linux下kegg注释软件,KEGG pathway注释过程
KEGG mapper:
输入:cufdiff生成的差异基因列表(log2fold_change的绝对值>1, pvalue<0.01)
目的:在KEGG网站中,利用KEGG mapper工具进行pathway注释。
过程:
1. ID转换:将gene symbol转换为uniprobID
方法:利用uniprot网站的工具。网址:https://www.uniprot.org/uploadlists/
步骤:
1)准备gene symbol列。只需这一列即可。
2)选择“gene name” 转换成“UniProt”。点击submit。
3)将转换完成的数据,进行筛选(物种:人,鼠;是否reviewed)。下载筛选后的数据。
问题:
1)该网站在我的linux系统上显示错误,有很多按钮无法显示。只能利用其它的window系统实现转换。
2)该网站不能对4000+个genesymbol进行转换。我输入2950个gene symbol后,第一次转换失败;第二次转换成功。
2.KEGG pathway注释:
方法:将uniprot ID输入KEGG mapper的列表中(需添加color列),点击exec。
步骤:
1)网页的“Organism-specific”,需要输入正确。点击旁边的按钮可以查找物种的缩写。(我在此花费了许久)。人:hsa;鼠:mmu
2)网页的“Optional use of outside ID”,选择UniProt。
3)点击Exec即可。
搜索pathway的方法:
在KEGG中,搜索某个pathway的方法:https://www.kegg.jp/kegg/pathway.html
”Enter keywords “部分输入要搜索的关键字,比如“hippo”;点击Go。即得到搜索的信号通路。
KEGG有各种类型的数据库;
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