miRNA数据库篇——HMDD:miRNA相关疾病数据库

2024-06-14 20:21:25

HMDD:miRNA相关疾病数据库

HMDD是一个手工收集整理的miRNA与疾病相关联的数据库，最新版本为V3.2，网址如下

http://www.cuilab.cn/hmdd

共包含1206个miRNA基因，893种疾病，35547个miRNA与疾病的关联数据，对于每个miRNA与疾病之间的关联，都有对应的文献，会给出pubmed ID。

通过Browse功能，可以从miRNA和disease两个角度出发，查看该数据库中的内容

1. miRNA

hsa-mir-101-2的结果示意如下

2. disease

Anemia疾病的结果示意如下

Search功能很常规，不进行介绍

miRNA-target Network功能

处理miRNA和疾病之间的关联，利用文献中的数据，还整理出了miRNA对应的靶基因数据，并提供了miRNA-target gene的网络图，既可以分析单个miRNA的调控网络，也支持某种疾病中的miRNA调控网络，示意如下

图例如下所示

蓝色节点代表gene, 其他颜色的节点代表miRNA, 绿色表示该miRNA在患病者中上调，红色代表下调，灰色代表不确定miRNA的表达趋势，红色连线代表负调控作用，绿色连线代表正调控作用。

该数据库的数据是可以免费下载的，通过该数据库，我们可以快速得到miRNA和疾病之间的关联。

可根据不同分析进行数据得下载，也可直接下载整体数据。

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