Li‘s 影像组学视频学习笔记(29)-ICC的计算

本笔记来源于B站Up主: 有Li 的影像组学的系列教学视频
本节(29)主要讲解: 用pingouin包进行ICC的计算
　
　
1、ICC的wikipedia定义

In statistics, the intraclass correlation, or the intraclass correlation coefficient (ICC), is a descriptive statistic that can be used when quantitative measurements are made on units that are organized into groups. It describes how strongly units in the same group resemble each other. While it is viewed as a type of correlation, unlike most other correlation measures it operates on data structured as groups, rather than data structured as paired observations.

2、导入包

pip install pingouin # for the first timeimport pingouin as pg
import pandas as pd
import numpy as np
import os

3、调取内置数据集

data = pg.read_dataset('icc')
print(data)

数据格式大概是这个样子：

4、计算ICC

icc = pg.intraclass_corr(data = data, targets = "Wine", raters = "Judge",ratings = "Scores")
print(icc)

输出结果如下：

5、实战

folderPath = "C:/Users/RONG/Desktop/ICC_calculation/"data_1 = pd.read_excel(os.path.join(folderPath,"ICC_reader_1.xlsx"))
data_2 = pd.read_excel(os.path.join(folderPath,"ICC_reader_2.xlsx"))data_1.insert(0,"reader",np.ones(data_1.shape[0]))
data_2.insert(0,"reader",np.ones(data_2.shape[0])*2)data_1.insert(0,"target",range(data_1.shape[0]))
data_2.insert(0,"target",range(data_2.shape[0]))data = pd.concat([data_1,data_2]) # make a data frame like the test data icc = pg.intraclass_corr(data = data, targets = "target", raters = "reader",ratings = "featureA")
print(icc)

以上 ICC_reader_1.xlsx 及处理后的数据形式为：

在影像组学实际应用中，应用for循环进行批量化计算各个feature的ICC值。

作者：北欧森林
链接：https://www.jianshu.com/p/9e79ac76fed6
来源：简书，已获授权转载

RadiomicsWorld.com “影像组学世界”论坛：
影像组学世界/RadiomicsWorld

Li‘s 影像组学视频学习笔记(29)-ICC的计算相关推荐

影像组学视频学习笔记(29)-ICC的计算、Li‘s have a solution and plan.
本笔记来源于B站Up主: 有Li 的影像组学的系列教学视频本节(29)主要讲解: 用pingouin包进行ICC的计算 1.ICC的wikipedia定义 In statistics, the in ...
Li‘s 影像组学视频学习笔记(10)-T检验+lasso+随机森林、Li‘s have a solution and plan.
本笔记来源于B站Up主: 有Li 的影像组学系列教学视频本节(10)主要介绍: T检验+lasso+随机森林李博士借用和女朋友一起吃饭这个实例来说明:爱情和机器学习一样,复杂深奥.难以揣测. im ...
Li‘s 影像组学视频学习笔记(28)-ROI/病灶体积的计算、Li‘s have a solution and plan.
本笔记来源于B站Up主: 有Li 的影像组学的系列教学视频本节(28)主要讲解: 用SimpleITK包进行ROI/病灶体积的计算 1.加载包 import SimpleITK as sitk im ...
Li‘s 影像组学视频学习笔记(25)-查看准确度、灵敏度、特异度及混淆矩阵
本笔记来源于B站Up主: 有Li 的影像组学系列教学视频本节(25)主要讲解: 通过sklearn包输出准确度.灵敏度.特异度及混淆矩阵基本概念代码实现 from sklearn.metrics ...
Li‘s 影像组学视频学习笔记(9)-T检验(T-test)理论及示例
本笔记来源于B站Up主: 有Li 的影像组学系列教学视频本节(9)主要介绍: T-test理论及示例 T 检验两独立样本t检验(ttest_ind):检验两组独立样本的平均数与其分布是否具有显著性 ...
Li‘s 影像组学视频学习笔记(14)-特征权重做图及美化
本笔记来源于B站Up主: 有Li 的影像组学系列教学视频本节(14)主要介绍: 特征权重做图及美化 import matplotlib.pyplot as plt %matplotlib inlin ...
Li‘s 影像组学视频学习笔记(16)-pyradiomics里的yaml文件
本笔记来源于B站Up主: 有Li 的影像组学系列教学视频本节(16)主要介绍: pyradiomics的yaml文件参数设置解读 pyradiomics 官网对yaml文件有详细说明: The th ...
影像组学视频学习笔记(43)-标准差、标准误及95%置信区间CI、Li‘s have a solution and plan.
作者:北欧森林链接:https://www.jianshu.com/p/f09d0f97592f 来源:简书,已获授权转载本笔记来源于B站Up主: 有Li 的影像组学系列教学视频本节(43)主要 ...
影像组学视频学习笔记(42)-影像组学特征提取问题解决过程复现、Li‘s have a solution and plan.
作者:北欧森林链接:https://www.jianshu.com/p/c3e6de2f79b3 来源:简书,已获转载授权本笔记来源于B站Up主: 有Li 的影像组学系列教学视频本节(42)主要 ...

Li‘s 影像组学视频学习笔记(29)-ICC的计算

Li‘s 影像组学视频学习笔记(29)-ICC的计算相关推荐

最新文章

热门文章