Python生物信息学数据管理——第5、6章课后习题

#初学小白，仅供参考
5.1一个简单的字典

dict0={'UAA':'Stop','UAG':'Stop','UGA':'Stop','AUG':'Start','GGG':'Glycin'}

5.2对起始和终止密码子进行计数

rna=''
for line in open('a.fasta'):if not line.startswith('>'):rna=rna+line.strip()
for frame in range(3):count_start=0count_end=0for i in range(frame,len(rna),3):codon=rna[i:i+3]if codon=='AUG':count_start +=1elif codon in ['UAA','UAG','UGA']:count_end +=1else:passprint('第{}种翻译方法有起始密码子{}个,终止密码子{}个'.format(frame+1,count_start,count_end))

5.3搜索PubMed摘要中的关键词

fo=open('abstract.txt','r')
txt=fo.read()
i=0
if 'calmodulin' in txt:i=i+1
if 'CALM2'in txt:i=i+1
if i==0:print('没有找到')
elif i==1:print('找到了,只有其中一个')
else:print('找到了，两个都有')

5.4二级结构元素的预测

propensities={'A':[1.45,0.97],'C':[0.77,1.30],'D':[0.98,0.80],'E':[1.53,0.26],'F':[1.12,1.28],\'G':[0.53,0.81],'H':[1.24,0.71],'I':[1.00,1.60],'K':[1.07,0.74],'L':[1.34,1.22],\'M':[1.20,1.67],'N':[0.73,0.65],'P':[0.59,0.62],'Q':[1.17,1.23],'R':[0.79,0.90],\'S':[0.79,0.72],'T':[0.82,1.20],'V':[1.14,1.65],'W':[1.14,1,19],'Y':[0.61,1.29]}
input_seq='IVGGYTCGANTVPYQVSLNSGYHFCGGSLINSQWVVSAAHCYKSG\
IQVRLGEDNINVVEGNEQFISASKSIVHPSYNSNTLNNDIMLIKLKSAASLNSR\
VASISLPTSCASAGTQCLISGWGNTKSSGTSYPDVLKCLKAPILSDSSCKSAYP\
GQITSNMFCAGYLEGGKDSCQGDSGGPVVCSGKLQGIVSWGSGCAQKNKPGVYT\
KVCNYVSWIKQTIASN'
output_seq=''
for i in input_seq:if propensities[i][0]>=1 and propensities[i][1]<=propensities[i][0]:output_seq+='H'elif propensities[i][1]>=1 and propensities[i][0]<=propensities[i][1]:output_seq+='E'else:output_seq+='L'
print(input_seq)
print(output_seq)

5.5编写蛋白质序列中氨基酸残基溶剂可及性的预测程序
略
6.1复制所选FASTA的记录到文件中

fo=open('as.fasta','r')
fi=open('result.fasta','w')
flag1=False
flag2=False
i=0
for line in fo:i+=1if flag2 and line[0]=='>':flag1=Falseflag2=Falseif line[0]=='>':flag1=Truetitle=lineelif flag1 and line[0]=='M':flag1=Falsefi.write(title)flag2=Truefi.write(line)elif flag2 and line[0]!='>':fi.write(line)else:pass
fi.close()
fo.close()

6.2从选择的文本文件中删除偶数（或奇数）行

fo=open('a.fasta','r')
fi=open('result.fasta','w')
i=0
for line in fo:i+=1if i%2!=0: fi.write(line)
fi.close()
fo.close()

6.3在具有相同行数的文件之间寻找差异

f1=open('a.txt','r')
f2=open('b.txt','r')
ls1=f1.readlines()
ls2=f2.readlines()
count_same=0
for i in range(len(ls1)):if ls1[i]==ls2[i]:count_same+=1
set1=set(ls1)
set2=set(ls2)
ina_notb=set1.difference(set2)
inb_nota=set2.difference(set1)
count_merelya=len(ina_notb)
count_merelyb=len(inb_nota)
print('{}行相同，{}行仅存在于a，{}行仅存在于b。'.format(count_same,\count_merelya,count_merelyb))f1.close()
f2.close()

6.4用更复杂的方式打印文件之间的差异

f1=open('a.txt','r')
f2=open('b.txt','r')
ls1=f1.readlines()
ls2=f2.readlines()
for i in range(len(ls1)):if ls1[i]==ls2[i]:print('#',ls1[i].strip())else:print('>',ls1[i].strip())print('<',ls2[i].strip())
f1.close()
f2.close()

6.5转录本的进一步过滤器

tracking = open('transcripts.tracking', 'r')
out_file = open('transcripts-filtered.tracking', 'w')
for track in tracking:columns = track.strip().split('\t')wildtype = columns[4:7].count('-')treatment = columns[7:10].count('-')express=6-wildtype-treatmentif express >= 3:out_file.write(track)
tracking.close()
out_file.close()

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