Rosalind第18题——ros_bio18

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#翻译过程的if，else写的极其拙劣，以后有时间有了更好的方法再来重写
#B站未琢三个碱基为一体遍历是一种比较好的思路，可以借鉴
import rewith open("../examples/ros_bio18_ORF.txt") as f:file = f.readlines()table = {} # 密码子表
#RNA密码子表
codon = """UUU F      CUU L      AUU I      GUU V
UUC F      CUC L      AUC I      GUC V
UUA L      CUA L      AUA I      GUA V
UUG L      CUG L      AUG M      GUG V
UCU S      CCU P      ACU T      GCU A
UCC S      CCC P      ACC T      GCC A
UCA S      CCA P      ACA T      GCA A
UCG S      CCG P      ACG T      GCG A
UAU Y      CAU H      AAU N      GAU D
UAC Y      CAC H      AAC N      GAC D
UAA Stop   CAA Q      AAA K      GAA E
UAG Stop   CAG Q      AAG K      GAG E
UGU C      CGU R      AGU S      GGU G
UGC C      CGC R      AGC S      GGC G
UGA Stop   CGA R      AGA R      GGA G
UGG W      CGG R      AGG R      GGG G """
codon = codon.split("\n")
#将密码子表字符串转为字典
for line in codon:i = 0pattern = re.compile(r'(.{3} \S+)\s*(.{3} \S+)\s*(.{3} \S+)\s*(.{3} \S+)')m = pattern.match(line)while i <= 4:single = m.group(i).split(" ")table.update({single[0]: single[1]})i += 1#将序列读入sequence
base = {'A': 'U', 'G': 'C', 'C': 'G', 'T': 'A'}
dna = ''
for line in file:line = re.sub("\n", "", line)m = re.match(r'^>.*', line)if m:continueelse:dna += line
#获取dna的补码mrna和反向补码
mrna = dna.replace('T', 'U')
r_mrna = ''.join([base[i] for i in dna[::-1]])
rna = [mrna, r_mrna]#遍历两个rna，对每个rna进行三次循环，给起始密码子和终止密码子各设置一个开关，以便获取是否开始翻译的信息
all_pro = []
for index in rna:n = 0while n < 3:i = nprotein = ''start = end = 0location = []while i < len(index):amino = index[i:i+3]if len(amino) != 3:breakif table[amino] == 'M':if protein == '':location = i + 3 # 获取起始密码子的索引，在翻译结束后从location继续遍历寻找新的起始密码子protein += table[amino]start = 1elif table[amino] == 'Stop' and start == 1:end = 1elif protein != '':protein += table[amino]if start == 1 and end == 1:all_pro.append(protein)protein = ''start = end = 0i = locationcontinuei += 3n += 1all_pro = list(set(all_pro)) # 删除列表重复元素
for e in all_pro:print(e)

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