Linux中root安装microsoft R open(MRO),普通用户如何使用?
年前,发现了Microsoft R Open更新到了4.0,就把服务器上的R版本更新了。
原来的版本:3.5.1
R version 3.5.1 (2018-07-02) -- "Feather Spray"
Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)R是自由软件,不带任何担保。
在某些条件下你可以将其自由散布。
用'license()'或'licence()'来看散布的详细条件。R是个合作计划,有许多人为之做出了贡献.
用'contributors()'来看合作者的详细情况
用'citation()'会告诉你如何在出版物中正确地引用R或R程序包。用'demo()'来看一些示范程序,用'help()'来阅读在线帮助文件,或
用'help.start()'通过HTML浏览器来看帮助文件。
用'q()'退出R.Microsoft R Open 3.5.1
The enhanced R distribution from Microsoft
Microsoft packages Copyright (C) 2018 Microsoft CorporationUsing the Intel MKL for parallel mathematical computing (using 64 cores).Default CRAN mirror snapshot taken on 2018-08-01.
See: https://mran.microsoft.com/.[原来保存的工作空间已还原]
现在root下已经安装过了MRO(Microsoft R Open)4.0.2,但是普通用户怎么安装呢?
上网搜索了一下,发现可以再非root用户下安装,有两种途径:
1,conda安装
conda install -c r r-microsoftr
但是版本还是3.5,忧伤,不是最新版的
2,解析install.sh
的代码,
代码来源:https://www.jianshu.com/p/5958fa98d42f
# 1.下载并解压官方安装包
wget https://mran.blob.core.windows.net/install/mro/3.5.1/microsoft-r-open-3.5.1.tar.gz
tar -xf microsoft-r-open-3.5.1.tar.gz
cd microsoft-r-open/# 2. 查看 install.sh 内容
less install.sh
# 分析发现脚本判断了当前操作系统然后依次安装(以 YUM 为例)
# ${SCRIPT_DIR}/rpm/microsoft-r-open-mro*.rpm
# ${SCRIPT_DIR}/rpm/microsoft-r-open-foreachiterators*.rpm
# ${SCRIPT_DIR}/rpm/microsoft-r-open-mkl*.rpm# 3. 分别查看三个 rpm 包的安装脚本,重点看 postinstall scriptlet 部分的内容
rpm -qp --scripts rpm/microsoft-r-open-mro*.rpm
rpm -qp --scripts rpm/microsoft-r-open-foreachiterators*.rpm
rpm -qp --scripts rpm/microsoft-r-open-mkl*.rpm
# 分析发现 mro* 包是在往 /usr/bin/ 下面写链接文件
# foreachiterators* 没有做任何事情
# mkl* 备份了原有的 R/lib/*.so 文件,并拷贝了一套新的动态链接库文件覆盖到了安装路径中# 4. 手工解压 rpm 包
rpm2cpio rpm/microsoft-r-open-mro*.rpm |cpio -idmv
rpm2cpio rpm/microsoft-r-open-foreachiterators*.rpm |cpio -idmv
rpm2cpio rpm/microsoft-r-open-mkl*.rpm |cpio -idmv# 5. 手工执行 postinstall scriptlet
INSTALL_PREFIX="./opt/microsoft/ropen/3.5.1/" # 从前面解压的路径可以看出来
mkdir -p ${INSTALL_PREFIX}/lib64/R/backup/lib
mv ${INSTALL_PREFIX}/lib64/R/lib/*.so ${INSTALL_PREFIX}/lib64/R/backup/lib
cp ${INSTALL_PREFIX}/lib64/R/backup/lib/libR.so ${INSTALL_PREFIX}/lib64/R/lib
cp ${INSTALL_PREFIX}/stage/Linux/bin/x64/*.so ${INSTALL_PREFIX}/lib64/R/lib# 6. 拷贝解压完的目录到指定安装位置
MRO_HOME="~/mro"
cp ${INSTALL_PREFIX} ${MRO_HOME}# 7. 设置环境变量
# 注:R_HOME 会影响含 C++ 的 package 编译安装时寻找的头文件和链接库,详见 ${INSTALL_PREFIX}/lib64/R/etc/Makevars。
export R_HOME=${MRO_HOME}/lib64/R
export PATH=${MRO_HOME}/bin:${PATH}
上面应该可以成功,但是很复杂,我明明有root权限,为何不能直接用root下的R呢?
正确的方法
发现MRO安装的路径:
/opt/microsoft/ropen/4.0.2/lib64/R/bin
查看我自己的R路径:
$ which R
~/anaconda3/bin/R
把我的R路径,建立软链到MRO的路径下即可!
cd ~/bin/
ln -s /opt/microsoft/ropen/4.0.2/lib64/R/bin/R .
然后查看一下R的路径:
$ ll R
lrwxrwxrwx 1 dengfei dengfei 40 2月 8 13:17 R -> /opt/microsoft/ropen/4.0.2/lib64/R/bin/R
搞定!
测试一下:
$ RR version 4.0.2 (2020-06-22) -- "Taking Off Again"
Copyright (C) 2020 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)R是自由软件,不带任何担保。
在某些条件下你可以将其自由散布。
用'license()'或'licence()'来看散布的详细条件。R是个合作计划,有许多人为之做出了贡献.
用'contributors()'来看合作者的详细情况
用'citation()'会告诉你如何在出版物中正确地引用R或R程序包。用'demo()'来看一些示范程序,用'help()'来阅读在线帮助文件,或
用'help.start()'通过HTML浏览器来看帮助文件。
用'q()'退出R.Microsoft R Open 4.0.2
The enhanced R distribution from Microsoft
Microsoft packages Copyright (C) 2020 Microsoft CorporationUsing the Intel MKL for parallel mathematical computing (using 64 cores).Default CRAN mirror snapshot taken on 2020-07-16.
See: https://mran.microsoft.com/.[原来保存的工作空间已还原]
测试一下radian:
$ r
R version 4.0.2 (2020-06-22) -- "Taking Off Again"
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)r$>
完美!
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