一篇五分生信临床模型预测文章代码复现——Figure 7 外部数据集验证模型
之前讲过临床模型预测的专栏,但那只是基础版本,下面我们以自噬相关基因为例子,模仿一篇五分文章,将图和代码复现出来,学会本专栏课程,可以具备发一篇五分左右文章的水平:
本专栏目录如下:
Figure 1:差异表达基因及预后基因筛选(图片仅供参考)
Figure 2. 生存分析,箱线图表达改变分析(图片仅供参考)
Figure 3. 基因富集分析(图片仅供参考)
Figure 4.构建临床预测模型(图片仅供参考)
Figure 5.训练集训练模型(图片仅供参考)
Figure 6.测试集测试模型(图片仅供参考)
Figure 7.外部数据集验证模型(图片仅供参考)
Figure 8.生存曲线鲁棒性分析(图片仅供参考)
FIgure 9.列线图构建,ROC分析,DCA分析(图片仅供参考)
Figure 10.机制及肿瘤免疫浸润(图片仅供参考)
Figure 7讲的内容其实和Figure 4-6是一样的,无非就是找一个外部数据库,提取基因和临床信息,然后算risk score,然后做生存曲线,ROC曲线,风险点图和热图,这里我们不再赘述。
以下是我们整理好的外部数据集,如果是做肾癌的小伙伴,可以直接下载使用,
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