这篇博文记录了我用CentOS 7搭建地震学科研环境的过程,供我个人在未来重装系统时参考。对于其他地震学科研人员,也许有借鉴意义。

阅读须知:

  1. 本文适用于个人电脑,不适用于服务器;
  2. 不推荐刚接触Linux的人使用CentOS发行版
  3. 本文尽量写的浅显易懂,但要求读者掌握Linux基础知识;
  4. 本文所有操作均在CentOS 7下完成,其他发行版或多或少与CentOS 7不同,因而仅供参考;
  5. 本文所安装的软件纯粹出于个人习惯及喜好,读者应自己判断,按需安装;

安装CentOS

CentOS 7的安装与其他Linux发行版的安装差不多,个别地方稍有不同。

准备工作

  1. 准备材料

    • U盘:容量700M以上,用于制作U盘启动盘,因为在制作启动盘时会格式化U盘,所以U盘内不要包含重要资料
    • CentOS 7.1 LiveCD ISO镜像文件
    • Universal USB installer:Windows下的U盘启动盘制作工具
    • 一个已安装Windows的电脑:用于制作U盘启动盘
  2. 运行Universal USB installer并制作U盘启动盘
  3. 将U盘插入计算机,重启,进入BIOS选择从U盘启动,即可进入CentOS的LiveCD
  4. 进入LiveCD后,点击桌面的“Install to Hard Drive”即可安装

注:Linux下可以通过 dd 命令制作启动盘,但由于对原理不够了解,偶尔会导致制作失败,或制作成功后U盘容量有问题,还是用Windows下的Universal USB installer比较靠谱。

安装过程

  1. 选择安装过程中使用的语言,这里应使用英语,不要使用汉语。若安装界面使用汉语,最终安装的系统中会出现两个比较麻烦的问题:

    1. 家目录下的系统文件夹,比如Downloads、Desktop等会以中文表示,这使得在命令行 cd 变得很麻烦;
    2. 终端中某些字符用英文字体,某些字符用中文字体,效果非常差,需要自己修改终端字体方可;
  2. 选择区域和城市:Asia和Shanghai
  3. 键盘使用English(US)而不是English(UK)
  4. Hostname可以改也可以不改,我用 saturn.geolab
  5. 安装的目的地,选择要使用的硬盘,在“Other Storage Options”处选择“I will configure partioning”,即手动分区

分区

CentOS 7的分区似乎比较特别,自认为经验很丰富的我在第一次安装CentOS7时还是在分区上耽误了很多时间。后来找到比较合适的分区方法,如下:

对系统的若干修改

添加第三方源

CentOS由于很追求稳定性,所以官方源中自带的软件不多,因而需要一些第三方源,比如EPEL、ATrpms、ELRepo、Nux Dextop、RepoForge等。根据上面提到的软件安装原则,为了尽可能保证系统的稳定性,此处大型第三方源只添加EPEL源、Nux Dextop和ELRepo源。

删除多余的kernel

在前面的 yum update 执行之后,可能会将kernel也一起更新,则在启动CentOS时启动项中会有很多项。

确认当前使用的kernel版本号:

$ uname -r
3.10.0-123.9.3.el7.x86_64

查找当前系统安装的所有kernel:

$ rpm -qa | grep kernel | sort
kernel-3.10.0-123.8.1.el7.x86_64
kernel-3.10.0-123.9.2.el7.x86_64
kernel-3.10.0-123.9.3.el7.x86_64
kernel-devel-3.10.0-123.8.1.el7.x86_64
kernel-devel-3.10.0-123.9.2.el7.x86_64
kernel-devel-3.10.0-123.9.3.el7.x86_64
kernel-headers-3.10.0-123.9.3.el7.x86_64
kernel-tools-3.10.0-123.9.3.el7.x86_64
kernel-tools-libs-3.10.0-123.9.3.el7.x86_64

可以看出有三个版本的kernel,123.8.1、123.9.2和123.9.3。除了最新的kernel外,建议多保留一个旧kernel,以免新kernel出现问题时可以通过旧kernel进入系统。因而此处删除123.8.1版本的kernel:

sudo yum remove kernel-3.10.0-123.8.1.el7.x86_64
sudo yum remove kernel-devel-3.10.0-123.8.1.el7.x86_64

驱动程序

进阶开发环境

并行计算

并行可以用openmpi,也可以用mpich,二者应该是并列的。但是由于二者提供了几乎一样的命令,所以二者可以同时安装,但是不可以同时处于使用状态。

脚本语言环境

Python

CentOS 7.0自带Python 2.7.5,目前Python 2的最新版本为2.7.8,Python 3的最新版本为3.4.2。

日常软件

效率类软件

这一类工具能够在不同方面提高科研的效率,也提高了使用者的体验。

zsh与oh my zsh

Linux下有很多shell,比如最常见的bash,除此之外还有csh、ksh。zsh也是一个shell。

zsh的特点在于:

完全不经配置的zsh已经很好用了,一般用户也没必要花时间研究配置。oh my zsh是一群人一起维护的一套zsh配置文件。直接用这个配置文件,稍稍了解一点会有更好的体验。

安装zsh:

sudo yum install zsh

安装oh my zsh:

curl -L http://install.ohmyz.sh | sh

上面的命令,做了如下几件事情:

第三步中,会报错如下: chsh: "/usr/bin/zsh" is not listed in /etc/shells. ,需要手动修改默认shell:

chsh -s /bin/zsh

chsh命令修改的是login shell,因而需要退出当前用户并重新登陆,以后用户的默认shell就从bash变成了zsh,所有的配置都不用写到 .bashrc 而要写到 .zshrc 中。

在 .zshrc 中可以选择喜欢的主题,以及适当数量的插件。下面列出我在用的插件:

  1. Git

    该插件为git的众多常用命令提供了更简单的别名,比如 git status 的别名是 gst ,大大减少了击键数。但该插件中 git mergetool --no-prompt 的别名是 gmt ,与GMT软件冲突,需要将该插件的目录git复制到custom/plugins下,然后删除其中的gmt别名;

  2. 命令补全插件: pip, pyenv

  3. sudo:按两下 ESC 即可在当前命令前加上 sudo

  4. yum:为常见的yum命令提供别名

虚拟机

有时候可能需要在Windows下做一些操作,如果机器性能足够好的话,可以安装虚拟机。

同步网盘

网盘根据功能大概可以分为两类:同步网盘和备份网盘。既然是同步网盘,Linux下的客户端必不可少。就目前已知的情况来看,CentOS7下能使用的同步网盘只有三个:Dropbox、MEGA和坚果云。

我主要用同步网盘将Linux机器上的PDF文献同步到iPad上。

工具软件

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