lammps数据后处理：Python Ovito 统计键长分布
大家好，我是小马老师。
本文介绍如何使用python ovito模块输出lammps模拟体系的键长分布。
在之前的推文中，曾经介绍过ovito可以分析键角分布，但是这个功能是ovito pro版本的，需要收费。
对于大部分同学来说，这个费用不算低，况且仅仅是为了使用个别功能，付费pro版也不大合算。
有一个免费的替换方案，使用python的ovito模块，就可以达到相同的目的。
python ovito模块中有个BondAnalysisModifier功能，可以分析键长和键角的分布，和ovito pro版本的键角分析功能是一样的。
python ovito模块的安装和使用方法，可以查找公众号前面的推文，不再赘述。
下面以聚乙烯弛豫为例，介绍BondAnalysisModifier使用方法。
lammps dump轨迹文件并不保存键的信息，因此，分析键的信息需要首先读入体系的键拓扑信息。
初始的data文件包含键拓扑信息，因此，此处可以读入初始data文件。
在模拟过程中，键的连接是不变的，所以，加载轨迹文件后，根据键拓扑信息依次循环所有的键，计算键长并保存输出。
默认的命令仅计算当前帧的键长分布，添加TimeAveragingModifier()可对所有帧的键长分布进行统计平均，最终的结果输出到bond-length-distr.txt文件。
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