氨基酸序列进行单点突变，但是不能对基因序列进行添加操作。可以参考pymol单点突变操作

chimera可以进行单点突变，也能对氨基序列进行添加操作，具体参考官方教程Tutorials FrameSet

首先打开一个蛋白的pdb文件，pdb文件可以在pdb网站下载。这里我选择的是1rjb。

依次选择 Tools - Sequence - Sequence 打开序列界面

氨基序列界面如下

依次选择 Edit - Add Sequence 打开 Add Sequence to chain A:fl cytokine receptor 的界面。有变化的序列是下图中绿红色的一段

插入序列界面如下，上面的 Sequence name 可以改成自己序列的名字，下面 Sequence 填序列。如果想多加几组序列就点 Apply，否则就点OK：

添加后序列如下：

选择 Structure - Modeller(homology) , 之后界面需要修改如下下面几处，将1处的target改成你想要生成的序列（比如我的是S），2处修改成同源建模的比对序列(原始蛋白1rjb)，3处需要填写你申请的license key，注意这里需要的是Modeller的license,可以在Modeller官网上查看，在这个界面申请。姓名机构什么的瞎填就行，但是邮箱一定要填对，之后会发给你序列号。之后第4步点击 OK 就行，一会就算完了。

可以在这里点击查看进度

算出来的成绩

官网有写代表意义，GA341大于0.7就说明生成的模型还可以，zDOPE负值时模型更好

生成结束后除了有打分界面，还会有一个 Model Panel 界面控制查看生成模型。在序列面板中选择生成的序列(S)成绿色后,在 Model Panel 点击 write PDB 可以保存PDB文件。

保存界面：1.选择想保存的路径，2.选择保存文件的命名，3.选择保存模型，4.选择保存方式(如图为选择分别保存而不是整合成一个)，5.选择保存方式（这里我需要用AMBER）所以选择了AMBER，之后选择 Save , 整个操作就完成，可以进行下一步分析了。

但是生成出来的东西非常怪异，不知道对不对

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