******************************************************VASP安装篇

Ubuntu 16.04.3 LTS 下安装vasp5.3。

使用的编译器有intel 2018的ifort 和 icc、openmpi3.0

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VASP5.3的安装

1.        前期准备

(1)        进行更新

sudo apt-get update

sudo apt-get upgrade

(2)        首先查看操作系统的一些库是否安装，其中有gcc，g++,build-essential，打开命令行，进行以下操作：

sudo apt-get install gcc

sudo apt-get install build-essential

sudo apt-get install g++

(3)        安装其它一些32位的库，在命令行进行如下操作：

sudo apt-get install libc6-dev-i386

sudo apt-get install gcc-multilib

sudo apt-get install g++-multilib

(4)        需要安装rpm包：sudo apt-get install rpm

2.        Intel编译器icc的安装

(1)        安装包下载

下载地址：https://software.intel.com/en-us/qualify-for-free-software

(2)        安装步骤

解压安装包 tar –xvzf parallel_studio_xe_2018_update1_cluster_edition.tgz

进入安装包目录 cd parallel_studio_xe_2018_update1_cluster_edition/

进行默认安装 ./install.sh

安装过程按照提示选择、操作，serial number 2018的没有去看邮箱里有没有，所以就没有了。

vi ~/.bashrc 在 .bashrc 文件末尾(vi 快捷键：Shift+g)加上这一行

source /opt/intel/compilers_and_libraries_2018.1.163/linux/bin/compilervars.sh intel64

然后，source ~/.bashrc 使设置生效。

(3)        验证是否安装成功

icc –v ，如果出现icc version 18.0.1 (gcc version 5.0.0 compatibility)则安装成功。

ifort –v ，出现ifort version 18.0.1即成功安装

3.        openmpi的安装

(1)        安装包的获取

虽然intel cluster里有mpi但是建议用openmpi吧。该软件开源，可以直接官网获取，附件里也有

(2)        安装步骤

新建文件夹用于openmpi的安装路径   mkdir openmpi

进入openmpi文件夹， 新建两个文件夹 mkdir install          mkdir bin

install当作安装路径 ，bin用于放生成的可执行文件

解压安装包 tar -xvzf openmpi-3.0.0.tar.gz

进入解压文件夹 cd openmpi-3.0.0/

./configure –h 查找需要的参数以进行设置

查找icc路径   which icc  ，icpc、ifort依此类推

进行参数设置：

./configure CC=/opt/intel/compilers_and_libraries_2018.1.163/linux/bin/intel64/icc CXX=/opt/intel/compilers_and_libraries_2018.1.163/linux/bin/intel64/icpc FC=/opt/intel/compilers_and_libraries_2018.1.163/linux/bin/intel64/ifort --prefix=/home/software/openmpi/install/ --bindir=/home/software/openmpi/bin/

输入过程不要回车 ，输入完后回车，开始配置

配置完成后没有报错就开始编译 make all

编译完后没有报错就开始安装 make install

安装完成后，把openmpi目录下的bin文件夹的路径添加到环境变量

vi ~/.bashrc ，在 .bashrc 文件中加入以下

export PATH=/home/kaibin/software/openmpi/bin:$PATH

source ~/.bashrc 使设置生效

(3)        软件测试

进入测试文件夹 cd /openmpi/openmpi-3.0.0/examples

编译测试程序 make

运行测试程序 mpirun -np 10 hello_c

10指的是用10个线程并行运行，所以这个值应小于等于电脑的总线程数，能够成功运行即安装成功；hello_c是make后生成的可执行文件

4.        vasp.5.lib的编译

(1)        解压压缩包 tar –xvzf vasp_src.tar.gz

(2)        进入vasp.5.lib目录，选择合适的makefile文件 cp makefile.linux_ifc_P4 Makefile

(3)        编辑  Makefile，vi Makefile

CPP=icc

FC=ifort

(4)        开始编译 make，

有可能出现类似

的报错，这是由于编译器不识别/* */这种注释方式，于是进入报错文件，如图中为diolib.f,进入后将第1到第40行前加入一个！

下行为vi命令

:1,40s/^/!/

接下来重新make，若再次报错，再修改报错文件即可，以此类推

最后生成libdmy.a文件，即编译成功。

5.        vasp.5.3的编译

(1)        制作 libfftw3xf_intel.a

cd /opt/intel/compilers_and_libraries_2018.1.163/linux/mkl/interfaces/fftw3xf

sudo vi makefile

进入后将icc路径补全

_CC_intel = /opt/intel/compilers_and_libraries_2018.1.163/linux/bin/intel64/icc

进行编译sudo make libintel64 生成libfftw3xf_intel.a

(2) 编译VASP

这里的Makefile文件使用之前可以编译通过的Makefile文件(见附件)

make clean     —— make vasp之前要make clean

最后make vasp 编译通过即可。修改各个用户的.bashrc 文件，在文件末尾加上：

export PATH=$PATH:/vasp_src/vasp.5.3

vasp安装常见问题解决：

1 ifort无法识别此类，“-FRlowercase”，把main.o main$附件的$()$()中间少了个空格。

2 运行过程中segmentation error什么来着，因为堆栈溢出，ulimit –a 看stack是不是unllimited，如果不是输入ulimit –s unlimited设置成unlimited。