IRAP 的安装以及运行的实例 主要就是瞎调让程序能跑，，，
环境：AWS Ubuntu 18.04 t2.txlarge
在实验室打杂，老板让用的一个做RNA-seq数据的奇怪的pipeline，irap. 全名是高大上的 Integrate RNA sequencing Analysis Pipeline
看起来是一个很??的pipeline，是那种只要把数据放进去就可以直接出结果的那种，包括了qc，alignment，DE 各种各样的分析，而且根据介绍支持各种各样的工具。但感觉好像已经被弃用，没有人维护了，不过老板让试试只能试试了。
github 连接:
https://github.com/nunofonseca/irap
按照github wiki 进行安装以及测试作者给出的例子
中间费劲波折，反正就是各种安装不上，各种跑不了。
安装
我的环境是完完全全空白的，所以按照每一步应该是可以完全安好的。当然估计不会有人用这个奇葩软件，所以留给自己看吧。
需要提前安装的环境（Ubuntu 18.04 2019年05月的版本 其它包的名字可能不同）
sudo apt-get update
sudo apt-get install zlib1g-dev python-dev libbz2-dev python libreadline-dev libgfortran-5-dev gfortran-8 gfortran gcc libx11-dev libxt-dev python-numpy libgd-dev libxml2-dev libxml2 libpng-dev libcurl4-gnutls-dev expat libpangocairo-1.0-0 libdb-dev openjdk-8-jdk python gcc g++ gfortran bison gettext texlive unzip sqlite3 libsqlite3-dev db4otool libdb-dev graphviz r-base-core
可能还需要更改R的版本，因为这个pipe用的是R 3.4 。
随后按照wiki的步骤：
mkdir irap && cd irap
git clone https://github.com/nunofonseca/irap.git irap_clone
本来按照教程，只需要 ./irap_clone/scripts/irap_install.sh -a irap_install -s irap_clone，就可以安装好，但是卡在一步等了几个小时都不动。
后来老板说需要用sudo -i安装。但是linux水准太菜了，path怎么也配不上去。就直接粗暴的用su直接安了。在t2.txlarge这个配置比较好的虚拟机下安了两个小时总算安装完成。
sudo su
./irap_clone/scripts/irap_install.sh -a irap_install -s irap_clone
运行
照着wiki 里面的 quick example 跑了一下，完全跑不动啊，，，试了几个不同的工具，还好，都是同一个报错:
Can't locate Bio/Perl.pm in @INC (you may need to install the Bio::Perl module) (@INC contains .....)
所以接下来就安装了Bio:Perl 试了试，按照官网可以顺利安装https://bioperl.org/INSTALL.html，如果失败就用sudo su，因为失败往往是权限的问题。
但是即使安装了Bio:Perl 也并非完事大吉，接下来错误仍然存在，找不到Bio/Perl.pm. 我是不会perl的，对底层这些东西也不太熟悉，既然是@INC里面没有Perl.pm，那我的环境里究竟有没有这个文件呢？用 sudo find / -name Perl.pm 命令找一下，还真有。那不如直接试一试链接，源文件是find命令找到的文件，而后面的路径是@INC里面路径的其中一个，@INC路径可以用 perl -V 检查。
ln -s /usr/local/share/perl/5.26.1/Bio/Perl.pm /home/ubuntu/irap/irap_install/lib/perl5/Bio/Perl.pm
结果真的跑成了，终于把wiki 里面的那个小的ecoli数据做了分析。以后有时间再总结这个破烂pipeline 结果的文件结构吧。
总结
总结来说对于一个现学现卖，以前从来没搞过复杂的linux环境还有复杂pipeline安装的的我来说，确实是通过瞎调整让程序跑了起来，但只是从表面解决了出现的问题。至于其它的工具以及工具之间是否兼容，跑复杂的分析会不会继续爆炸，以及如何让它好好跑，跑出什么结果，还得看以后的学习，继续解决了。
IRAP 的安装以及运行的实例 主要就是瞎调让程序能跑，，，相关推荐
- Oracle11g安装教程、配置实例、监听、客户端程序详解_Windows篇
Oracle11g安装教程.配置实例.监听.客户端程序详解_Windows篇 文章目录 Oracle11g安装教程.配置实例.监听.客户端程序详解_Windows篇 前言 一.数据库的安装前准备,前提 ...
- linux系统牵引程序设置,Linux上安装Wine运行AutoCAD实例[多图]
借用在网上看到一段很经典的话 同济大学 - Tongji LUG 有土木的吗?唉,我拼命地想甩掉XP可今生注定已是被它缠住了-- CAD--Wine了个中望(教育版) 3D--摸着学blender A ...
- linux系统可以安装天正吗,Linux上安装Wine运行AutoCAD实例[多图]
虽然总是有人说XP和Ubuntu双系统并不是真正的解决之道因为这个解决的方法隐含着的还是未摆脱ms-Windows的束缚最终的解决方案只有 借用在网上看到一段很经典的话 同济大学 - Tongji L ...
- vc2005运行库彻底卸载_解决不安装VC运行库（VC2005，VC2008），程序运行出错的方法...
因为VS2005以后程序采用了manifest的生成方式,所以发布的时候要和运行库一起发布.但是我们平时开发和发布的时候如果都要客户安装运行库,那就不太方便了.你可以Microsoft下载:http: ...
- 解决不安装VC运行库（VC2005，VC2008），程序运行出错的方法。
因为VS2005以后程序采用了manifest的生成方式,所以发布的时候要和运行库一起发布.但是我们平时开发和发布的时候如果都要客户安装运行库,那就不太方便了.你可以Microsoft下载:http: ...
- C# WinForm 判断程序是否已经在运行，且只允许运行一个实例，附源码
2019独角兽企业重金招聘Python工程师标准>>> 我们开发WinFrom程序,很多时候都希望程序只有一个实例在运行,避免运行多个同样的程序,一是没有意义,二是容易出错.为了更便 ...
- 在 Kubernetes 上安装和运行极狐GitLab实例
目录 写在前面 极狐GitLab 在 Kubernetes 上的安装 前提条件 Chart 准备 values.yaml 定制 Helm 安装 在前面的文章中分别演示了如何用安装包. docker 在 ...
- Oozie-3.3.2安装配置运行实践
参考:http://shiyanjun.cn/archives/644.html 注:按这篇文章说的做基本上没什么问题,但是有一点这里要说说: 在下载完ext-2.2.zip文件之后,一定要把其解压到 ...
- Win10 使用minikube搭建k8s集群 并运行hello-minikube实例
这篇文章记录了minikube 搭建集群并运行hello-minikube实例的过程.整个流程完全参考官方教程(https://minikube.sigs.k8s.io/docs/handbook/c ...
最新文章
- Python中相见恨晚的技巧(记得收藏)
- Android的IPC机制（一）——AIDL的使用
- [CF460E]Roland and Rose
- Spring框架中的设计模式（四）
- Josephus 问题相关
- 类.接口.多态.向上转型.向下转型
- 2019招商银行M-Geeker线上比赛题解析
- 【C++】Visual Studio 2019 三个版本比较
- Log4cpp介绍及使用
- [Leedcode][JAVA][第105题][从前序与中序遍历序列构造二叉树][栈][递归][二叉树]
- 论文浅尝 | 端到端神经视觉问答之上的显式推理
- 从mysql取出数据封装成json中遇到特殊字符自动转成unicode解决方案
- 我的内核学习笔记2：platform设备模型
- .NET程序中常用的28种代码
- 物联网设备接入流程与平台架构
- PS缩小图层兼如何使用蒙版
- 组的迷惑行为之 Linux用户的初始用户组（主组，基本组）与有效用户组（附加组）
- 一步一步做高性能服务器（C++） -- Day 0
- 可视化设计-设备篇（LED屏幕）
- MFC隐藏窗口时解决窗口闪烁问题